然而，潘季驯怎么也不曾想到，由于张居正的死，朝廷里的政治风云突 然发生了变化。
原来，万历皇帝刚即位的时候，年纪还比较小，真正在幕后起作用的是 慈圣皇太后。
慈圣皇太后在内廷最信任的人是太监冯保，在外廷最信任的就是内阁大 学士张居正了，为了让万历皇帝能顺从张居正的教诲，她还让万历皇帝称张 居正为张先生。
慈圣皇太后对万历皇帝的要求是很严的，每当斥责他的时候，就要说：
“这件事让张先生知道了，怎么办呢！”因此，万历皇帝非常害怕张居正。 但是，当万历皇帝慢慢长大以后，心里对张居正就很厌烦了。
乾清宫有两个小太监。一个叫孙海，一个叫客用，他们经常带着万历皇 帝去做游戏，万历皇帝很喜欢他们。
后来，这件事被慈圣皇太后知道了，她就派冯保把孙海和客用捉了来， 杖责以后，把他们赶出了后宫。张居正也上疏控告孙海一伙的罪恶，请求把 他们都赶出后宫，让司礼监找这些太监们去审理，以决定他们的去留。
张居正还奉劝万历皇帝提出六条建议：“戒游宴以重起居，专精神以广 圣嗣，节赏赉以省浮费，却珍玩以端好尚，亲万机以明庶政，勤讲学以资治 理。”
万历皇帝迫于慈圣皇太后的威严，迫不得已，对上述六点全都答应照着 去做，而心里却开始忌恨冯保和张居正了。
万历皇帝还喜欢一个叫张诚的太监，但是，冯保并不喜欢他，找个茬把 他也逐出宫了。
万历皇帝让张诚在暗中察访冯保和张居正在一起的活动。
公元1582年，张居正去世了，他死后被赠为上柱国，谥文忠。
张居正死后，张诚又回到了宫中。他向万历皇帝汇报说，冯保和张居正 结党营私，而且说他们家里的宝藏比皇宫里还要多，这样就打动了万历皇帝。
同时，万历皇帝的左右和御史李植都上疏奏报了冯保的很多罪恶。
万历皇帝将冯保谪至南京，抄没了他的家产，有“金银珠宝巨万计”。
万历皇帝疑心张居正家里也有很多宝藏，总想找个理由去抄家。正好有 些言官上疏弹劾张居正，万历皇帝就乘机下诏夺去了张居正上柱国、太师的 封号，并夺去了谥号。将张居正所引用的人“斥削殆尽”，张居正贬谪过的 人，召回升官。
御史羊可立看出了万历皇帝的心思，上疏追论张居正之罪，说张居正制 造了辽庶人朱宪 的冤案。
朱宪 是明太祖朱元璋第十五子、辽简王朱植的后裔。他因为信奉道 教，被同样信奉的嘉靖皇帝所宠爱，赐号为清微忠教真人。
隆庆皇帝时，朱宪 因为犯罪被废为庶人，禁锢在荆州的王府中。巡 按副使施笃臣很恨朱宪 ，刑部侍郎洪朝选来复勘此案，施笃臣就作了一 个伪证来陷害朱。朱宪 为此在府内立起来一根大白旗，上书“讼冤之纛”。 施笃臣就惊呼：辽简王造反了，并立即派了500名兵卒包围了王府。
洪朝选从荆州回到北京以后，向万历皇帝如实汇报了朱宪 的罪恶， 但并没有说朱宪 要造反。
张居正家也在荆州，两家过去有过矛盾，因此，张居正就嫌洪朝选没有 说朱宪 要反，指使巡抚都御史劳堪给洪朝选罗织罪名，洪朝选遂死于狱 中。
这时，辽庶人的妃子也上疏为朱宪 辨冤，并且说：朱宪 家金宝万 计，都被张居正据为己有。万历皇帝就派张诚和侍郎丘橓带着锦衣卫去抄张 居正的家。
张诚等人还没有来到荆州，事先得到消息的荆州守令就先行抄录了张居 正全家的人口数字，封上了大门。张居正的子女都躲藏在空房子里，等到开 门的时候，已经饿死了10多个人。
张诚等人把张居正诸子兄弟的家产都尽行抄没，只得到了1万两黄金， 10万余两白银。张居正的长子张敬修因为受不了酷刑的折磨，就先是自诬把 30万两黄金寄放在别人家了，随后就自缢而死了。
查抄张居正家的消息反馈到京师后，六卿大臣们都合疏上本，请求万历 皇帝从缓办理此案。潘季驯的奏疏最为激楚，他说：“居正母逾八旬，旦暮 莫必其命，乞降特恩宥视。”
潘季驯又认为，朝廷治理张居正的案子太急了，说张居正家属已有几十 人死于狱中。
潘季驯没有想到，他这样做的结果，是给御史李植找到了攻击他的理由。
原来，御史李植、江东之和大臣申时行、杨巍曾经互相攻击，潘季驯站 在了申时行和杨巍一边，痛斥李植和江东之，引起了他们的仇恨，李植就上 疏弹劾潘季驯，说潘季驯“党庇”张居正。
潘季驯就是在这样错综复杂的政治斗争中，被“落职为民”了。
公元1585年，御史李栋曾经上疏，为潘季驯讼冤，说：“隆庆间，河决 崔镇，为运道梗。数年以来，民居既奠，河水安流，咸曰 ‘此潘尚书功也’。 昔先臣宋礼 （？—1422）治会通河，至于今是赖，陛下允督臣万恭之请，予 之溢荫。今季驯功不在礼下，乃当身存之日，使与编户齿，宁不 诸臣任事 之心，先朝廷报功之典哉。”
御史董子行也说潘季驯“罪轻责重”，但万历皇帝却夺了李栋和董子行 的官俸。虽然如此，还是不断地有人给潘季驯上疏论荐。
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