1949年4月中旬，竺可桢获悉自己被列入了“和平分子”的黑名单。由 此可见竺可桢已被国民党列为不可靠的人。竺可桢面对危难，反而更加平静。
4月23日南京解放。
4月29日，竺可桢辞别家人离开了精心耕耘13年的浙江大学，奔赴上 海。次日，他访晤教育部长杭立武。正是杭电召竺可桢来沪“有要事相商”， 所谓“要事”就是奉命劝竺可桢去台湾或广州，竺可桢婉然拒绝了。
5月6日，蒋经国奉父命劝说竺可桢去台湾。一见竺可桢，蒋经国首先 转达蒋介石的问候，然后说明来意，劝竺可桢去台湾。竺可桢说：“多谢令 尊美意。在眼下，我看就不必了。”蒋经国追问原因，竺可桢坦然道出：“历 史兴替，大势已去，台湾能维持多久？”竺可桢还指出了国民党早已腐化。 蒋经国只好悻悻而去。
竺可桢执意留在上海，竺待着黎明的曙光照亮古老的中国。
八、新的征程
“雄鸡一唱天下白”，全国的解放将竺可桢推上新的征程。他还有些迷 惘，但掩不住心中的希望和欢欣。他义无反顾地踏上了这条崭新的征途。
竺可桢伫立在新上海的街头，见到气象更新，人民欢歌乐舞，欢迎解放 军。而中国人民解放军纪律严明，与国民党军队的气势汹汹、蛮不讲理形成 鲜明对比。在日记上，竺可桢写道：“解放军之来，人民如久旱之望云霓， 希望能苦干到底，不要如国民党之腐化。科学对于建设极为重要，希望共产 党能重视之。”
6月9日，中央研究院集会纪念建院21周年，陈毅市长特意赶来参加并 讲了话。竺可桢从中领略了中国共产党的政治主张，看到了党对知识分子和 科学事业寄予的厚望。
1949年7月，竺可桢应邀参加在北平召开的全国自然科学工作者代表会 议筹备会。与会者济济一堂，都是全国科技界的精英。会议的目的是加强科 学界的团结，总结以往科学工作的经验，以改进今后的工作进程，更好地为 新中国建设服务，为广大人民谋福利，同时为成立统一的全国科学组织准备 条件。竺可桢为共产党人公而忘私、为祖国为人民呕心沥血的精神深深打动。 会后，竺可桢参加了赴东北参观团，一路上的见闻，尤使他信心倍增，从而 决心在中国共产党的领导下，为新中国的科学事业而奉献自己的力量。
9月，竺可桢作为教育界的代表参加了第一届中国人民政治协商会议。 与会期间，他建议在《共同纲领》中关于发展自然科学问题专列一条以示注 重，得到众人的赞同。正式通过的《共同纲领》第四十三条规定：“努力发 展自然科学，以服务于工业、农业和国防的建设。奖励科学的发现和发明， 普及科学知识。”
1949年10月1日，当毛主席站在庄严而雄伟的天安门城楼上向全世界 宣布：“中国人民从此站起来了！”时，竺可桢心潮澎湃，百感交集。
中国共产党了解到竺可桢为人坦荡、作风严谨、主持正义，在教育界、 科学界堪称德高望重。因此，推荐竺可桢担任中国科学院副院长。共和国的 需要，党的信任，把竺可桢推到当时被认为全国科学事业最高机关的领导岗 位上。年近花甲的竺可桢毫不犹豫地挑起了这副重担。
1949年11月1日，中国科学院正式宣告成立。由于李四光当时在国外 未能赶回到职，建院初期中国科学院领导自然科学方面的实际责任便主要落 在竺可桢肩上。竺可桢按照周恩来等同志的指示提出了科学事业方面三原 则：第一，必须理论和实际相结合，使科学能真正为工农大众服务；第二， 必须群策群力，用集体力量来解决眼前最迫切而最重大的问题；第三，大量 培养能解决实际问题的科学人才。
竺可桢对科学院倾注了不少心血。他与许多科学家促膝长谈，坦诚相待， 互通心声，同时又坚持按原则办事，这种工作作风曾感动不少人。经过竺可 桢的奋斗，科学院精英荟萃，为中国科学事业的发展奠定了坚实的基础。
根据当时人民政府关于中国科学院应该计划与指导全国科学研究事业的 精神，中国科学院十分注意地方科研工作的发展和新学科研究机构的设立， 为了促进这两方面工作，竺可桢兢兢业业，不遗余力。先后组织和领导了东 北分院、西北分院、华南分院、中南分院、华东分院和新疆分院。真可谓劳 苦功高。
建国初期，新中国遭受西方各国的敌视，为了寻求经济技术援助和发展 科学的经验，向苏联学习，加强与苏联的科技交流便成为必由之路。竺可桢 十分重视向苏联学习。为了通晓俄文，竺可桢专门聘请一位俄籍教师习俄文。 他还多次访问苏联。但是作为一位科学家，竺可桢是严谨的，他不一味照搬 苏联，而是取长补短，吸收有益经验，为我所用。他从不随波逐流，总是勇 于提出自己的独立见解。
竺可桢在工作中总是高瞻远瞩，放眼世界，他十分关注国外的科技动态， 并极力倡导吸收外国的先进经验，同时也注意挖掘我国历史上的科学遗产。 真正做到了洋为中用，古为今用。竺可桢利用多次参加国际学术会议的机会， 考察国外的教育、科技发展状况，借鉴国外的经验教训。在对古代科学充分 研究的基础上，竺可桢于1951年先后发表了《中国古代在天文学上的伟大贡 献》和《中国过去气象学的成就》，又于1956年以中国古代天文学研究成就 的基本事实为根据，进一步论证了二十八宿起源于我国而不是当时公认的印 度。这些不仅丰富了我国的科研成果，而且大大增强了中国人民的民族自尊 心和自信心。
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