但是，对于这些成绩，米丘林仍旧不很满意。他在总结这一阶段工作时 说道：“从最好的本地品种中选出一对一对的亲本植物，施行人工杂交，但 是由此得到的杂交品种仍然不能达到所需要的标准；其次，以本地品种与南 方品种进行杂交，由此得到的品种虽然结出了比较味美的果实，但大多数的 果实不能贮藏过冬。”他认为这是由于本地品种是在本地区培养出来的，在 当地已有长久的生长历史；而南方品种还只是“新来的客人”。因此，在杂 种后代的遗传性上，本地品种的性质往往占优势，而南方品种的优良品性不 能充分表现出来。于是米丘林进一步采取了远缘杂交等方法进行研究，获得 了更大的成就。
米丘林的远缘杂交法，是选择两种出生地相隔很远、生长条件差异很大、 植物形态本身的亲属血缘关系较为疏远的外地果树进行杂交。这样杂交的结 果可以获得动摇性最大的杂种后代。因为杂种的父母本的遗传性，在当地都 找不到它们所适应的生活条件，因此，这个新品种就不会偏向某一个亲本的 性状去发展，而是更容易为外界条件所影响。因此，就更容易培养出适应米 丘林所居住和工作的俄罗斯中部地带严酷气候的新品种。
米丘林在进行远缘杂交的过程中，还逐渐创造了作为杂交育种有效辅助 手段的“蒙导法”。
蒙导法就是利用嫁接的方法来培育杂种的特征和特性，利用具有某种符 合理想的特征和特性的那些果树品种作蒙导者，和杂种苗木进行无性杂交。 这种方法能很巧妙地把有性杂交和无性杂交结合起来应用，即在进行有性杂 交时，利用无性杂交来作为辅助，如把杂种幼苗的嫩芽嫁接到具有某种特征 的那些果树上；或者用那些品种的枝条做蒙导者嫁接到幼年杂种苗木的树冠 上。这样做的目的是强迫幼年的杂种苗木吸取蒙导者制造的营养物质，并在 它的影响下，获得蒙导者的特征和特性。
这里举两个应用蒙导法取得杂交成功的例子。
米丘林曾有两株“萨贝杨卡梨”的实生苗，生长了8年还没有开过花。 于是米丘林把几枝“玛利考夫梨”的枝条嫁接在其中一株的树冠上。两年之 后，这株“萨贝杨卡梨”就开花结果了。而另外一株没有嫁接“蒙导者”的 梨树，在它树龄长达20年后还没有开过花；还有一次，米丘林为了在苏联中 部培养出一种能够抗寒且品质优良的苹果树的新品种，曾把一种叫“康其 尔·西娜波”的、品质优良的苹果树的花粉给一种耐寒的“中国苹果”树的 花授粉，不久就得到了第一批杂交种苹果。从杂交种子中产生的杂种实生苗 在头一年冬天没有受过冻害，可是后来就逐渐丧失了母本“中国苹果”的耐 寒性，抵不住冬季严寒的侵袭，表现出垂死的状态。“怎么办呢？”米丘林 思之再三，最后决定从这些杂种苗木中，选出良好的苗木，把它们的芽嫁接 到母本植物——“中国苹果”树的树冠上，使杂种苗木的芽（接穗）受“中 国苹果”树（蒙导者）的影响而加强耐寒性。嫁接后的实生苗没有使米丘林 失望，杂种的芽子自从接到母本“中国苹果”树上去以后，便顺利地度过了 严寒的冬天。经过几年以后，米丘林逐步剪掉“中国苹果”树的原有树枝， 使树冠为接穗的枝条所代替。这样，通过“蒙导法”，米丘林培育成功了苹 果树的新品种——“康其尔·中国萍果”。
米丘林广泛应用蒙导法培育杂种苗木获得了很大成就：不仅提高了杂种 苗木的耐寒性，提早了果树开花、结实期，加强了果实的储藏品质、改变了 果实的颜色、大小、形状和风味，还提高了果实的含糖量和果树的生长速度 等等。
蒙导法的作用可说是重大的，然而这一方法还不能适用于远缘杂交的各 种情况。如进行种间杂交和属间杂交时，往往就会遭遇到不能受粉的困难。 种间杂交就是在植物学分类上属于同一个属的不同种之间的杂交。如“乌苏 里梨树”和“琴式布瑞种梨树”在植物分类上都属于梨属，但不属同一个种。 前者是属于乌苏里梨种，后者是属于普通梨种；属间杂交就是属于同一个科 的不同属之间的杂交。如山梨和山楂，在植物分类上都属于蔷薇科，但不属 于同一个属。前者属于梨属，后者属于山楂属，所以它们是远亲。针对种间 杂交和属间杂交不能受粉的现象，米丘林创造了许多有效的方法，“混合花 粉授粉法”便是行之有效的手段之一。
米丘林认为植物的受粉过程并不是两性细胞的偶然结合，而是一种复杂 的生理过程。在这个过程中，母本植物是性细胞，按照它们特有的适应力和 它们生理上的需要选择接受能够与它本身相适应的花粉。这种选择的能力是 生物在长期发展过程中形成的，是生物界进化过程中不可缺少的因素。
基于这一认识，米丘林于是便根据植物受精过程中的选择性创造了混合 花粉授粉法，以克服远缘杂交植物不可授粉的困难。
这种方法的实施就是把母本植株的花粉或者与母本植株相近的其他品种 的花粉，加到远缘的父本植株的花粉当中，然后把这种混合花粉授到母本植 株的“去雄”后的花朵上。这样，由于有近缘的花粉在内，就能够刺激雌蕊， 使它比较容易地与平常不能受粉的远缘植物的花粉发生授粉作用。
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