罗伯特·科赫并不急于发表他那成功的试验和论证，因为他认为还有很 大的缺陷，于是他又给自己提出了第四个问题：
炭疽病到底是怎样在自然界中传播的呢？
通过无数次试验，科赫观察到，有时白鼠脾脏中的炭疽杆菌在显微镜下 死掉，就是把细菌再滴到牛眼房水也无济于事，这些细菌再也不能复原了。 给白鼠注射死去的细菌，白鼠也不再死亡。
一天早晨，科赫研究放在培养箱里很久的炭疽病菌悬滴，这些线状细菌 体内也显出斑点和珠状形体。这些大概就是芽抱吧？该怎么判断呢？科赫把 样品放到一边，又去从事注射的研究了。一个月后，他又把已经干燥的样品 拿出来，珠状形体依然存在着。对，的确是炭疽病菌的芽抱！
科赫立即往原来的样品上滴新鲜的牛眼房水，他进行新的试验达数月之 久。他终于弄明白了，炭疽病形成芽抱，这就是延续生存的形式。芽抱不是 在死牛的体内形成的，而是在动物排泄的细菌中形成的。形成芽泡必须具备 一定的条件，例如，地温在15℃以上。芽抱在自然界传播炭疽杆病菌。
研究到了这一地步，科赫决定要发表自己的研究成果，他接受科恩教授 的盛情邀请，来到布雷斯劳，为尊贵的朋友们做实验表演。
科赫详尽地阐述他的论断：“每一种寄生物在任何情况下都会引起疾病。 寄生物不能在其他疾病中出现，而是作为偶然的和非致病的寄居者出现。这 种寄生物最终可以完全脱离寄生体进行纯培养，一定能使试验动物染上类似 的疾病。”
科赫证实了他的论断。这样引起了后来的激烈争论：是不是所有的细菌 都属于唯一的一种类型？像很多研究人员所断言的那佯，或者费尔迪南德·科 恩是对的，因为他早在 1853年就认识细菌植物界，并明显地分为不同的类 别。科恩赞同巴斯德的观点：即“腐烂的原因及其引起很多种疾病的毒素要 到活组织中去找”。这的确是另一个广阔的有待进一步研究的领域……
现在，罗伯特·科赫在布雷斯劳证实时说：
“首次成功，一种奇异病症的病原学问题弄清楚了。这种疾病既不需要 研究人员费力，也不需要大胆而复杂的假说，根据它对土壤的依赖情况就足 以解释清楚了。显然有必要把炭疽病和炭疽病传染方式相近的疾病做比较， 首先是伤寒和霍乱做比较。希望在进行这些观察的时候，偶然找到以球菌或 类似裂殖菌的形式而存在的伤寒和霍乱菌。我们不应该让那些由于某些疾病 一时还不能被征服而出现的困难所吓倒，允许以此通过试验作为一种手段来 达到目的。只是不应该再像现在这样从最困难的地方开始。而是通过把传染 病的病原学加以详细比较，来搞清楚频繁而又严重地传染给人类的疾病的实 质并能找到可靠的方法来预防这些疾病。”
科赫把他的实验报告发表在费尔迪南德·科恩主编的《植物生物学杂志》 上，题目是《炭疽病病原学：论炭疽杆菌发育史》。
六、等待机会
科赫返回沃尔施太因之后，为了遵循“永不虚度年华”的诺言，他又开 始了新的研究。他先是着手用一品红、甲基紫和所谓的新褐色为他的细菌染 色，接着用加拿大树胶和醋酸将标本封好，从而达到长期保存的目的。
这些研究成果都写在题为 《细菌的研究、保存和摄影过程》一文中，并 且送到科恩教授的手中。教授很感兴趣，立即在一个学术会议上宣读了这篇 论文。
1870年，尽管科赫高度近观，不符合军事要求，但他作为志愿兵参加了 普法战争。在野战医院，他熟悉了创伤的处理并在传染病卫生所深入了解了 伤寒的破坏作用。这一段经历使科赫后来在伤口感染和腐烂的研究上起了很 大帮助。
科赫在1877年秋天开始研究伤口感染和腐烂，和同行一样，科赫给动物 注射变质血液。苦干小时后，动物死掉了，但是科赫在内脏器官里没有发现 细菌。把死动物的血液注射到健康白鼠身上而染病的试验也失败了。相反， 却是一只注射了一小滴发炎水肿液的小鼠在50小时后死掉了。就是在这只小 动物身上也没有发现细菌，尽管他在显微镜下观察了半夜。
问题出在哪儿呢？难道在显微镜上吗？
正好在不久以前，年轻的物理学家兼数学家恩斯特·阿贝为显微镜设计 了一个新的照明装置，英国的许多研究人员已经开始使用了，而德国还役有 人用。
科赫向阿贝求援，并且借助阿贝的聚光灯和油浸透镜，要找的细菌在视 野里出现了。科赫在论文《创伤感染微生物初探》中写道：“用适当的染色， 用阿贝的照明装置和均匀的油浸方法，情况改变了。在以前根本看不到或难 以观察清楚的独特的细菌样品里，应用这种方法，整个景象就意想不到的清 楚和明显了，就能很容易地观察到细菌了，并和样品中着色的东西完全有把 握地鉴别开来。”
这时，费尔迪南德·科恩和他的朋友们联合起来把罗伯特·科赫迎接到 布雷斯劳，聘请他担任筹备中的卫生研究院的副教授。由于在短期内不能建 立这所研究院，向教育部递交的呈文被拒绝了，致柏林的申请书和信件也都 没有得到答复。但是1879年的夏天，科恩还是成功了，未经宣布就把他调到 了布雷斯劳的诊所。
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