虽然哥白尼身居欧洲大陆遥远的东北部，但是他在天文学上的造诣，已 经使他在这个大陆的心脏地区享有一定威望。1514年，罗马教廷曾经邀请基 督教国家的主教和大学教授去罗马讨论历法改革问题。当时，哥白尼也接到 了类似的邀请信件。但是，哥白尼拒绝了这次邀请。后来，哥白尼在回忆起 这件事时说：“不久之前，在利奥十世统治下，有关修订教会历法的问题在 拉特兰大教堂的会议上辩论过。当时这个问题没有得到解决，就是因为没有 能够把年和月的长度以及太阳和月球的运行十分精确地定下来。从那时起， 遵照曾经主管历法事务的有名的桑普罗尼阿主教保罗的指示，我在从事更精 确的观察。”在哥白尼的时代，改革历法已经成为一个重大的问题，古代沿 用下来的儒略历，到哥白尼的时代误差已经很大，原来规定在3月21日的春 分节，已经提早十天到来。于是这个问题就引起了罗马教廷的重视。但是， 在哥白尼看来，在还没有把年、月的长度以及太阳和月亮的运行规律搞清楚 之前，要从根本上解决历法问题是有困难的。
1516年，教会委任他去管理远在埃尔门兰德边缘地区的两个属于教会的 庄园。因此，哥白尼暂时离开弗洛恩堡，迁到阿勒河上游的阿伦斯登堡去居 住。
在那些年代，曾经发生了严重的货币危机。哥白尼十分关心事态的发展。 他认为这种情况是由封建制度所造成的。他曾经在1519年写了一本关于货币 问题的小册子，指出：“政府当局从货币贬值去谋取利益，正像农人播种廉 价的坏种子去节省开支一样。”他主张要对币制实行改革，应当建立一个各 国之间的“货币同盟”，发行一种货币，并将以前贬值的货币回收销毁。但 是，利欲熏心的封建财主们怎肯去实行这样的改革呢？因此，哥白尼的货币 理论并没有取得任何效果。
1522年，原来的主教去世，新主教尚未产生，在这青黄不接的纷乱时期， 哥白尼受命担任了六个月的埃尔门兰德教区的总管。
在埃尔门兰德，一般人都把哥白尼当作是一位医生。因为，在弗洛恩堡 任职期间，哥白尼经常利用空暇时间，免费为教区附近的贫苦农民医治疾病。 据说人们都称他为“阿卡拉斯（古代希腊传说中的神医）第二”。到现在还 保存着的哥白尼曾经用过的那些标准医书的空白处，人们还可以看到他在当 时经常使用的一些药方的手迹。
哥白尼的晚年，正是宗教改革运动在全欧轰轰烈烈地展开的年代。新教 很快就传到了埃尔门兰德地区。一些天主教徒纷纷改奉新教。由于阶级地位 的限制，哥白尼对这场具有历史意义的革命运动，态度是十分矛盾的。他一 方面通过他的好友、虔诚的旧教徒基塞，表达了他反对罗马教廷残酷迫害新 教徒的做法，主张旧教徒和新教徒进行说理辩论，不应当把新教徒烧死；但 是，另一方面他又主张维持旧教教义中的“有价值部分”。
随着年岁的增长，哥白尼在教堂里的职务已经逐步由新来的年轻教士接 替。
新来的教士和哥白尼意见不合，新任的主教是新教徒的死敌，而哥白尼 反对迫害新教徒，再由于他的新奇的天文学理论与宗教的教义相抵触，所以， 他在晚年就受到了新来的主教和神父们的排挤。
尽管晚年生活十分孤独，但是哥白尼并没有放弃改造天文学理论的决 心。他利用晚年的余暇，对《天体运行论》的手稿作了进一步的修改。
当时，他的《浅说》已经在欧洲的学术界引起重视。1533年，教皇的秘 书在梵蒂冈花园里向教皇克利门德七世和红衣主教们讲授哥白尼的新学说。 1536年，红衣主教勋保特地从罗马写信给哥白尼，希望他尽快地将他的学说 的全部内容整理出版。
1539年，哥白尼接待了一位来自远方的新教徒，他就是哥白尼一生中唯 一的弟子、德意志威丁堡大学的数学教授雷悌卡斯。这位年青的日耳曼学者 在得知哥白尼的见解以后，专程赶到弗洛恩堡来向哥白尼求教。他在弗洛恩 堡住了两年，专心研究哥白尼已经完成的手稿。雷悌卡斯曾经将《天体运行 论》一书的内容写了一个概要，告诉他在威丁堡大学的老师顺内尔。他取得 了哥白尼的同意以后，这个取名为《初谈》的概要，就在1540年发表出来。 在这篇《初谈》中，雷悌卡斯介绍了《天体运行论》的主要论点，强调了这 些论点的新颖性，并介绍了《天体运行论》第一部分前四章的内容。《初谈》 成了科学生活中的一个重要事件，引起天文学家、数学家、哲学家和其他人 文主义者的巨大兴趣。这本书很快就再版，这使哥白尼迅速闻名遐迩。由于 友人的鼓励，加上雷悌卡斯一再敦促，哥白尼在经过30多年的犹豫不决以 后，终于决定将《天体运行论》这部“藏了49年”的“大家长久期待”的著 作发表出来。雷悌卡斯返回威丁堡以后不久，哥白尼就托他的好友基塞把他 的手稿转交给雷悌卡斯到纽伦堡去付印。
在下决心发表《天体运行论》之前，哥白尼一度是胆怯的，正如他自己 所说：“我生怕我的学说新颖而不合时宜，会引起别人的轻蔑，因而几乎放 弃了我的计划。”
1543年，在经过了一番周折以后，《天体运行论》终于在纽伦堡印刷完 毕，公开发行了。印刷好的著作送到哥白尼手边的时候，他已经睡在临终的 病床上了。他的生前好友基塞在给雷悌卡斯的一封信中谈到哥白尼在临终的 状况时说：“多日以前，他已经失掉了记忆和思考能力，在他过世那一天， 快要断气那一小时，才看见他的印成的全部作品。”
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