当时潘季驯坚持他的恢复黄河旧道的看法，大多数廷臣也认为潘季驯讲 的有道理。于是，朝廷也命勘新集、郭贯楼等上游旧河。朱衡又上书反对。
朱衡反对疏浚旧河的理由也是五条，这五条是：地形不利、移祸异地、 筑坝困难、劳民太大、伤财太多。朱衡建议广开秦沟，使下流通行，修筑南 岸长堤。
朝廷通过了朱衡的建议。
这样，潘季驯和朱衡用不到一年的时间，挑挖了鱼台南阳到沛县留城140 余里的新河，引鲇鱼、薛沙诸水入新河，又疏浚了从留城以南至境山 （今江 苏徐州市北）、茶城的53里旧河，与黄河交会。还修筑了马家桥堤35280 丈，石堤30里，来遏制飞云桥的黄河决口，从秦沟来泄洪。于是，黄河水不 再东侵，漕运也恢复了。竣工以后，嘉靖皇帝还赋诗四章来庆贺。
这年12月，潘季驯的母亲不幸去世了。按照封建社会的礼制，父母死后 三年之内，要在家中守孝，不得在外做官为宦。潘季驯只好停止了修河，回 家守制。
公元1569年8月，黄河又在沛县决口，从考城（今河南兰考）、虞城、 曹县、单县、丰县、沛县到徐州都受其害，茶城淤塞，漕船在邳州（治所在 今江苏睢宁北）受阻不能进。黄河水横溢沛地，秦沟、浊河口淤沙随疏随淤。
第二年8月，黄河暴至，茶城复淤，山东沙河、薛河、汶河、泗水等河 流暴溢，冲决了仲家浅运道，从梁山出戚家港，流入黄河。淮河也大溢，从 泰山庙到七里沟淤了十几里，水从诸家沟傍出，到清河县河南镇流入黄河。
9月，朝廷第二次任命潘季驯总理河道。10月，黄河又在邳州决口，从 睢宁白浪浅到宿迁小河口，淤了180里，粮船受阻不能进。
当时茶城到吕梁，黄河水被两崖所束，流不下来，也决不了口，形势很 危急。
公元1570年5月，受阻的黄河水从灵壁双沟而下，北岸决了3个口，南 岸8个口，支流散溢，主流从睢宁出小河，匙头湾80里的正河都被淤住。
潘季驯这次被任命为总理河道，他提出了“加修堤岸”和“塞决开渠” 两项方针，并认为，根本之计在于“筑近坝以束河流，筑遥堤以防溃决”初 步产生了利用双重堤防实现束水攻沙的设想。但是，限于当时的条件，潘季 驯只能指挥5万名民工，先堵住11个决口，疏浚了匙头湾，又筑了3万余丈 缕堤，匙头湾故道得以恢复。潘季驯当时正患背疮，他不顾病痛，率领民工 奋力抢险。当洪水已经漫过堤顶的时候，他仍然十分冷静，坚持不走，对大 家鼓舞很大，经过几昼夜的奋战，终于取得了胜利。后来虽然经历了三次伏 秋大汛，而经他领导治理的地方都能安然无恙。
然而，由于潘季驯在治河方针上不同意当权者的意见，当权者遂指使勘 河给事中 （负责钞发章疏，稽察违误的官员，他的权力很大）雒遵弹劾潘季 驯，说潘季驯在指挥漕船进入新溜的时候漂没很多船只，于是潘季驯被罢官 了。
公元1576年9月，黄河在韦家楼决口，又决沛县缕堤。丰、曹二县长堤， 丰县、沛县、徐州、睢宁、金乡、鱼台、单县、曹县田园庐舍漂溺不计其数， 河水一直淹到宿迁城。
第二年，黄河又在崔镇（今属江苏泗阳）等处决口。
这时，朝廷里的政治形势发生了变化，张居正做了内阁首辅 （首席大学 士，相当于宰相）。
张居正（1525—1582），字叔大，号太岳，湖北江陵人。他做了内阁大 学士以后“慨然以天下为己任”，在明代中期政治腐败，土地高度集中和不 断爆发农民起义的情况下，为了挽救明王朝的统治，进行了一系列的改革。
张居正在内政方面，裁撤了政治机构中的冗官冗员，提拔了一些有才能 的人，并且整顿了邮传和铨政。他的为政方针是：“尊主权、课吏职、信赏 罚，一号令，”和“强公室，杜私门。”他反对因循苟且，奖励急公进取， 强调行政效率，在他执政期间，许多政令都通过一些巡抚大吏得到较好的贯 彻，“虽万里外，朝下而夕奉行。”
张居正在军事上加强边备，训练士卒，同时任命戚继光守蓟门，李成梁 镇辽东，又在东起山海关，西至居庸关的长城上加修了“敌台”三千余座。 他还与鞑靼俺达汗之间进行了茶马市贸易，采取和平政策，从此，北方的边 防更加巩固，在二三十年中，明朝和鞑靼没有发生过大的战争。
公元1576年，在张居正的主持下，潘季驯又被重新启用，巡抚江西。
第二年，潘季驯被召为刑部右侍郎（刑部的副长官）。
由于黄河在崔镇决口，黄河水北流，清河口淤淀，整个淮河南徙，高堰 湖堤大坏，淮、扬、高邮、宝应间都被淹为巨泽，张居正非常忧虑。
当时的河漕尚书吴桂芳提出了恢复老黄河故道的建议，而总河都御史傅 希挚却想塞住决口，束水归漕，两人的意见不一致。但是，过了不久，吴桂 芳去世了。
公元1578年9月，张居正大胆地启用了潘季驯，以左都御史兼工部左侍 郎的官职代替吴桂芳总理河道，兼管漕运，并提督军务。
三、 《两河经略疏》
潘季驯在第三次奉命主持治河后，给事中李涞建议多浚海口，以导众水 之归。另一个给事中王道成则建议堵塞崔镇的决口，修筑桃、宿两个长堤， 修理高家堰，开复老黄河。万历皇帝下诏让河臣们计议。
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