真正建立起内阁制度的人，是朱元璋的儿子——明成祖朱棣，而他设立内阁的原因很有意思。
在朱棣的后半生之中，有相当长的一部分时间都是在北伐，远离京城的他就不可能顾及到朝廷里的奏章。国事无一是小事，这可怎么办呢？那时候既没电话、也没电报，更没有互联网，就算是用信鸽传递奏章，那么多的奏章，得用多少信鸽？要是用快马加鞭，估计那马都累死了，奏章也不能全部都送到朱棣面前。
于是一个帮助皇帝的“助手”机构——内阁应运而生。他们主要的工作，就是给皇帝做秘书，在皇帝北伐的时候，他们要挑选出重要的奏章来呈报给皇帝，顺便还要写上自己的意见。
要说内阁首辅和宰相究竟有什么区别，关键一点，就是能不能做得了皇上的主。宰相往往拥有决策权、议政权和行政权，行政也好、议政也罢，这些都不是皇上心中的隐患，最让他们寝食难安的是决策权，这就好比把一把刀放在宰相手里一样，不知道什么时候，他就会把匕首冲着自己；而朱棣在刚刚确定这个内阁制度的时候，他直接收回了决策权，只给了内阁议政和行政的权力，就好比一台电脑，皇帝永远是操作者，而内阁则是接受命令进行运转的CPU ，区别可想而知。
就如同史料中记载一样：“阁臣之预务自此始，然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得专制诸司。诸司奏事，亦不得相关白。”
这句话非常直接地点出了内阁的实际作用，就是给皇帝做私人秘书，做任何秘书该做的事情，同样也没有任何决定权。
内阁的出现，是中国古代的官场制度的一场大变革，曾经的宰相，一人之下万人之上，除了皇帝，就是宰相说了算，而内阁是由多人组成，本身相互之间就是一种牵制作用，而且皇帝往往为了控制内阁权力过大，当然会将皇权牢牢地握在手中，这样一来，宰相专政的现象就被彻底杜绝了。
内阁逐渐成为了一个新的政治核心，其地位到了明朝中后期，甚至能够和皇权相抗衡，这样的一个政治体系，与资本主义国家的君主立宪制非常接近。
尤其是内阁的背后还有一个体系严密的文官集团，尽管文官集团和内阁之间也常常闹出惊天动地的事件来，但是当他们矛头直接对准皇帝的时候，其威力也足以让皇权妥协。文官集团善于“冒死进谏”，而内阁则是手中有“封还”的权力。
何为封还？
简单点来说，就是皇上您的命令，我们认为有所不妥，所以不予执行。如果放到其他朝代之中，这就是抗旨啊，可是在明朝，这就叫做封还。
而皇帝也绝非等闲之辈，你有千条计，我有过墙梯，于是就有了一种对策叫做“留中”。
何为留中？
内阁写好了奏章之后，经过太监的手，传到了皇帝的面前，如果这封奏折皇帝看了龙颜大悦，那绝对是没有二话，通过！如果皇帝看完奏章，觉得方法不可行，就会打回去，让内阁重新商议！可如果这件事情，皇帝既不说可以，也不说不可以，这一封奏折就在内阁的等待之中消失不见，这就叫做了“留中”。
一般来说，“留中”是皇上表达自己消极、倦怠的信号，勤奋的皇帝决不允许自己懒惰下来，毕竟朝中之事也有一些是需要讲究时机的，错过了时机，就等于输掉了。
皇帝与内阁之间就是通过“封还”和“留中不发”之间进行着你来我往、互不妥协的政治斗争，在大明王朝之中，最为典型的就是嘉靖年间的“大礼仪”事件。
“大礼仪”事件的主角——嘉靖皇帝朱厚熜原本是正德皇帝的堂弟，如果按照他的人生轨迹来说，他并不能够成为皇帝，只能够在地方上当一个藩王。可是谁也想不到，正德皇帝居然荒唐地跑到江南去平定反叛军队，结果掉到水里，回来就一命呜呼了，更让内阁大臣们惊慌失措的是，正德皇帝虽然风流，但是却没有一个儿子继承皇位，于是这个皇位就落到了远在湖广地区的藩王朱厚熜身上。
可是这样一来，嘉靖皇帝面临着一个非常重要的难题，至少这个难题在他心里有着非常重要的地位，那就是管谁叫爹。
这样的问题在现在看来，根本就没有什么可以纠结的，你是谁的儿子就管谁叫爹呗，事情绝如此简单。朱厚熜现在成了皇帝，那么他的父亲理应也是个皇帝，这才是问题的真正所在。按照内阁大臣们的意思，朱厚熜等于是过继给正德皇帝的父亲，也就是弘治皇帝的过继儿子，那么他的亲生父亲朱祐杬就变成了他的伯父。
但这只是内阁大臣们的一厢情愿，朱厚熜虽然在继位的时候年仅十五岁，可是他非常聪明，也非常固执，他认为如果自己的父亲仍然是个藩王，自己继承王位则是名不正则言不顺，所以他一定要将自己已经故去的父亲朱祐杬追加成为皇帝。
内阁中向大学士杨廷就像是给小孩子讲道理一样和他说，你现在是以明孝宗继子的身份来登基的，而不是作为你爹妈的孩子来登基的，这是大明王朝祖宗定下的规矩。看到这些文官们一个个都这么坚持，嘉靖帝心里也清楚，自己这么闹下去，双方都下不了台，也就有了松动的迹象。
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