孙毓筠到南京后便设法与新军取得联系。当时江苏新军的番号为第九镇，里面有许多革命志士在活动，也有不少士兵和下级军宫同情革命。孙毓筠见第九镇基础很好，放松了警惕，很快便暴露了身份，被官府抓了起来。
孙毓筠抱着一死成仁的心愿等待官府对他的审讯判决。但奇怪的是，官府却对他的待遇很好，将他安置在南京城内一个花园别墅里，身边还有两个人招呼。每天好酒好菜地送上来，还有一间书房供他读书写字，一切都不亚于寿州家里的贵公子生活。惟一不同之处，就是院墙外有人持枪守卫着，他不得迈出大门一步。孙毓筠好生奇怪，但从不问身边的人，每天看书写字喝酒吃肉，心里既不多想，便也活得安闲自在。
这样地过了将近一个月，孙毓筠成仁之念逐渐削弱，对生命对妻儿的眷恋日益强烈，然而他却不愿以自首来换取自由，他认为那是可耻的行为。他也猜想，这种非同一般的待遇中必有一个究竟，院墙之外或许正在进行着某种不平常的活动。
是的，孙毓筠的分析没有错。他的卷宗由南京巡防营呈送到两江总督衙门时，因出国考察宪政有功，刚从湘抚任上擢升为江督的端方便亲自审阅。
端方字午桥，是一个精于宦术的满洲正白旗人。庚子年，慈禧逃难到西安，那时他正做着陕西巡抚。他看准时机，对难境中的慈禧百般逢迎讨好，亲率军队日夜拱卫在她的身边。端方的忠诚赢得了慈禧的欢心，从此成了慈禧的亲信。出国、擢升，便都是慈禧后来对他的酬谢。
鉴于革命党排满行动得到汉人普遍支持的现实，考察回国之后，他给慈禧上了一道请平满汉畛域的密折，建议改定宫制，除满汉缺分名目，撤各省旗人驻防，以示朝廷放心汉人；废止满汉不通婚的规定，允许满汉自由联姻，融合满汉为一家，使革命党无机可乘。他的这道密折，得到慈禧的默认。他尽力做到与汉大员保持较为友好的关系，并看出袁世凯是汉大员中最出类拔萃的人物，日后前途无量，便与袁私下订了婚姻，将长女许配给袁的第五子克权，一旦满汉不通婚之规定废止，便将女儿送进袁府。袁世凯自然也巴不得结下这门亲事，满口答应。
打开卷宗，孙毓筠的寿州籍贯，立即引起了端方的警觉：孙家鼐也是寿州人，此孙与彼孙是否为一家？他拍了一封电报给孙家鼐，问孙毓筠是否华族？回电很快到了南京，然则答非所问：“此子顽劣异常，请严加管束。”
端方拿着这封电报仔细推敲：“此子顽劣异常”这句话，显然是长辈指责晚辈的口气，无异承认了他们之间的同一家族的关系。“请严加管束”这一句貌似严厉，实际是叫他网开一面。因为对于煽动军队造反的革命党，早已超出了“管束”的范围，应判处杀头的极刑。到底是状元，电文回得既意思明白，又不落把柄，端方很是佩服，他要借此案来取悦这位汉员中的大老。
就在这个时候，东京同盟会总部也在积极设法营救孙毓筠。有人提出，杨度为五大臣出国考察写察报，端方为五大臣之一，他与杨度一定有往来。杨度既然能够在《中国新报》上发表悼念刘道一的挽诗，也一定会愿意请端方赦免孙毓筠。
孙毓筠离开东京后接替其庶务总干事一职的是宋教仁。黄马起义失败后，宋教仁从武汉逃到上海，在去日本的船上结识了杨度。宋教仁长相英俊，谈吐倜傥，二人在船上一见如故。于是宋教仁来找杨度，请他帮忙，并指出孙毓筠与孙家鼐的关系。杨度一口答应。
其实，杨度与端方毫无私交可言。原定的五大臣，他仅与徐世昌有过一面之识，后来徐并没有出国，真正出国考察宪政的五个大臣，杨度一个也不认识。杨度之所以答应给端方写信求情，有几层考虑。
一来同盟会乃是由于他介绍孙黄相识后的产物，东京总部的主要领导人都是他的好朋友，他对同盟会有感情。二来宋教仁亲来求他。杨度的性格，凡别人有急难之事来求他，不管自己有没有能力帮得了忙，总是先一口答应下来，再想办法。何况孙毓筠毁家办学兴教育，就凭这一点，杨度看定孙是一个胸襟不俗的人，他也乐意倾力相助。三来他要以此检验端方对他的态度，买不买他的人情，由端方的态度可以推测到其他四位出国大臣对他的态度，甚至还可以推测到整个清廷对他的重视程度。四则大学士孙家鼐是孙毓筠的族叔祖，这是一个可以利用的关系，且送一分情谊给他，日后保不了有可用之处。
杨度提笔作书，不谈孙毓筠加入同盟会的事，也回避他此番回国的目的，大谈特谈孙卖田产办小学的事，称赞他是响应朝廷废科举办学堂的号召，是爱国爱民的表现，且本人出身世家，学问优长，乃国家有用的人才。信的末尾说：
午帅自泰西归来，数上奏疏，恳请朝廷早日立宪，声望日隆，国人及海外留学生甚至有伊藤、板垣之比。且午帅素惜人才，以识才
护才为己任，向为士人所景仰。孙毓筠行事或有所孟浪，然心则在救亡图存。望午帅怜其年轻不更世事，宽免其罪，为孙氏留一顶门之
柱，为国家存一可用之才。
端方接到这封信后很是高兴。杨度的才学他早已知道，见这个有学问的宪政专家将他视为伊藤、坂垣式的人物，便也就以这两位东洋名相自许，企图通过杨度和孙毓筠与海外留学生搭上联系，网罗其中的人才，组建自己的班底，日后好干一番大业。
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