接着，孟德尔开始了第三阶段的工作。他很清楚，植物的性状并非只有 一个，而是多种性状并存，必须进一步探索两对及两对以上性状植物杂交的 遗传规律。他又开始进行新的豌豆杂交实验。
孟德尔以圆形、黄色种子的植株与皱形、绿色种子的植株进行杂交，结 果子一代的种子全为圆形黄色，这说明圆黄种子性状为显性。杂种自交子二 代除了有圆形黄色、皱形绿色种粒外，还出现了两类新的组合型——圆形绿 色和皱形黄色种粒。孟德尔对杂种个体数进行了统计分析，在总共556颗种 粒中，圆黄为105粒，皱黄为101粒，圆绿为105粒，皱绿为32粒，其比例
2 大约为9∶3∶3∶1，恰好是（3∶1）的展开式。其中圆形与皱形种粒，黄 色与绿色种粒数目之比仍为3∶1。孟德尔进一步用统计中的独立事件自由组 合同时发生的可能性予以解决。他尝试了各种不同组合，从表现形式上看实 验结果与理论分析完全吻合！
为了验证这个假说的可靠性，他又做了回交实验，其理论预测又一次在 实验结果中显示了出来。这证明了假说的正确性。
这样，孟德尔发现了又一条重要规律：当同时具有两对或两对以上不同 性状的植物杂交 （例如圆黄豌豆×皱绿豌豆）并产生第二代杂种时，其中每 一个性状各自按3∶1的比数独立分离、互不干涉、自由组合。这条规律，后 来被称为“孟德尔第二定律”或“自由组合定律”。
孟德尔继之又对三对可区分性状的植物杂交遗传进行了实验，他用圆形 种粒、黄色子叶、灰色种皮的豌豆与皱形种粒、绿色子叶、白色种皮的豌豆 杂交，子一代表现为明显的显性，子二代发生性状分离，出现了8种表现类
3 型，其比例为27∶9∶9∶9∶3∶3∶3∶1，它正是（3∶1）的展开式！
孟德尔由此推而广之，将之上升为普遍法则，即多种相对遗传因子杂交
n 的（3∶1）的遗传法则。这个遗传法则不仅有理论意义，它还是选优种的指 南。它揭示了遗传性的数量规律。
孟德尔从豌豆杂交实验中发现了单个性状和多个性状的遗传规律，他必 然想到用其他植物来验证这一遗传规律的普遍适用性，于是又进入了第4个 阶段的实验。
他曾以菜豆为例，经过多年种植和杂交实验，发现其相对性状在杂种后 代出现的数目比例及规律与豌豆相同。此外，他还从事了山柳菊、金鱼草、 大巢菜、紫茉莉、水杨梅、毛蕊花等14个属30多个品种的植物杂交实验， 但一些植物表现出来的杂交遗传规律不同于豌豆，产生的杂种介于两个亲本 之间，而不表出为显性。孟德尔百思不得其解，他认为“这是一个悬而未决 的问题，现在我们只能提出它，但不能做出解答。”当时的孟德尔还无法知 道，山柳菊具有特殊的生殖行为，由于这个属的一些品种是无融合生殖，即 雌雄配子并不发生核融合，而由未受精的卵或反足细胞或助细胞直接发育成 胚，因而后代性状就不发生像豌豆那样的性状分离。这一现象到了20世纪才 为人们所发现，所以我们就不能苛求孟德尔了。
其实，现在看来孟德尔发现豌豆的遗传规律也有其历史偶然性。孟德尔 当时也不知道他选择的7种不同的相对性状的因子恰恰分别位于7个不同的 染色体上，因而不发生遗传因子的连锁现象，所以豌豆的遗传因子在杂交过 程中都是独立自由组合的，因此孟德尔发现了遗传学定律。假若不是选择这 7种相对性状而是其他的性状，而其中两两的因子都位于同一染色体上，那 么光耀生物学的遗传学定律就很可能从孟德尔身边悄然溜走而转入他人的手 中。对于遗传学的发展来说，也可能要延迟数十年，整个历史都要重新改写。 对孟德尔来说，豌豆杂交实验的成功，也许是天赐良机。
天道酬勤。机遇总是特别垂青于那些孜孜以求者。从孟德尔的成功历程 中，我们又一次明白了这个道理。
四、埋没34年
1865年2月8日傍晚，春寒料峭，天气晴朗。在布鲁恩高等技术学校新 建的楼房里，布鲁恩自然科学研究会的例会即将举行。40名会员聚集在研究 会长戴伊默尔的客房，静候着格里戈尔·孟德尔前来讲演。
孟德尔穿着黑色的修士长袍，戴着高帽，腋下夹着自己的论文准时来到 会场。学会秘书、孟德尔的好友尼耶塞尔向他表示了欢迎，一些知名学者也 向这位人缘挺好的神父表示敬意。他们之中，有生物学家兼地质学家玛柯乌 斯基、藻类学家奈维、化学家舍尔麦克和研究会副会长、植物学家戴伊默尔 等人。
由于内容甚多，讲演分两次进行。在当天的第一次讲演中，孟德尔只是 宣读了事先撰写好的论文，介绍了实验的目的、方法和过程，为时一个小时。 与会者很有礼貌而饶有兴致地听完了他的报告。
一个月后（3月8日），在下一次例会上，孟德尔进行了第二次讲演， 着重根据实验数据进行了深入的理论论证。看来，听众对连篇累牍的数字和 繁复枯燥的论证毫无兴趣，因此反应颇为冷淡。报告结束后，既无人提问， 也未进行任何讨论。与会者默默走出会场。但布鲁恩地区的大部分报纸都报 道了这两次演讲。在某家报纸上，还刊登了由数学家奥斯庇兹教授提供的扼 要介绍孟德尔讲演的报道。
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