次日晚7时竺可桢由上海到达杭州，刚下火车，就立即召集众人商讨如 何治理学校，深入了解学生情况，直到深夜才回到寓所休息。第二天上午竺 可桢由郑晓沧、胡刚复、倪志超陪同，会晤前任校长郭任远。两三天内，竺 可桢与教员、学生许多人见面谈话，了解情况。
25日下午竺可桢在体育馆开全校师生员工大会，竺可桢发表就职演说。 他强调：“……办理教育事业，第一须明白过去的历史，第二应了解目前的 环境，……我们凭借本国的文化基础，吸收世界文化的精华，才能养成有用 的专门人才；同时也必须根据本国的现势，审查世界的潮流，所养成的人才 才能合乎今日的需要。”他旁征博引，从越王勾践雪耻、五代钱氏保浙、宋 浙人匡复捍卫、明于廉抗倭，谈到明末黄梨洲、朱舜水的遗训：“一方为学 问而努力，一方为民族而奋斗。”他的深邃哲思使全校师生都受到精神震撼。
面对热血青年学生的欢欣鼓舞，竺可桢又将话题引向现实：“有知识有 血气的青年，早已感到国家情势危迫。近百年来，列强侵略进行不息，中国 不能发奋自强，以致近几年国家面临着最严重的危机。”一席话引起青年学 生的共鸣，也赢得了学生们的信任和拥护。
竺可桢在浙大第一次参加纪念周正值5月4日，“五四”运动17周年。 竺可桢对浙大师生讲了两个问题。关于教育制度，他主张不效仿任何国家， 而取众家之长改革现行制度，施行导师制。谈及“五四”以来学生们沦于悲 观，竺可桢认为这是由于缺乏对中华民族必能复兴的信仰。他希望浙大学生 树立民族自信心，有高度的自觉和实际的努力。
竺可桢为了聘请好教授而多方奔走，他请茅以升讲 《钱江桥与建设》， 请马寅初讲《非常时期中国之财政问题》，还打算聘请冯玉祥、候德榜为演 讲员。为了请到当时著名的老学者马一浮，竺可桢求贤若渴，三请马一浮传 为佳话。
出任浙大校长以来，竺可桢穿梭在南京、上海、杭州之间，为了节省时 间，坐车多是搭夜班车。他还常常将一些文件带在身边，坐车时批阅。气象 研究所招收第四期练习班助理员的考卷，就是在沪杭颠簸的列车上批阅的。 在处理各种业务之余，作为一名学者，竺可桢犹不忘抽出时间从事学术活动， 多次到中央电台讲《气候与人生之关系》，又到杭州笕桥为航空学校师生讲
《东亚之气候》。
竺可桢广纳贤才，办学民主，一时浙大名望大振，聚集了一批第一流的 教授，当年招生时，考生蜂拥而至，出人意料的多。新学期一开始，竺可桢 就亲自对新生发表演说，要求他们应该注意两点：第一，学好功课固然重要， 但更重要的是养成一副清醒的头脑；第二，将来的理想，要以享福为可耻， 以服务社会为光荣。
当年蒋介石由陈布雷陪同访问浙大。寒喧之后，竺可桢简明扼要地报告 了情况。蒋介石对竺可桢的励精图治深感满意。竺可桢乘机提出调拨经费扩 建校舍，并请蒋介石参观学校。蒋介石亲见校内处处屋宇破落，满目苍凉， 答应把附近军械库的地址拨给浙大建造校舍。浙大师生人心大快，浙大建校 的百年大计终于得到解决。
浙江大学逐步走向正轨，竺可桢的预期目的基本实现了，觉得自己应该 离开浙大，专心研究所的工作了。因为当时日寇侵华甚急，浙大和研究所两 副重担由竺可桢一肩担，极其辛劳，竺可桢想放下一头。他回南京到教育部 报告了浙大接收军械库地盘的经过，顺便向王世杰提出要离开浙大，并推荐 人选继任浙大校长职务。王世杰劝他切莫性急，等考虑考虑再说辞职一事。
竺可桢四处奔走，却发现大家都将浙大的希望寄托在自己身上，知道欲 离浙大不是轻而易举的事，只好表示先解决经费问题，日后再说辞职之事。
经过竺可桢的多方努力，经费问题渐渐有了眉目。3月底竺可桢跟蒋介 石面谈，蒋介石主动答应为浙大解决地址和经费问题。
1937年浙大毕业典礼，竺可桢致词以“有志、有识、有恒”6字为训， 勉励同学们为人处事应“只知是非，不计利害。”这正是这位老学者对自己 走过的人生旅程的总结。
五、颠沛西迁
芦沟桥事变激起了全国人民的抗日怒潮，抗日战争全面展开。当时浙大 和全国许多大学一亲，抗日情绪高涨，开展了许多抗日活动。对这些活动， 竺可桢和夫人张侠魂都积极参加或给予鼓励，学生自治会发起给前方将士捐 献棉背心的活动，竺可桢就命拨出两间房子作缝制场所，带头捐钱供制作费 用。并常和夫人到缝制场鼓励学生的爱国热情。后来学生会又发起捐献活动， 竺可桢夫妇首先捐献了他们的结婚戒指。
“八·一三”事变后，日本飞机频繁轰炸南京—上海—杭州铁路沿线。 这不仅给这一带造成人员伤亡和财产损失，也引起人们的恐惧不安，扰乱了 工作和生活秩序。竺可桢经过深思熟虑，决定将浙大迁到僻静安全的地带。 竺可桢将一年级迁往天目山里的禅源寺，把附设高工和高农搬至萧山县的湘 湖，11月中旬又把二、三、四年级迁到建德。
浙大迁往建德后，战局形势急剧变化，1937年11月5日，日军在浙江、 江苏交界处的金山卫登陆。国民党军队迅速全线撤离，9日上海陷落。中央 政府迁往重庆、武汉。在经费来源断绝的情况下，竺可桢忍痛遣散附设的高 工高农两部分师生。而临敌军步步逼近的境况，竺可桢考虑再次西迁。竺可 桢听说江西泰和有办学的条件，他就亲自去察看。12月中旬，竺可桢自泰和 返建德，当时南京已陷落，杭州处于危急之中，他立即布置迁校。
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