从1813年开始，贝采里乌斯开始了矿物学研究，他提出了一个化学矿物 系统，并按照这一系统整理了自己的收藏品。他想要证明矿物也是服从各种 化合量定律的、是可以根据矿物的化学成份来对它们进行系统化与分类的。 他认为：“矿物学尽管也被看成是一门专门的科学，但它终究是一种关于组 成我们的地球的无机化合物的学说，并且只是化学的一部分，它完全是建立 在化学的概念之上的。我早就试图证明，化学概念的每一种科学分类都必须 建立在那些作为任何化合物的基础的电化学化合比上。在我看来，矿物乃是 这样一些物体，研究它们时必须考察到它们的组成，而且任何矿物学系统都 必须建立在这上面。
建立科学的矿物学系统，就需要有坚实的理论基础。用贝采里乌斯的话 来说：“只要看一看矿物学，就能够在那里面发现元素相互关系的一些定律， 就能够在大量的类土矿物中看出硅石是酸，而其他土是碱；在这里，与我们 在实验室中的实验一样，酸和碱也服从同一些化合定律。这样一来，就在矿 物学中产生了一个化学体系，这个体系和化学一样建立在同一基础上，这个 基础不会导致错误的认识。从这时起，矿物学使人产生了新的兴趣；如果说 从前它是无机界的未经精确测定的产物纪录，那它现在已经上升到真正科学 的水平了。”
1814年，贝采里乌斯出版了《试论化学矿物学》一书。随后，这部书被 译成了英、法、德、拉丁等多种语言。按照贝采里乌斯的化学分类，一切物 质都可以按照它们的电化合量来加以划分。在这本书中，他按正电组来排列 矿物。以后他又制定了一个矿物分类方案，在这个方案中，矿物是按照它们 的负电元素来排列的。
贝采里乌斯对于矿物学的研究，给矿物的系统和分类工作以巨大的推动 作用。他把当时精确的化学定律和电化学观念应用到矿物学中，就使得不仅 有可能按照比重、颜色、硬度、形状等种种特征来论述矿物，而且也可能按 照化学物质的组成来论述它们。这样做就很容易分清矿物的类和族。
限于当时的研究水平以及条件，贝采里乌斯对于矿物的分类系统自然会 有相当的缺陷。例如电化学理论存在着相当的缺陷，以后曾被不断地修改， 因此在很大程度上依靠它而建立的矿物学分类法，就很难说符合现代的科学 理论了。但在当时，在贝采里乌斯的时代，他的这种分类法无疑是有巨大进 步意义和作用的。
四、有机化学的研究
在贝采里乌斯开始从事化学研究以前，有机化学的研究对象是植物和动 物来源的物质，这是有别于矿物来源的“无机体”的所谓“有机体”。
作为植物和动物物质的化学——“有机化学”这一概念在贝采里乌斯的 著作里第一次出现，是在1806年。在这一年出版的《动物化学讲义》中，贝 采里乌斯说道：“自然界被区分为两个大不相同的基本类：有机类和无机类。 两类都有相同的组成，都服从于相同的亲合力，并通过这些亲合力彼此不停 地转化。无机界是由化合成无数化合物的大量原生物质组成的；有机界的原 生物质数量要少些，但它们差不多全部都进入了每个有机体中，而它们的化 合物种类也是形形色色、不可计数的……生理学论述活体的组成以及在其中 进行化学过程的那一部分叫做有机化学。”
贝采里乌斯开始研究有机化学时就遇到了相当大的困难。与有机化学相 比，在19世纪初期以前无机化学的研究已经积累了大量的实验材料与丰富的 理论，然而有机化学却只有一些零散事实的汇集，而且有的东西根本上就是 错误的。所以当1808年贝采里乌斯出版自己的《化学教科书》第一版时，本 打算对有机化合物进行论述，但由于此时对零散的有机化学材料进行分析整 理并加以系统化是极为困难的，所以他不得不放弃了自己的初衷。针对这一 点，他在教科书中写道：“有机化学是一门如此特殊的科学，以致于一个化 学家从无机界的研究转入有机界的研究时，就如同进入了一个他所完全陌生 的领域。虽然关于无机界中的元素所遵循的化合量定律学说与电的学说加起 来，也将会有助于给有机化学带来更大的明确性，但是现在我们还无法预见 这方面的研究成果。”
因此贝采里乌斯认为，关于有机化学的论述，必须推迟到化学家们发现 了有机化合物组成的基本定律以及这些化合物的组成元素之间的比例有了可 靠的研究结果以后，才能得出一个较为可靠的理论基础。
在对有机化学进行了初步的研究之后，贝采里乌斯明白他面临的困难。 在不断的摸索中，他开始走上了力图解决这些困难的艰难而曲折的道路。此 时他认为，研究有机化学首先应当研究有机化合物的定性以及定量的组成， 这样才会有可能判断这些物质的性质，并且为研究这些化合物化学性质的合 理解释打开一条通路。
在18世纪末、19世纪初有关于有机化学最初的研究中，最普遍的是“生 机论”学说，按照这一学说的认识，要创造有机物质，就需要有“活力”， 没有这种所谓的活力，就无法产生任何有机物质。比如瑞典著名化学家别格 曼在1790年写道：“分析实验的正确性要由综合实验来证实；而对动植物界 的物质却是不能借助于技巧去进行综合实验的。因为有机体中的主要东西是 它的特殊结构，任何技巧都无法产生这种结构，是大自然自己以某种方式实 现了这种结构。”
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