1884年霍乱医疗队在印度工作期间，他产生了疟疾可由蚊子传染的看 法。
1898年5月科赫从东非经那不勒斯和罗马回到法兰克福，然后到柏林。 同年8月，他又去意大利研究疟疾。他证实了法国医生拉维的发现，苏格兰 医生曼松和罗斯关于疟蚊的理论是正确的。并为罗马北部的小镇格罗赛托提 出洋尽的抗疟计划。当英国人罗斯试图根除疟蚊的时候，科赫把注意力放在 研究用奎宁治疗疟疾上。今天我们知道，两者结合起来是最奏效不过的了。
1899年4月，科赫领导一个医疗队前往爪哇，然后到德属新几内亚和太 平洋中的德属岛屿。他发现了一个疟疾区（无法根除的）；他还发现，在看 上去健康的人身上可以找到疟疾寄生物。如果这些人遭到任何其他不利情况 袭击时，由于高热发作就会突然染病。科赫作了恰当的归纳：“如果要把疟 疾当作常见病治疗的话，那麽治疗潜伏的疟疾具有头等重要的意义。”1900 年7月20日，他自德属新几内亚满怀信心地报道：“事实上我已试验成功了， 根据已证实的征服其他传染的原则，我也征服疟疾病，并且从而提供了证据， 疟疾病也是一种普通人可以摆脱的传染病，只要人愿意并且真正开始摆脱的 话……”
罗伯特·科赫在太平洋岛屿研究疟疾工作开展了一年之后，1901年7月 23日重新在医学界露面了。关于这件事，他在日记中写道：“我关于家畜结 核病文章的发表像一声霹雳。”
科赫提出了关于结核病的最新看法：一、人的结核病菌和牛的结核病不 一样；二、牛的结核病菌可以传染给人，但这种传染病一般来说不严重。原 始的肠结核病人的身上很少；三、所以结核病的预防措施，首先应是针对人 的结核病菌。
毫无疑问，这些观点大大偏离了以前的观点，并出现了激烈的矛盾，特 别是因为预防牛奶、黄油和肉类传染家畜结核病的措施都失去了决定性的意 义。
科赫最激烈的对手是他的学生埃米尔·冯·贝林，他认为人的结核病和 牛的结核病是一致的。经过这场使科赫深感遗憾的争论以后，老师和以前的 学生之间的桥梁彻底断绝了。后来，1905年12月5日，科赫在接受诺贝尔 奖金时，在他的报告《关于征服结核病时的情况》及其他报告中强调：“我 并不是希望别人这样理解我，好像我蔑视根除牛结核病的决定。”
1902年12月科赫接受了英国政府的邀请，前往罗得西亚的红河研究和 治服再度发生的牛传染病。几个月前他光荣地获得了一个极大荣誉，巴黎的 科学院选举科赫为国外的成员。
1903年1月中旬，在罗得得西亚的布拉瓦约扎下营地，但对于被他称之 为抗“海岸热”病，注射疫苗并没能解决问题。
此外，科赫还想侦踪所谓“马亡症”，但没有成功，因为这是一种极不 容易观察到的过滤性病毒。科赫把全部精力投入了研究工作。一天早晨将近 5点时，他叫醒了他的同事克莱诺：“我们得赶紧出发，附近有一匹马得了
‘马亡症’，应马上解剖！”疲惫的克莱诺建议推迟解剖，因为他还没有睡 好觉。一夜总是梦见病马。科赫奇怪地问：“是呀！如果你不梦见疾病，那 麽你以后做什麽呢？”克莱诺听了这话，只得苦笑一声。
十、退休的医生
1904年4月初，科赫开始从布拉瓦约启程回国，在埃及下了船，5月中 旬到达了那不勒斯。船只在圣维森提角触礁了。幸运的是科赫收集的材料和 行李都打捞上来了，没受损失。
7月23日，柏林的医生和科赫的学生们欢迎和祝贺他们的老师。像他希 望的那样，他的得意门生格奥尔格·加夫基成了他的接班人。加夫基在讲话 中表达了自己的心意：“对学生的慈爱和同情没有任何人能超过您。”
科赫在致答辞时保证，他将永远忠于“我们的科学事业”。
1904年10月1日，罗伯特·科赫退休了。
然而退休的医生并没有在家里享福，他离不开他的研究工作。12月27 日，他启程去达累斯萨拉姆，非洲的疾病需要他去研究。首先研究的三种病： 海岸牛热病、非洲回归热和锥虫病，也就是由于各种单细胞的鞭毛滴虫在人 和动物身上引起的疾病。科赫很快证实了一种扁虱是传播回归热的罪魁，而 所谓回归热菌，是弯曲的螺旋状菌。
1905年12月5日，科赫荣获诺贝尔生理学及医学奖，以表彰他在研究 肺结核病方面的成就。几个月后，他又获得普鲁土艺术与科学高级勋章。
回到达累斯萨拉姆后，科赫弄清了哪些动物得了海岸热，哪些动物得了 克萨斯热。为了研究锥虫病，他又到内地去了。他经历了不少艰难险阻，表 现出他不但是一位医学博土，而且是一位好猎手。
当科赫还在维多利亚湖的塞塞群岛工作的时候，他从《德国医学科学》 领导人那儿得知一个消息，为治疗肺结核病创立了“罗伯特·科赫基金会”。 科赫在回信中保证。“要尽我的一切力量来促进事业的完成。”在相当短的 时间内就募捐了100万马克。 国人安德列夫·加内基捐了50万马克，德国 皇帝捐了10万马克。
1907年11月4日，科赫回到柏林，受到了热烈的欢迎。医生们赠给他
“罗伯特·科赫奖章”，皇帝封他为“阁下”。
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