李约瑟除了讲授几门生物化学课和出席系内一些有关生物化学的会议 外，开始把全部精力放在中国科学技术史的研究上。随着研究的深入，兴趣 也愈加浓郁，于是他决定撰作《中国科学技术史》。
李约瑟在谈到编写这部书的起因时讲道：“中国对西洋人来说是一个疆 域辽阔、古老富庶而又有卓越文化的发源地，但对于这一文化知之甚少，在 西方人心目中，中国文化同印度文化、伊斯兰文化和西方基督教文化一样， 都是迄今仍然生存着的伟大文化，至于其成就与其重要意义则茫无所知，他 可能想到的是关于它的时事，最多是过去半世纪以来，尤其是中国在国际事 务中东山再起的影响。一个西方人，他可能信服 （正如李约瑟的巨著《中国 科学技术史》所指出的那样），在基本性的发明中，印刷、纸、磁针都源自 中国，也许还可以加上火药、眼镜或制作陶瓷的转盘；除此以外，他们就觉 得模糊了。一个西方人也许会有这么一种印象：中国人根本上是讲求实际的 人，有能力完成令人感兴趣的技术创新，但这些创新，没有一样是他们所谓 的科学的。即使他觉得有一些也许可以算作是科学的，但也会怀疑它们对西 方曾经有过什么深远的影响。撰写《中国科学技术史》的目的，过去是、今 天仍然是为了消除这种模糊观念，打破这种无知，肃清这种误解，把人类努 力的不同源流归结到一起，使能发现，他们并不是分道扬镳，而是万流归宗 的。这项工作很艰巨，却又是必要的，有价值的，而且是急需的。”
他还记述道：“留居中国的四年岁月，注定了我此后的命运。从此以后， 除了编写一本过去西洋文献中旷古未见的有关中国文化中的科学、技术、医 药的历史专书而外，别无容心。我这一本书当初的想法只是纤薄的单卷独本， 然而历史的发展决定不是那么一回事。起始从科学的系统而轻而易举地将整 个领域分为7卷——这个安排我们仍坚持不移，可是资料的整份聚积成堆与 急迫的需要，以致各别分卷又茁生各成六帙，于是这一事业最后完成时，可 能得要确确实实的20卷光景了。”
正当李约瑟准备全力以赴编写《中国科学技术史》的时候，1950年6月， 朝鲜爆发内战，随后美国介入，中国政府提出抗美援朝，派志愿军跨过鸭绿 江参战。战争中美国肆意使用细菌毒气弹。1952年，李约瑟参加了国际调查 委员会，调查对于美国在中国东北和朝鲜进行细菌战所受到的指控，委员会 受到一批美国中国科学家和医务人员的大力支持。李约瑟的身份是委员兼秘 书长。他不顾英美两国当局的警告，而且一度身受英国政府取消其威廉·顿 爵士生化教授职位和处以叛国罪的威胁，大义凛然，向全世界揭露了美国抛 掷细菌炸弹的真相，使美国政府十分狼狈而不得不有所收敛。显示中国抗美 援助的正义合理，极大地鼓舞了中朝两国前线战士的斗志，为抗美援朝做出 了贡献。但李约瑟却因此遭到迫害。回英国后，他遭到多方面的辱骂和攻击， 过了好久才缓和。美国政府不欢迎他访问美国，也不给他签证。当时，除了 生物化学系的同事和基兹学院的一些院士以外，很多以前在剑桥大学的朋友 都回避他，英国知识分子中，同情和反对李约瑟的，各占一半。由此可以想 见他的处境。但是他当时的这份调查报告，却成了现在一切有志研究生物战 史者的“必读材料”。可以说，他参加这次调查是他在抗战时同中国科学界 结成友谊的直接结果。当时中国多么需要有人支持，而李约瑟大胆地给予了 支持。
有一件事颇能反映李约瑟的性格。他们从朝鲜归来的途中，由于公路被 炸，车辆只能单向通行。李约瑟作为一位剑桥教授，却毫不犹豫地跳下车， 当了一阵子鸭绿江桥上的交通管理员，指挥两方来往的车辆同时通行。
在他调查朝鲜细菌战期间，他并没有停止中国科技史的研究工作。当时 英国的所谓汉学家，大都对李约瑟的中国科技史研究抱有很大怀疑，他们中 有些人认为中国的科技贡献微不足道，不值得小题大做，有些人则认为只有 他们汉学家方能完成任何有关中国问题的研究。这些都是李约瑟所面对的困 难。
编写《中国科学技术史》的首次设想是在第二次世界大战中期。如前所 述，随着新中国的兴起，并逐渐成为无可争辩的世界强国，李约瑟对于她的 文明及其对世界的一切贡献的好奇心，增长得远远超乎意料。不论怎样，即 使具有一个比纯从当时政治情况更有长远观点的人们，在好多方面取传统博 爱人本的态度来看待中国文明者仍然占有优势。研究科学、工艺与医药在中 国文明中怎样发展起来的历史引起了充分的重视。中华人民共和国建国初期 成立的中国科学院为此设立了自然科学史研究所。
开始时，李约瑟唯一的援助得自西欧汉学家的著作，少数几个前时代的 中国学学者（汉学家），如古辅瑞、沙畹、翟理思、伯希和、马伯乐。当工 作顺利开展后，他每周能收到一尺高的新书，如论述宋代的灌溉，晋代、鞑 靼的文官制度，关于道教等，国际上对中国文明的研究发展很快，对李约瑟 等人编著《中国科学技术史》起了一定的推动作用。
这个庞大事业的规划的提出，也是为了解决人类历史上成千个疑难问 题。为此李约瑟在剑桥建立了一个巨大厚实的情报档案与检索工具的资料 库，他收集的资料装在文件夹子和索引纸盒里，远比以后编成的巨著《中国 科学技术史》卷帙多得多。这些资料后来成为东西科学史图书馆的资料。
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