与此同时，开普勒的命运也有了重大转变。这就是反宗教改革运动在奥 地利，以费迪南德大公为首的天主教派与新教教徒发生了冲突。费迪南德大 公带来了意大利援兵，撤掉了新教的参事会，城门和兵工场的守卫也交给了 教皇派。冲突中的气氛因为一位新教徒会员的无理被捕而激化到了极点。新 教教徒计划建立自己的医院和新公墓，以借此免交昂贵的殡葬税的作法也引 起天主教派的强烈反对，费迪南德大公命令取消了这一计划。这时期，城里 的大长老下令禁止新教牧师进行宗教活动，他借口自古以来一个地方的大长 老就有权在他的收入因别人进行宗教活动而受损时下令停止其活动，而费迪 南德大公承认长老的这个权利。使反宗教改革运动达到顶点的是：1598年9 月27日，费迪南德大公下了一道诏令，命令新教教堂和学校的所有工作人员 必须在日落之前离开城市；必须在七天之内离开领地，否则处以极刑。开普 勒是格拉茨新教教会学校的教师，当然也在被驱逐之列。这样，他不得不把 妻子留下，到了皇帝统治的匈牙利和克罗西亚地区。开普勒是唯一可以马上 回来的人，在一份正式谕令里费迪南德大公因为他是地方数学家的缘故而允 许他继续居留在格拉茨，但他必须谨慎行事，因为在当时，谁让领区的教士 替孩子洗礼，谁根据基督的命令领圣餐，谁拜访新教牧师，都是犯了弥天大 罪。谁在城里唱圣歌，谁看路德的传道书，就要被逐出城区。谁要求在墓地 举行殡葬仪式，想安慰临终的人，就是犯了重罪，就以滋乱肇事者论处。
家庭的不幸和反宗教改革带来的灾难，使开普勒深感痛苦，他对自己也 日渐不满，他责备自己“胆小怕事”，他说自己想寻找一条穿过密密丛林的 道路，却又在丛林中停留下来。开普勒在痛苦中的唯一快乐是对科学的研究。 为了逃避痛苦，他又回到占星术中去，尽管他十分厌恶占星术。
就在开普勒处在黑暗的痛苦之中时，突然一线希望之光照亮了他，他被 丹麦大天文学家，在布拉格鲁道可夫二世国王宫廷任职的帝谷·布拉赫邀请 到布拉格去一起研究天文学。早在1592年，开普勒就曾把自己的第一部著作
《宇宙的奥秘》寄给帝谷，帝谷就曾邀请开普勒到万斯贝克去。现在，他又 发出了第二次邀请，他在给开普勒的信中说：我不是因为您遭受厄运而请您 来此，而是出于共同的研究愿望和要求请您来此，请您不要把我看作是一位 命运的朋友，而是看作是您的朋友，即使在您不幸的时候，他也不会拒绝给 您出主意想办法，他极想谒诚地帮助您。开普勒欣然接受帝谷的邀请，于1600 年携眷来到布拉格。
六、帝谷·布拉赫及其对天文学的贡献
帝谷·布拉赫，出身于丹麦的贵族家庭。14岁时因当年的一次日食引起 他对天文学的浓厚兴趣。1572年秋天，天空中突然闪现一颗明亮的新星。这 颗新星的光辉异乎寻常，它不仅比所有恒星都亮，而且盖过亮度最大的金星， 甚至在阳光普照的白昼也可以在天空中看到它。这颗新星的出现，惊动了全 世界，也激发了年轻的帝谷献身天文观测的热情。要知道这颗新星到底是什 么，必须要知道它在哪里，首先引起帝谷兴趣的是测量它的距离。如果它距 离地球不太远，那它应该同月亮和行星一样，对其附近恒星发生相对的位移。 帝谷以其精湛的技巧对新星作了精心观测，却丝毫没有发现这种情形。它既 没有像月亮那样明显位移，也没有行星那样迂回曲折的视行。这意味着新星 远在月亮和行星的轨道之外，绝非是什么某种大气现象，而是高于恒星一类 的星球，后人为纪念他，将这颗新星命名为帝谷星。
帝谷的声望和观测才能得到丹麦国王腓特烈的赏识。1576年，他被聘为 皇室天文学家，受到额外优待。国王把位于哥本哈根和赫尔辛基之间海峡上 的赫芬岛交给他使用，并拨给他一笔款项。帝谷用丹麦王的资金在岛上建立 了巨大的观天堡，配备当时最精密的观测仪器，有一部分仪器是他自己制造 的。这些仪器被放置在有活动房顶的地下观察室里，这样可以防震和防风。 他的最主要的仪器是一个半径2米的大象限仪，其读数精度达到1／6弧分， 这在当时是空前的。帝谷在那里呆了21年，做了大量观测，同时作出几项重 要发现。腓特烈国王去世后，帝谷失去了支持者，由于同僚的嫉妒，他被迫 离开他的天文台，避居哥本哈根，他只抢救出他的极珍贵的仪器。但为观察 星星而建立的巨大天文堡不是被拆除，就是很快倒塌了。这件事对他的打击 很大。幸好另一位以奖励天文学著称的奥地利国王普道尔夫二世支持了他， 不仅许以优厚俸禄，还在布拉格为他建造了一座天文台，帝谷于1599年来到 布拉格。
帝谷对天文学的贡献是多方面的。精密的天文观测是他主要的贡献。他 发明新的观测仪器，并对旧的仪器进行改进。他所作的观测精确度高，是他 同时代的人无法相比的。他在20年间对各个行星位置的测定，误差不大于 0.067度，这个角度大致相当于将一枚针举一臂远处，用眼睛看针尖所张的 角度。他还发现了同球运动的“二均差”，对蒙气差有了更完善的了解。
帝谷的另一成就是对彗星所作的观测。他指出，那些来无影、去无踪的 拖着长尾巴的彗星也不是什么大气中的某种爆发现象，而是一种天体。帝谷 通过观测证实，彗星的轨道远在月球之外，并且可以穿越行星天层而不碰上 任何阻碍。帝谷对行星运动的长期观测；积累了大量观测数据，是一笔宝贵 的财富。
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