从库马纳又乘船到了古巴。原计划从古巴到墨西哥，再横渡太平洋到亚 洲的菲律宾群岛，而后越过印度洋绕非洲返回欧洲。后来，洪堡认为南美洲 还有好多地方没有去，要考察的项目还实在太多，所以又改变了计划。不久， 他们又再次踏上南美洲大陆。
洪堡先后到南美洲大陆西北部的哥伦比亚、厄瓜多尔、秘鲁，以及智利 等国进行了考察。他们在厄瓜多尔首都基多附近，攀登了有名的铁博拉索山。 在考察中，洪堡发现气温随高度增加而降低的情况，找出了气候垂直变化的 规律。
洪堡学过矿业，当过矿产检查官，很想更多地考察一下安第斯山脉的各 种岩石，而且想对“火成”派的论点在野外做一番验证和探讨。要研究这些 问题，就要探索更远的大河，攀登更多的高山——包括那些高峻的火山。这 既费时又危险，而洪堡的朋友邦普朗是一个植物学家，他对这些是没有多大 兴趣的。
当他们到达秘鲁首都利马的时候，已经是1803年的春天，这是他们到美 洲来的第5个年头了。这时，洪堡他们已经采集了几十箱子和锡盒的防腐昆 虫、植物标本和鸟兽的皮，有的还保存得挺好，有的却受潮或发霉了。洪堡 写下的笔记，已经通过各种航船往家里寄走了许多，但身边还有更多的记满 了各种资料的笔记本。洪堡感到该是回去整理、分析这些宝贵资料的时候了。
他们从利马到了墨西哥的阿加普尔卡，回国旅途中转道美国时，又在华 盛顿和费城停留了一段时间，并拜访了建国不久的美国的总统。
在洪堡离开的5年中，他成了欧洲人谈论最多的人物之一。关于他旅行 的传说，在欧洲各地广泛流传。好几次人们谣传他已死于异乡。洪堡的哥哥 威廉更惦记着自己的弟弟，虽然他不愿意相信那些传言，可是也忧心忡忡， 心急如焚，日夜盼望能得到洪堡的确切消息。
1804年8月中旬，果真传来了令人高兴的消息：洪堡已经到了波尔多， 马上就要回到巴黎来了。
回到巴黎的洪堡，俨然像一位凯旋而归的将军。他带回来的不是“俘虏”， 而是科学事业上的“战利品”：大批的科学笔记以及大量的植物、动物、岩 石标本，这些都是人类知识宝库中的无价珍品。
八、宫廷大臣
洪堡从美洲回来以后，为什么不到柏林而到巴黎呢？他当然要来看看分 别5年的哥哥，但这不是主要原因；洪堡到巴黎是为了更好地进行科学研究 工作。当时，拿破仑率领的军队几乎已经征服了整个欧洲，使法国成了欧洲 最强大的帝国。巴黎不仅是拿破仑帝国的首都，而且也是当时欧洲文化最发 达的城市。那里聚集了许多学识渊博的学者，市内有藏书众多的图书馆和出 色的博物馆，这都给洪堡的研究工作提供极大的方便。
在5年的旅行考察中，洪堡把变卖遗产的钱财和所有积蓄几乎花光了， 而邦普朗是一个钱也没有的。要留在巴黎工作，总需要有些钱来维持生活， 况且整理研究工作中也要购买物品，离开巴黎去拜访一些知名学者时，又要 支付旅途的经费。如果没有钱，下一步的工作确实是难以进行下去的。
这个问题很快就得到了解决。
法国皇帝拿破仑知道邦普朗是位植物学家，又从美洲带回许多珍奇植物 的种子，就把他安排在皇室的花园工作，任命他为马耳梅森花园的总管。这 个花园是拿破仑赠给他妻子若斯菲娜的，园子里种植着各种名贵的树木和花 卉。邦普朗不仅有了称心的工作，而且可以领取到优厚的薪俸。
洪堡也没有受到普鲁士国王的冷遇。普鲁士出了这样一位声名显赫的学 者，国王也感到光采，他想封洪堡为教育大臣。洪堡知道，如果当了教育大 臣就会整天陷入忙忙碌碌的事务性工作中去，根本不会有时间来搞科学资料 的整理和研究工作。他向国王说明情况，谢绝了这一任命。国王又改封他为 宫廷大臣，并允许洪堡继续留在巴黎而不必回到柏林去。
洪堡已经用不着为生活和研究工作中的经费支出担心了。他开始着手安 排自己下一步的工作。
远涉重洋，在他国异乡的旅行使人大开了眼界，茂密的森林、高耸的火 山，水流湍急的江河、奇异有趣的生物……这一切都会使旅行者久久不能忘 记。但是，如果仅仅停留在赞叹和绘声绘色的描述上，并不会给科学事业增 加什么新的东西。一个真正的旅行家，就要对所看到的一切进行系统地整理 和认真的思考，找出它们之间的内在联系和科学规律来。洪堡正是这样一位 旅行家。在美洲长期艰苦的旅行考察，使他看到了他想看的东西，对自然界 千变万化的现象有了亲身实践的感性认识。他并没有满足于这些直观的感 觉，他决心把错综复杂的自然现象进行综合分析，对当时还没有搞清楚的一 些科学问题作一番深入的探索。
当洪堡在南美洲旅行的时候，有一些探险家在非洲、亚洲，以及大洋洲， 也进行了不同程度的考察。洪堡计划用两年的时间把他的笔记和采集物进行 整理，并且把自己的资料与其他探险家在别的地方的发现进行比较。
据说当时在欧洲除了拿破仑之外，洪堡是最有名气的人。那时普鲁士并 不是一个很强大的国家，因而在举行一些国际会议的时候，普鲁士往往派洪 堡为代表，借以提高普鲁士的地位和威望。这样一来，洪堡就没有多少时间 来搞他的科学研究了。实际上，他整理和研究资料的工作，不是原来设想的 两年时间，而是用了将近20年才搞完。
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