竺可桢计划的迁校路线是从建德乘船到兰溪，改乘火车到樟树，然后换 船南行到吉安或泰和。但战时客车停运，不得已，竺可桢只好命令改变路线， 坐船上溯常山，从那里乘汽车到玉山，再乘火车。为全校师生员工的安危， 竺可桢克服了重重困难，日夜操劳，深得众人的爱戴和尊敬。
几经波折，浙大终于在1938年2月迁至泰和。浙大师生经过了共同的患 难，更加齐心协力，专心致志于教学。当时教育部派人在全国巡察，结果认 为浙大是所有大学中教学秩序和教学质量坚持得最好的一所。
竺可桢还为当地兴办一些公益事业。浙大校址坐落在赣江边，几乎年年 遭水灾。竺可桢与有关方面商量后由地方出钱，由浙大负责技术工作，修筑 了一条长15里的防洪堤。竺可桢还提议招募难民垦荒种地，兴办了沙村垦殖 场。竺可桢看到当地小学师资缺乏，就建议浙大和地方合办一个学校，取名 澄江学校。
暑假来临，竺可桢领导学生组织慰劳队去抗战前线慰问，捐款购买医药 用品送往前方。6月30日一早，竺可桢随慰劳队出发，侠魂夫人为他整好行 装，送到车站，目送他远去。
竺可桢由长沙换火车直奔武汉。教育部在战时迁至武汉，部里要求竺可 桢增设浙大师范学院，竺可桢表示尽力而为。谈到迁移，竺可桢说：“假若 现在不迁移，则永不能移动。不要临时抱佛脚，请授权浙大自己视情况决定。”
航空委员会朱国华来见竺可桢，说湖口确已失陷。如此看来，浙大西迁 势在必行，而且必须立刻着手。竺可桢离开武汉前，陈立夫同意浙大西迁， 并说：“希望能迁到贵州。”
竺可桢感到事不宜迟，立刻着手迁校的准备工作，正为校址费脑筋之时， 却收到家中来电，要他火速回泰和。竺可桢匆忙赶回家，在黄昏落日里迎他 归家的是竺梅、竺安、竺宁三个孩子。竺梅安慰心急如焚的父亲：“爸爸， 妈妈的病好点了。”竺可桢心情沉重，发觉身边还缺衡儿，竺梅不敢隐瞒， 泪水汪出来：“衡儿没得了！”竺可桢一时心痛如绞。回到家中，只见侠魂 躺在床上，形容憔悴，唏嘘不能言语了。见她双唇蠕动，竺可桢贴近她，听 她说：“我怕这辈子再也不能相见……”竺可桢握住她的手，守在她床前， 等她安睡了，又向医生询问病情。在侠魂夫人病床前，竺可桢百般劝慰，精 心照料。1938年8月3日11时，张侠魂与世长辞。竺可桢一时感到生活失 去了重心。他将侠魂喜爱的手表和自来水笔放入棺木中让她带去。9月15日 葬张侠魂、竺衡于玉华山之阳，地名松山。17日，竺可桢领了梅儿和彬彬到 松山张侠魂和衡儿坟前与之告别。浙大再次西迁上路。
西迁路上，竺可桢夜听秋雨潇潇，辗转难眠，忆起侠魂，悄然泪下，作 了两首悼亡诗用以寄情：
一
生别可哀死更哀，何堪凤去只留台；
西风萧瑟湘江渡，昔日双飞今独来
二
结发相从二十年，澄江话别意缠绵；
岂知一病竟难起，客舍梦回又泣然。
浙大的繁忙公务冲淡了竺可桢的丧妻之痛。11月1日，浙江大学在宜山 标营厅举行开学典礼，竺可桢对师生发表了 《王阳明先生与大学生的典范》 演讲，他推崇“知行合一”。并提出以“求是”二字为浙大校训。后来竺可 桢又请马一浮作 《浙江大学校歌》，全文如下：
大不自多，海纳江河。惟学无际，际于天地，形上谓道，形下谓器。礼 主分别，乐主和同。知其不二兮，尔听斯聪。
国有成均，在浙之滨，昔言求是，实启尔求真。习坎示教，始见经纶。 无曰已是，无曰逐真。靡革匪因，靡因匪新。何以新之，开物前民。嗟尔髦 士，尚有其闻。
念哉典学，思睿观通。有文有质，有农有工，兼总条贯，知至知终。成 章乃达，若金之在熔。尚亨于野，无吝于宗。树我邦国，天下来同。
浙大在宜山时期，学生为抗战举行义卖募捐，竺可桢捐出侠魂生前的12 件物品。自侠魂辞世后，竺可桢省吃俭用，积攒了1000元，他想把这笔钱捐 给浙大，设立侠魂纪念奖学金，以周济二、三、四年级女生中家境贫寒而成 绩优良者。此事完成后，竺可桢深感宽慰。
迫于时局，宜山也不能久住。在敌军的轰炸中，浙大损失重大。浙大必 须再一次西迁。教育部允许浙大迁往贵州。
竺可桢肩负浙大与气象所两副担子，拖着几个孩子，生活艰苦。朋友都 劝他与陈汲赶紧把婚事办了，家里好有个照应。竺可桢觉得此事不能太仓促。 他决定去嘉定与陈汲长谈，二人同游峨眉山，在千佛顶，二人定下了终身相 许的情缘。
11月24日南宁失陷，宜山震动，浙大被迫西迁。浙大师生员工及眷属 在西迁中，流离四散，忍饥挨饿，处境艰难。竺可桢四处奔走，争取经费， 为迁校操心劳力，历尽磨难，终于到达贵州。
六、黔北岁月
浙大迁到黔北，分布在遵义城、湄潭县城及所属永兴场三个地方。校本 部和文学院、工学院、师范学院文科各系在遵义，理学院、农学院、师范学 院理科各系先在遵义，后住湄潭，一年级设在永兴。
遵义地处娄山关以南，乌江以北支流湘江的河谷盆地，是从贵阳到重庆 通道上的重要城市。浙大自1940年迁到黔北，直到1946年才返回杭州，在 贵州避战时之乱长达六年半之久。在此期间，浙大的教学秩序比较安定有序。
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