有些医生与他争辩，并从《名医别录》、《雷公炮炙论》、《升炼丹药 秘决》一类书中，找到理论根据。
李时珍反驳说：是的，古代医书是很有价值的，古代医学家也值得我们 佩服。但是，他们的思想中的错误，是不能坚持的。李时珍又说：“巴豆， 本是毒药，用得得法却可以去大病，不得法就会误人性命。可是陶弘景这位 我佩服的先辈却说，人吃了一颗巴豆就会死，老鼠吃了却可以肥到三十斤重。 我不相信。还有唐慎微讲，菌桂合了龟脑子，吃七年，可以在水上步履如飞， 也令人不信服。这些其实仅仅是上了道书的当，与医学上的真理是不能相容 的。”
李时珍还指出，“伏翼”就是蝙蝠，有的地方又叫夜老鼠，有人认为它 是“仙鼠”，入药服用，可以“令人肥健长生寿千岁”，这实在荒唐。他指 出，伏翼白天倒悬在洞窟里睡眠，傍晚外出飞行活动，只不过是一种捕食蚊 虫的动物而已，服用它令人不死的说法，实际是方士骗人的话，是没有道理 的。
公元1567年，嘉靖帝吞服丹药送了命。新皇帝穆宗继位后，把怒气完全 发在方士身上，大肆逮捕，处死方士，废坛醮、撤炼丹所。这样一来，没有 人敢讲炼丹服药的事了，一些医生吓得连炼丹用过的雄黄等药也不敢提了。
李时珍再次坚持真理，以科学的态度对待炼丹术。主张炼丹术要为医药 学服务。他运用炼丹方法，亲自试验，学会了许多炼制化学药物的方法。他 说：“水银的确不能吞服，但是它治病的功用是不可抹煞的。”他就研究过 用水银合猪油治疗某些皮肤病。
李明珍的坚持真理正义的态度，表现了他不畏强权、崇高科学的高尚品 格。他不顾个人安危，勇敢地反对方士的斗志，不仅受到人们的称赞，更使 人肃然起敬。
李时珍高尚的品质还表现在他同情贫苦病人，仁德待人方面。
李时珍常常免费为穷人治病，他知道，疾病对穷人的威胁有多大，他就 尽自己所能，竭尽全力帮助这些穷人。有时这些人带一只南瓜或几尺布就算 诊费。李时珍不仅尽心帮他们治病，而且常常在衣食住行等方面帮助他们度 过难关。
李时珍在楚王府做奉祠正的几年，他治好了楚王儿子的病，楚王全家非 常感动。王妃为了表示感激之情，亲自拿了金银锦帛来报谢，李时珍坚决不 肯接受，表现了高尚的情操。在王府里也树立起威信，使他可以进行著述《本 草纲目》的工作。
李时珍在楚王府期间，念念不忘老百姓的生活，他常去外面给人治病。 常去蛇山观音阁，许多走不进王府大门的病人，都跑到那里去请他治病。
李时珍心中装着危难中的病人，所以他才能不畏任何艰难险阻，以一种 医生的责任感以及对病人的同情心，顽强地同困难作斗争，写下了巨典《本 草纲目》。
李时珍还蔑视功名利禄，一心一意做有益于人类的事。
李时珍经过三次科考，都失败了，但他并没有就此沉沦，而是以一种乐 观的态度选择一项更加有益的职业。他的选择不是以社会地位的高低、功名 利禄的多少为尺度的，而是以是否对人们的生活更有价值来选择的。
他的这种轻薄功名而重视社会价值，对人生始终抱有乐观进取的态度是 令人敬佩的。
他不仅自己这样还鼓励身边的人也要乐观向上。
一次，李时珍去看望罢官回家隐居的吴明卿。吴明卿，字国伦，是当时 的文坛名士，明“后七子”之一，曾经因不满奸臣严嵩，不满官场上的腐败 风气，罢官隐居。看到闲居家中的吴明卿，他曾做一首诗 《吴明卿自河南大 参归里》：
青锁名藩三十年，虫沙猿鹤总堪怜。
久孤兰杜山中待，谁遣文章海内传？
白雪诗歌千古调，清溪日醉五湖船。
鲈鱼味美秋风起，好约同游访洞天。
这首诗的大意是：一位享有盛名的人物，辗转官场数十年，由于朝廷昏 暗，忠奸不辨，突然一朝罢职，成了牺牲品，实在令人惋惜。可是，你总是 独处家中，企图洁身自好，这么一来，又有谁去写诗作文流传于世呢？你满 腹才华，应当象李白那样吟阳春白雪之歌，咏流传千古之调；你应当和朋友 们出去游玩，饮美酒，荡轻舟，饱览大自然的无限风光，借以消愁遣兴。等 到秋天，正当鲈鱼肥美的时候，我们相约几位同伴，一起到五湖去观赏那“洞 天福地”的胜景吧！
从李时珍的这篇访友赠慰之作，可以看出，一方面，他对吴明卿的遭遇 感到愤愤不平，一方面又不同意他消极的处世态度。他赞赏吴明卿的才华， 勉励他虽然在官场上失败了，但却可以在文坛上大显身手，这种态度正与他 本人完全一致。他在科举场上的失意，反而促成了他在科学上的伟大成功。 表现出他对于权势利禄的傲然轻蔑。
而且，李时珍以医学发展为己任，他为了这功在当代，利在千秋的巨著， 为了更多的受疾病煎熬的人们，他断然离开庸碌无为的官场。这是1557年的 事，他被推荐到京都太医院任院判，但他并没有把功名利禄放在心上，他把 更多的精力放在太医院所属的寿药房、御药库以及那里收集的大量医学书籍 上，他没有追随那些庸碌的医生去讨好奉迎皇帝，而是埋下头来为《本草纲 目》的修订，做了大量的准备工作。任职仅仅一年，他便辞职回到清静的蕲 州，去全心全意地在医学海洋里遨游。
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