由于古代没有医学显微镜，无法发现微生物，只能依靠肉眼观察疾病的 病源体。医学上的昆虫是非常小的，很难发现。葛洪是一位非常认真的“有 心人”，因而他能够发现如下两种小昆虫：
一是，恙螨——这种传播疾病的医学昆虫只有针尖那么大小。葛洪在《肘 后备急方》中把它叫做沙虱，他说，用针可以把这种沙虱挑起，它的形状与 疥虫相似，只有把它放在指甲盖上对着日光观察，才能把它看清。葛洪提到 的疥虫是一种皮肤寄生虫，大小只有0.25×0.3毫米，葛洪把沙虱和疥虫相 比，说明葛洪对于疥虫比对于沙虱更加熟悉，知道它的形态。在国外，公认 疥虫的发现者是阿拉伯医生阿文佐亚（1113—1162年），葛洪的发现要比他 早800年，羔螨是近代才发现的，无法与葛洪相比。
二是，血吸虫病——这是一种寄生在人体肝门脉血管系统中的寄生虫 病。葛洪在 《肘后备急方》记载的中溪毒、射工、蜮等病，下痢及发热、皮 疹的病症，与现代描术的血吸虫病急性期相似。葛洪在书中描述人在溪水中 或溪边受感染，起初是恶寒发热，皮肤上出现小疱，并可以引起疱痢，感觉 发热头痛，四肢痪懒，并有大便下痢的症状，这种病在江南、江东各县非常 流行。
葛洪在《肘后备急方》中，还对疟疾、狂犬病、痢疾、马鼻疽等传染病 和寄生虫病做了记载。
葛洪在《肘后备急方》中简炼地记载了当地各种各类不同的疾病和不同 的病证。特别是葛洪对不同类型的脚气病的描述。葛洪认为这种病首先是在 岭南、江东等地流行和发现的。这种病开始时感觉不大，病情发展也比较慢， 只感到双脚有些发麻，微微有些胀痛，随后就会出现两只小腿都会浮肿，或 者是双腿乏力，腹部胀满。也可以侵犯腹部，发病后很快死亡。现代医学所 说的维生素乙缺乏症造成的干性和湿性两种脚气病，基本上就是这种症状。 干性脚气病是一种心脏性的脚气病，心脏被侵犯后可以突然发病死亡。湿性 脚气病的主要表现就是腿肿发麻。
葛洪在《肘后备急方》中还记载了一种“角弓反张”的症状，得了这种 病以后，全身的肌体就会强直痉挛，尤其是背肌会收缩，导致头颈极度向后， 像一张弓那样弯曲，所以被葛洪称为“角弓反张”，这种病证和现代医学中 描述的破伤风类疾病的病症相同。葛洪创造的“角弓反张”这个医学名词则 一直被医务界在临床中沿用至今。
葛洪在《肘后备急方》中还吸取了我国古代“以毒攻毒”的治疗思想， 譬如，他在治疗被疯狗咬伤的病人时，就提出来，杀掉咬人的这只疯狗，用 这只狗的脑髓敷在被咬的伤口上进行治疗，“后不复发”。近代医学实验证 实，狂犬是由于狂犬病毒所致，人被狂犬咬伤后，病毒会从伤口进入身体内 部，并与神经组织有特殊的亲和力，导致狂犬病发作。狂犬的脑髓和唾液中 有大量的病毒存在，已被科学证实。法国科学家路易·巴斯德（公元1822— 1895年）从脑组织分离和培养狂犬病毒，并发明了一种病毒疫苗，使人接种 疫苗后对恐怖的狂犬病产生免疫能力。这种方法，现在医学上称为被动免疫 治疗。从这里可以看出，葛洪的治疗狂犬病的方法，是免疫治疗思想的萌芽。
葛洪在《肘后备急方》中，还提出了用大豆、牛奶、蜀椒和松节、松叶 来治疗脚气病。通过现代化学的分析证明，由于这些药物中含有比较丰富的 维生素乙，所以用它们来治疗脚气病效果比较理想。
葛洪在《肘后备急方》中提出了老疟、温疟、瘴疟、劳疟、疟兼痢等多 种疟疾，根据种类的不同，开列了常山、鼠妇、豆豉、蒜、皂荚、鳖甲等多 种药物，这些药物有的有副作用，有的有毒性，但在治疗疟疾方面都有一定 的疗效，在古代的医疗条件下对疟疾起着积极的治疗作用。
在《肘后备急方》中葛洪对疟疾还采用了一种青蒿治疗法。青蒿治疗法 是用一把青蒿，用2升水渍泡，然后用绞的方法将汁取出服食。解放后，我 国科学工作者根据这个记载，专门研究了青蒿，发现青蒿中含有青蒿素，这 种药比起以前的奎宁、氯喹来，对于恶性疟疾，尤其是脑型的恶性疟疾，还 有对氯喹等具有抗药性的疟疾，疗效要理想得多，是一种新型的、优质的特 效药，现代药学界把它称为抗疟史上继氯喹之后的一个突破。特别有趣的是， 青蒿虽然能够治疗疟疾，但是它的有效成分是一种不耐热的化学物质，在加 热以后就失去了它的抗疟性能。而葛洪在《肘后备急方》中抛弃了中医常用 的熬汤方法，改用绞取汁的方法，这说明葛洪对这种药物的性能有着十分透 彻的了解。
葛洪在《肘后备急方》中还提出了一种捏脊疗法。这种疗法让病人伏卧 在床上，医生用双手的手指捏取病人脊柱附近的皮肤，捏的时候要用力捏起， 使病人略有痛感，并且要从尾脊处往上，一直捏到项背顶端。用这种方法治 疗腹痛，特别是儿童疳积病，疗效非常好，一直到现在还被临床所应用。
葛洪的《肘后备急方》还记载了在进食时不慎把鱼骨鲠住喉咙，或者是 误将其他异物吞入食道的治疗方法。这种方法是把一团薤白放进口中咀嚼， 让它变柔软了，然后用绳子系住这团薤，让患者把这团薤整个吞到鲠骨去。 因为薤是粗纤维，当即会把异物裹住。这时医生手拉绳端，就可以把异物拉 出来。如果异物比较大，用这种方法取不出来，如误吞钗，可以用一大团干 萎的薤，煮熟以后，切食一大团，和钗一起吞进腹中，再排出体外。
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