这种生机论学说的流行，造成了有机化学发展的严重阻碍，因为它存在 着本质性错误。
同那个时代的许多科学家一样，贝采里乌斯最初也是站在生机论立场上 的。他认为，不可能用人工方法合成有机物质，而只有“活体”——活的有 机体或器官，才能成为有机物质的来源。“活体”的主要本质在于，它是制 约着活的有机体中化学过程的活力，正因为这种活力的存在，才使得有机物 质与无机物质的特征截然不同。
随着研究的深入，贝采里乌斯不再像正统的生机论者那样把活力看成是 绝对的力量。在1814年他写道：“活力既不是我们身体的组成部分，也不是 它的机械部分，也不是一种纯粹的力量，而是身体的化学与机械组分的相互 作用的表现，——这种表现随着身体的机械和化学的活动而变化，它在遇到 最小的变化和破坏时就完全消失……生命现象的这个已知原因主要作为动物 体的一定部分而存在于神经系统中，而且神经系统的作用与活力的作用基本 上是相同的。大脑和神经完全决定动物体中的化学过程。但是，直至今日我 们的研究与发现都没办法解释这个问题，化学所教给我们的任何东西都与神 经系统的作用毫无相似之处。”
不久，贝采里乌斯对广泛应用的活力概念的正确性产生了怀疑。此时生 机论的支持者认为，活力不仅在“活体”中表现出来，而且还会转移到它们 生命活动的残留物与产物中去。针对这种说法，贝采里乌斯在1814年所作的
《关于有机化学的若干现存问题》一文中指出了脱离“活体”而借助活力来 解释有机物质的错误。他认为，只借助于活力来解释生命过程本身是不行的。 因为它们与在“活体”中发生作用的那些深刻的物理化学过程有密切的联系。
但需要指出的是，尽管贝采里乌斯认为广泛应用关于活力的观点在化学 方法学上没有依据，但直至他逝世他仍然是忠于生机论的许多观念的。在经 他本人修改的最后一版《化学教科书》中，他写道：“在生物界里，元素看 来是遵循着一些与在无机界里根本不同的规律，因此它们的相互作用产物也 与无机界根本不同。发现无机界中和活体中元素行为的这种差别产生的原 因，将会成为有机化学理论的关键。其实，这种原因是如此的隐蔽，至少现 在我们是没有希望找到它的……在形成有机物质时，会有一些神秘的、不可 知的、抗拒任何理论解释的生命作用在进行着干预。”
贝采里乌斯对待活力学说的态度，表现了他对无机化学研究的两面性： 一方面他是生机论的支持者；另一方面他又是一位自发的唯物主义科学家。 即：一方面，他认为植物和动物物质作为有机物质，最重要的特点是不可能 用无机元素制成它们；另一方面，他又十分重视把有机化学看成是复合基化 学的观点。
在不断的研究中，贝采里乌斯清楚地理解到了19世纪初，由于缺乏令人 信服的理论与实验材料的不足而在有机化学研究中出现的那些困难，所以他 就力图找到能够根本改变这一状况的关健所在。按照他的见解，这个关健的 所在应当是有机化合物组成研究的严格的定量方法。同时，也应该遵循着无 机化学的各种定律。以此为突破口去探索有机化学。
贝采里乌斯的这个见解具有原则性的意义，在化学中确立了这样一个重 要的原理：不管是天然的矿物，还是植物界与动物界的有机化合物，它们的 形成也和化学实验室里人工制成的物质的形成一样，服从着同一些定律。
1814年，根据自己的见解，贝采里乌斯对一系列有机酸进行了定量分析 并得出了它们的化学式，如：柠檬酸是H+C+O；酒石酸是5H+4C+5O；丁二酸 是4H+4C+3O；醋酸是6H+4C+3O；五倍子酸是6H+6C+3O；粘液是10H+6C+8O。 对于自己的研究，他写道：“通过数据分析，我们能够得到这样一种见解， 即有机原子具有一定的机械结构，这种结构可以容许把几个固定的元素原子 分离开而不致使整体有重大的变化……在最初，有机物的分解很难用微粒说
（原子论）去解释；但现在我们见到，随着有机界研究的发展，这些困难已 经被克服了，且在我们当前的知识状况下，只有微粒说才能使我们以满意的 方式解释有机原子的组成情况。”
贝采里乌斯在指出各种无机化学计算定律和原子论本身完全适用于有机 化学时，同时也指出了它们在有机化学领域内的特殊表现形式。1819年，他 在《试论关于化合量的学说》一文中指出：“在有机界中，元素原子的化合 定律就它们所容许的定量化合上的极端多样性来说，具有根本不同的性 质……在有机界中，化合物的状态可以达到无穷；在它们和无机界化合物之 间，不可能找到直接的相似。”
以后，贝采里乌斯又继续进行了有机物质的分析研究。1820年，他测定 了硫化氰与硫氰酸的物质百分比组成。1830年，他分析了消旋酒石酸，发现 它与酒石酸的组成相同，这使他确立了物质同分异构的概念。就在这几年里， 他仔细地研究了红桨果树的果实和叶子以及人的胆汁、尿酸，他还发现了动 物和人的肌体内含有乳酸。
在对有机物质进行实验分析的同时，贝采里乌斯还发展了自己的复合基 学说。他把复合基理解成这样的一些原子团——它们不含氧，能够不变地从 一种化合物转移到另一种化合物中，并能够作为一个整体与各种元素化合。 他认为，无机体与有机体组成中的主要差别就在于前者包含的是简单基，而 后者包含的是复合基。
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