正当巴斯德为能使全国都享受他发明的利益而欲进行深入的研究时，忽 然受到老教授杜马的恳求：希望他能研究正在法国南方蔓延的可怕的蚕瘟 疫，以拯救濒于毁灭的法国蚕丝业！
当时巴斯德还没有很多的生物学知识，甚至不能十分准确地区分蚕和蚯 蚓，要去研究治疗蚕病，自然困难重重。但对于前辈的敬重和对国家的责任 感，使他毅然挑起了这副重担。
带着妻儿和三个精力充沛的助手，巴斯德来到法国南部的蚕业灾区阿 莱。
得病的蚕身上都有棕黑色的斑点，像撒过一层胡椒，当地人称它为“胡 椒病”。得了病的蚕，都难免一死，极少数结成了茧子，可用钻出的蚕蛾产 的卵孵蚕，全都是患病的后代。当地人绞尽脑汁，用尽了各种方法来对付蚕 病，可都失败了。巴斯德想，与其盲目地尝试各种无济于事的办法，不如找 出病的根源，他决定用显微镜来探寻蚕的病因。他把病蚕用水磨成糊汁，吸 一滴放在玻片上，放到显微镜下观察，经过多次仔细的检验，终于发现病蚕 体内都有一种棕黑色的椭圆形微粒存在，而在健康的蚕身上是绝对找不到这 种微粒的。他设想，这种微粒可能就是使蚕得病的真正原因。
工作进行到第二年，许多养蚕户开始怀疑了，他们抱怨说：“政府应该 派个动物学家或养蚕专家来，至少也派个兽医来，怎么选了个化学家！他整 天用显微镜看，难道能把蚕病看好吗？”巴斯德默默忍受着冷嘲热讽，心里 想着：“让时间来证明吧。”
在阿莱的日子里，他失去了他尊敬和热爱的父亲，他赶回家乡时，只见 到了父亲的棺材。在继长女和幼女不幸得伤寒去世之后，他年仅12岁的次女 在此期间又得了伤寒症，没有见到父亲就死去了。巴斯德抑制住内心的悲痛， 更加专心于研究，他觉得：“只有工作可以使我的思想脱离深深的悲哀”。
巴斯德呕心沥血地进行实验，终于发现，细菌不仅存在于病蚕身上，同 样存在于雌蚕蛾体内。根据这一发现，他发明了一种既简单又准确的检种方 法：把交配过的雌蛾放在一小块麻布片上产卵，然后将产完卵的蛾缝在麻布 的一角，等它干枯后，取一部分捣烂加水稀释，用显微镜检查。如果有微粒 或微粒的痕迹存在，就连麻布一起烧掉；如果没有，则它的卵就是健康的， 可留作明年的蚕种。
接着巴斯德便四处奔波为农民传播挑选好蚕的方法。由于过度疲劳，46 岁的他终于病倒了。他得了中风，开始半身不遂。在人们送他到海湾去疗养 的途中，他还念念不忘给蚕治病。巴斯德同蚕病奋斗了6年，终于使法国的 养蚕业从困境中解脱了出来。
通过对蚕病的研究，巴斯德认识到，微生物是可以控制的。当时在法国 的许多牧场，绵羊得了一种病，死亡率几近一半，损失惨重。人们把一些草 地称为“瘟场”、“瘟山”，因为羊群经过那里，仅仅几小时后，就一批批 四肢颤抖着倒下去，连牧羊人都没看清他们是怎么死的。死尸立刻膨胀起来， 稍微撕开一点皮，就有发黑的粘血流出来，所以人们称之为炭疽病。
1878年，巴斯德受法国农业部的委托，正式开始了防治炭疽病的研究。 经过实验他发现，炭疽病的病原体是一种杆状细菌——炭疽杆菌。他和助手 到农场仔细观察绵羊染病死亡的过程。他们在草地上撒下大量的杆菌培养 液，奇怪的是，这里的羊并不得病死亡；而那些在“瘟场”、“瘟山”吃过 草的羊，却死得特别多。巴斯德非常精明，他在撒下含杆菌培养液的同时， 让羊吃些带芒刺的植物，使羊的口舌受微伤，杆菌从伤口进入血液，羊就染 病死亡。那些“瘟场”、“瘟山”正是长着带芒刺的植物，才使绵羊吃草后 染病死亡的。于是巴斯德告诫人们：把病羊尸体埋在干燥的砂石质的深土中， 那里是不长草的，同时要注意不使羊吃到带芒刺的草，这样，羊就可以幸免 于难。
人们把巴斯德看成了农牧业的救星，当1880年法国农村流行鸡霍乱时， 又向他发出了紧急呼救。鸡霍乱是一种导致家禽迅速大量死亡的传染病，巴 斯德发现，它是由霍乱菌引起的。
这一年的夏天，巴斯德回家乡度暑假，无意间把剩下的带有霍乱菌的鸡 标本留在了实验室。到10月份他返回时，那东西还在，于是他立即重新进行 实验。他把放置了三四个月的老疫苗注射到健康的鸡体内，结果鸡安然无恙。 他又把新的霍乱菌注射到这些注射过老疫苗的鸡身上，结果这些鸡也不得 病。他据此得出结论：他终于找到了人工接种疫苗预防得病的方法！
经过反复的实验论证，巴斯德公布了他的发现：“通过简单地改变病菌 的培养过程，即把两次连续培养的时间延长一些，由于氧气的作用，使细菌 减少了毒性，便获得了一种不断减少毒性的方法，并最终获得可接种的疫苗。 用这种疫苗给动物接种后，只引起轻的病症，却能防止致病的传染。”巴斯 德减毒疫苗的发明，为实验免疫学奠定了基础。
预防鸡霍乱有办法了，那么，牲畜的炭疽病，是不是也可以采用同样的 方法来预防呢？巴斯德想，问题的关键在于必须制造出毒性减弱的炭疽病疫 苗。
用延长存放时间的方法是不行的，因为炭疽杆菌不怕氧气，否则便不会 有什么“瘟场”、“瘟山”了。巴斯德想起，他曾经将炭疽杆菌的培养液注 入母鸡的体内，而母鸡却出乎意料地没得炭疽病。经过再三思索，他认为， 可能是因为母鸡的体温要比绵羊等畜类高好几度，所以它能抑制炭疽杆菌。 果然，将注射过菌液的母鸡浸在冷水里，它就抵抗不住，也得炭疽病了。
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