1637年9月，宋应星又完成了《卮言十种》中的第九种《谈天》一书。
《谈天》主要是谈日，当宋应星登山东泰山观日时酝酿了一种思想，认 为今日之日非昨日之日，如果认为是昨日之日，是“刻舟求剑之义”。认为 太阳不但沿着它的轨道周行不已，而且它自身也在不断变化之中，这样，就 修正了张载提出的“日月之形，万古不变”之说，批判了董仲舒“天不变， 道亦不变”的形而上学观点。后来，王夫之发挥了宋应星的这种“日日新” 的思想。
宋应星还批评了宋儒朱熹 （1130—1200）注《诗经·小雅·十月之交》
“日有食之”时的天人感应说观点，以古代日食观测资料与古史作了对比， 证明天人感应说是毫无根据的。
1638年，宋应星在分宜任期已满，考列优等，随后升任福建汀州府推官
（负责刑狱工作）。
1640年，宋应星任期还没有满，就辞官归里了。
1642—1643年，宋应星在奉新家居住时，当地爆发了由李肃十、肃七领 导的红巾军起义。宋应星曾经与兵备道陈起龙，司李胡时享等，用计谋和武 力镇压了这次起义。
1643年，宋应星又出任南直隶凤阳府毫州（治所在今安徽凤阳）知州（正 五品），这是宋应星一生担任的最高官职。
宋应星担任毫州知州时，已经是明亡的前夕。宋应星赴任后，州内因战 乱破坏，官署都被毁，他捐资努力重建，又把出走的官员招集回来，还捐资 在城南买下了薛家阁，准备建立书院。
1644年初，由于形势的急剧变化，宋应星的心愿未遂，辞官返回了奉新。
3月19日，明崇祯帝朱由检自缢于万岁山（景山）树上。是日农民军破 内城各门，李自成乘马进城，入承天门（天安门），登皇极殿。城内人民都 设案焚香迎接，于门首大书“顺民”和“大顺永昌皇帝万岁万万岁”等字样。 明朝的腐朽统治至此崩溃了。
4月22日，清兵进入山海关，包围了北京城。
宋应星虽然早已挂冠，回到了奉新家中，仍关心国家大事，他按捺不住 自己的激动心情，痛恨那些汉族大官僚地主依靠满族贵族统治集团对广大人 民施行民族压迫的可耻行径，就挥笔草成了《春秋戎狄解》一书，借古喻今， 在南方制造抗清舆论。
1644年清建都北京，宋应星成为亡国之民。
5月15日，南明福王朱由崧称帝于南京，以明年为弘光元年，这个政权 完全是明末腐朽政权的继续。
南明时，宋应星被荐授滁和兵巡道和南湍兵巡道（是介于省和府州之间 的地区长官），但宋应星均辞而不就，他在晚年决心做一个隐士。
明亡前，宋应升已升任广州知府，明亡后也无意恋官，辞去官职，回到 家乡。宋应星弟兄寄希望于南明政权，但这个政权由马士英、阮大铖擅权， 内用宦官，外结诸将，政以贿成，官以钱得，有“中书随地走，都督满街走， 监纪多如羊，职方兼如狗”之谣。这个政权从成立之日起，内部就陷于四分 五裂的状态。阮大铖勾结马士英，日以党争为事，罗织罪名，排挤打击东林 党人。
1645年5月，清军渡江，福王逃至芜湖黄得功军中。不久，清追兵至， 黄得功战死，福王被俘，后在北京被杀。
宋应星和宋应升回到家乡后，阔别多年得以重逢，虽然是兄弟相见格外 高兴，但国事的不可为又给他们增添了无穷无尽的烦恼。尤其是清兵攻破南 明政权后，又南下去取江西，更使他们感到绝望。
1646年，宋应升题了两首绝笔诗，服毒殉国。宋应星在埋葬了与他相伴 多年的大哥之后，一直过着隐居生活，拒绝到清政府去做官。
1655年，宋应星应友人陈弘绪之请，为陈弘绪撰的《南昌郡乘》草成了
《宋应升传》。
八、宋应星和他的师友们
1666年，宋应星去世了，享年80岁，葬于本村戴家园祖墓侧。
宋应星有两个儿子，长子宋士慧，字静生，次子宋士意，字诚生，两个 人都是敏悟好学，长于诗文，人称“双玉”。
宋应星生前教导子孙，一不要科举，二不要做官。子孙都能奉行宋应星 的遗训，淡泊功名，在家乡安心耕读。到清嘉庆年间（1796—1820），他的 后代都成为贫苦农民。
宋应星生前的社会关系，第一是他的老师邓良知，公元1613年中进士， 历任南直宜城 （今安徽宜城）令和福建兴泉兵备道。邓良知还是宋应星的舅
廖邦英（1558—1642）是宋应星20年的好同学，好朋友，还是宋应升的 契友兼亲家。
舒曰敬是宋应星的另一位老师。舒曰敬字元直，号碣石，南昌人。公元 1592年中进士，授泰兴知县，因为杖毙巨窝张耀触怒了太守吴某而归里。不 久，降为徽州府儒学教谕，于是就退隐到紫阳山、白鹿洞等书院授课。很多 名公巨卿，都是他的学生。崇祯时由尚书沈演推荐，向皇帝上书《七策十论》 被采纳。山居近50年，著《只立轩前集》等书。
涂绍煃就是资助宋应星刊刻《画音归正》和《天工开物》的涂伯聚。涂 绍煃和宋应星同师于舒曰敬门下，并同榜中举。涂绍煃排名在宋应星之后， 为第四名。涂绍煃是宋应星“肺腑获通”的好友，又是宋应升的儿女亲家， 宋应升的第三个儿子宋士頵娶的是涂绍煃的女儿。
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