但相对而言，公府诸曹体制仍有缺陷，例如三府多少还有重复设曹的情况；而且，诸曹掾属系三公自辟（即自行任命），长官与吏员的关系有一定的“委质”、“君臣”意味，即私属意味。结构上的更大进步，生发于尚书机构。东汉光武帝时尚书台分六曹，大约是吏曹、二千石曹、民曹、南主客及北主客曹、三公曹，分掌选举、郡国二千石事、主庶民上书、外国四夷及断狱。东汉中后期又有调整。诸曹尚书之下，又有尚书郎36人。东汉的尚书郎如何分曹，现在仍不大清楚。到了三国魏明帝的时候，六曹尚书各有分工，23位尚书郎是一郎一曹，又构成了23曹，等于是尚书六曹之下的科处。祝总斌先生指出，尚书诸曹的名称，最初是按上奏文书者的身份来分工的，东汉中后期转以任务性质分工了，这就是一个进步。而且尚书、尚书郎都由大臣提名、吏部任命，非尚书令所能自决。所以尚书台中的长官与僚属关系，跟三公府又不一样，私属性质淡化了。还有一点也不是无足轻重：三公官居百官之首，又地处外朝；尚书令不过千石，仆射、尚书六百石，其名位远不如三公隆重，又地处宫中，更便于君主的驾驭操纵。
比起列卿体制和公府诸曹体制，尚书诸曹体制之所以更具发展潜力，一是行政合理化需要的推动，二是君主专制集权需要的推动。所以国务和事权日益向尚书台集中，三公府的诸曹则逐渐闲散化了。魏晋以来，三公府的职能意义不断下降，尚书机构却发展迅速，最终成为国务的中心，并在隋唐之际发展为吏户礼兵刑工六部体制，九卿机构转而从属于尚书六部了，并一直被沿用到明清。
三、军政与边防
强大的武装力量，是帝国安全和中央集权的保障。原始部族时代是全民皆兵的，本族的成年男子都有义务执干戈而卫社稷。秦汉还处于历史早期，全民皆兵的传统影响还在，所以常备兵的数量并不很大，兵员主要来自征发，兵役同徭役是结合在一起的。当然在战事频繁、兵员不敷之时，朝廷也采用募兵的办法。 汉朝把各郡分为两类：边郡和内郡。内郡的男子满23岁就得担任“正卒”，包括两年的兵役：在本郡当兵一年，兵种有材官（步兵）、骑士（骑兵）、楼船（水兵）、轻车（车兵）等等，每年八月郡守、都尉对之进行“都试”，即集训检阅；此外，是在京师担任卫士一年，或在边郡担任戍卒一年。在中央服役的卫士，或归卫尉统帅，保卫宫城；或归中尉统帅，保卫京师。中尉后来改称为执金吾。还有保卫关中各处庙寝园陵的。一年的辛苦结束，该罢遣回乡时，朝廷会为卫士置酒作乐。至于边郡居民，要承担本地的边防和屯垦，军事义务比内郡重多了。汉帝国的最大威胁来自北疆，所以北疆建立了严密的边防系统，经常有大量戍卒轮番到此服役。今天西北的旷野沙尘中，仍能看到当年候戍烽隧的遗迹，令人遥想“秦时明月汉时关”的严峻风光。 除了番上的卫士之外，京师地区也驻有常备军。汉武帝设羽林军、期门军，其将士大多来自关西六郡，其地民风剽悍，所以有“山东出相，山西出将”之谣。汉武帝又设中垒、屯骑、步兵、越骑、长水、胡骑、射声、虎贲八校尉，每军兵力大概千人左右。此外还有承担宫廷宿卫的郎官，数百人至两三千人不定。郎卫制与选官制是相结合的，郎官同时又是官员候选人。总的来说，京师的兵力保持在数万人左右，这个数字并不很大。可见汉延的军事征发体制相当有效，足以即时提供所需兵员。这跟某些王朝军力配置重点在首都的情况，以及像北宋养兵曾达一百三四十万人的那种情况，形成了鲜明对比。
秦在少数民族聚居之处实行“一国两制”，设置“属邦”。汉称“属国”，其级别相当于郡，各有属国都尉。汉武帝时因大批匈奴部众来归，就在西北诸郡设置了五属国。中央专管属国的官员称为“典属国”。苏武曾出使匈奴，归国后由于熟知边事，就被任命为典属国之职。此外“有蛮夷曰道”，“道”是设于少数族居地的县级单位。西部和西南部的新置之郡，其下就有很多道。西汉末年道约有32个。
属国和道主要针对业已臣属的少数族，至于对叛服无常，或处于边塞之外的少数族，朝廷多以都护、骑都尉、校尉、中郎将等官持节领护之。例如汉武帝在上谷、渔阳、右北平、辽西、辽东五郡安置了众多内迁的乌桓部众，同时设护乌桓校尉以监护之。东汉的护乌桓校尉驻地宁城（今河北宣化西北），监护辽东至朔方的十郡乌桓，又兼领鲜卑事务。为平定西域作出杰出贡献的班超，曾任西域都护达11年之久。
中央朝廷的军政首长有太尉和大将军。平定了“七国之乱”的功臣周亚夫，就曾经官居太尉。不过汉武帝废止了太尉。东汉太尉是三公之一，位当宰相，不是单纯的军职了。汉代的将军主要有两类，一类是战争时即时任命的，事毕则罢：一类是常设将军，以大将军居首，其次是骠骑将军、车骑将军、卫将军和前后左右将军。后一类将军有八号，它们经常用作行政长官的兼职，以“将军”头衔“领尚书事”，从而参与内朝机要事宜。以军职将军之号而参与行政，带有历史早期的传统影响，比如春秋晋国执政的六卿，就同时又是三军统帅。军官的政治地位，与历史后期的文官政治相比，还有很大的不同。
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