唐朝政府对日本留学生虽持积极接受的态度，但由于官学名额有限，个别留学生汉语水平太低等原因，也曾出现过“拒收”现象。如橘逸势就因为不精通汉语而无法进入太学，遂在长安历访名家求学而成。随第十八次遣唐使来华的留学生中也只有留学僧园载获准到天台山求法，而伴须贺雄、长岑高名等人均被退回。不过日本留学生每次来的人数不多，所以这种情况极少。
日本留学生在唐学习期间，必须遵守唐朝的风俗习惯和学业规定等。
首先，他们在初次拜会老师时，要象征性地献上数量有限的见面礼。
其次，日本留学生所用教材和学习时间与中国学生相同，即《孝经》《论语》共限一年，《尚书》《公羊传》《谷梁传》各一年半，《周易》《毛诗》《周礼》《仪礼》各2年，《礼记》《左传》各3年。
再次，按照学制规定，日本留学生必须参加旬试、岁试、业成试3种考试。旬试，即每旬参加一次考试，试毕放假一天；岁试，指每年七月对全年所学课程进行一次大考，大考前的五月份和之后的九月份分别放假一月；业成试，指对规定所学的全部课程通考一次，成绩及格者，即可毕业。但在9年结业之时仍未修完规定课程，或连续3年考核均为下等，或犯有游荡、赌博、吵架、凌辱师长等过失的，以及在一年内超假100天以上者，就会被勒令退学。
日本留学僧侣随着唐朝官制的变化，先后归鸿胪寺、祠部、左右街功德使等部门管理，并设有“崇玄署令一人，正八品下，丞一人，正九品下。掌京都诸观名数与道士帐籍、斋醮之事。新罗、日本僧入朝学问，九年不还者编诸籍”。即在唐朝留学超过9年者就被编入中国僧籍，所受待遇也完全同于中国僧侣。
日本僧侣到唐留学之初，大都被安置到皇家西明寺、礼泉寺、慈恩寺、龙兴寺及镇国寺等寺院学习，并给予各种优厚的待遇。唐朝政府对于留学僧侣“每年赐绢25匹，四季给时服”，并不时地给予破例的赏赐。如，园仁刚到达中国，地方官曾特意多给其5匹绢。留学僧侣游历各地寺院时，官方提前发给身份证明文件，借此可以到各州县的寺院请求食宿，或向民家化缘。各地寺院非常热情地接待这些留学僧侣，解答各种疑难问题，认真传授佛法，使得唐代流行的佛教各宗相继传入日本。
唐朝政府还奖励和重用学有所成的日本留学生，给予其很高的荣誉和充分的信任。如玄昉入唐后，苦学法相宗，深得其奥妙，被唐玄宗赐紫衣，享受三品待遇。空海在青龙寺学习真言密宗，品行端正、学业精进，被施以灌顶之礼，赐法号“遍照金刚”，并被指定为密宗的第八代祖师，唐顺宗还御赐其菩提念珠一串。园行在试举经文时，解慧博通，对答如流，被唐文宗赐冬法服，绿绫二十匹。园载被唐宣宗迎入皇家西明寺，不时宣入宫中讲佛法，并赐紫衣。井成真年仅36岁而终，被唐朝追封为从五品的“尚衣奉御”，可见也深得唐政府的信任和重用。
唐玄宗开元五年（717年），日本学者阿倍仲麻吕随遣唐使来中国留学，他取了一个中国名字叫晁衡，后来考取进士，留在唐朝做官。晁衡先后担任过左补阙、左散骑常侍、镇南都护之职，与当时著名诗人李白、王维等友谊深厚，并有诗篇唱和。天宝十二载（753年），晁衡取海路回日本，传闻途中遇大风，溺水而亡。李白闻讯痛哭，写了《哭晁卿衡》一诗。实际上晁衡并没有死，几年之后，他又辗转返回长安，直到唐代宗大历五年（770年），卒于长安，被追赠为从二品潞州大都督。
日本另一个著名的留学生是吉备真备，他在唐四门助教赵玄默的指导下学习儒家经典，在长安留学17年。由于才学出众，唐玄宗特授予他银青光禄大夫、秘书监、卫尉卿等官职。
唐朝政府一般都会同意留学生（僧）归国要求，并提供各种方便。据《旧唐书·日本传》记载：
元和元年，日本国使判官高阶真人上言：“前件学生，艺业稍成，愿归本国，便请与臣同归。”
宪宗答应了他的请求。留学生回国时，唐政府有时还赠送大批佛教经典和书籍。武则天就曾送给日本留学僧侣《经律论》等佛教经典。
唐政府甚至破例允许日本留学生携带所娶中国女子回国。按唐律规定：“诸蕃使人所取得汉妇女为妾者，并不得将还蕃。”但日本留学生大春日净足留唐期间与唐女子李自然结婚，却同回日本，被日皇授予从五品下的官位，这恐怕是唐朝政府的格外开恩吧。
唐朝政府对随同遣唐使回国的日本留学生，还照例给用于祈祷的牲畜及归程路费。对于那些逾期不归的留学生，或量才录用，授以官职，给俸禄而为唐臣；或编入中国僧籍，享受中国僧侣待遇；或仍由鸿胪寺和所在寺院继续供给，直到下次遣唐使前来带其回国，或者搭乘商船、新罗船回国为止。
唐朝政府对日本留学生的友善政策，为中日文化交流创造了良好的氛围。中国各层人士对日本留学生平等相待，友好相处，广泛交往，结下了深厚的友谊，留下了很多感人的诗篇。沐浴盛唐文化的日本留学生对唐朝政府和中国友人的关怀与帮助充满了感激之情。公元804年入唐的菅原清公回国时，曾咏一绝：
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