“禅让”形式的政权转移，也给士族的发展拓宽了道路。中国的王朝更迭，也可以看成另起炉灶、清洗腐败的一种自我更新机制。西晋的刘颂，就把改朝换代看成一个“天地之位始定，四海洗心整纲之会”。然而刘颂随即指出，由于魏晋更迭用“禅让”，未能“洗心整纲”；晋廷所依靠的仍是“先代功臣之胤，非其子孙，则其曾玄”，即曹魏的高官及子弟。那么前朝所积累的腐化、老化和世家化因素，就原封不动地带入了新朝；对他们，王朝只能优容、纵容以换取其效忠。由于缺乏一个经战火洗礼而生机勃勃的全新统治集团，所以西晋的腐朽来得分外迅速。“禅让”造成了魏晋间官僚家族权势的连续性，就促成门阀的催化剂。
西晋皇室司马氏，本身就是河内大姓。在司马氏政权中，几十家大士族垄断权势。如陈国何曾、颍川荀勖、太原王浑、泰山羊祜、琅邪王祥、河东裴秀等等，都是当世名门。其下还有一批二、三流的士族。官僚们开始依门第而分化为不同层次，“公门有公、卿门有卿”，各有各的特权。
西晋时还有个引人注目的现象，就是宗王政治。本来，秦汉帝国是靠法治来维系专制的，不靠宗亲，并以严厉的“削藩”措施，抑制诸侯王的离心倾向。可魏晋间“封建”的呼声，忽然高涨了。司马氏决意重用皇子宗王，令其在外都督一方军事，在朝担任要职，所谓“或出拥施节，莅岳牧之荣；入践台阶，居端揆之重”。唐长孺先生认为，重用宗王表明，在贵族政权下，皇室是作为第一家族凌驾于其他家族之上的。这种“第一家族”的形象，比起秦汉帝国的皇帝来，无疑是一种降格；因为任用宗亲，靠亲缘维系皇权，实是一种非法制化的政治手段，也属“退行性政策”。宗王所招致的“八王之乱”，就显示了这种政策的弊端。
西晋政局其实处于一个微妙的关口，它可能维持优容士族的现状，但也可能逐渐回归集权官僚政治的“常态”。然而在这时候，北方少数族的发展轨迹，与士族的发展轨迹发生了交叉。“五胡乱华”中洛京倾覆，北来的琅邪王氏等百余家士人，在江左拥戴宗室疏属司马睿为帝。江左微弱的小朝廷，随即成为南渡士大夫发展家族权势的沃土。他们构成了五朝侨姓门阀的基本阵容。东晋由此出现了门阀政治。
参照田余庆先生的概括，东晋门阀政治的基本特征，可以概括为“皇帝垂拱”、“士族当权”和“流民御边”。东晋的建立，全靠琅邪名族王导、王敦兄弟，二人一主政、一掌兵，成为江左的军政支柱。晋元帝司马睿即位之时，竟然强拉着王导同登御座；王导推辞再四，说是太阳若屈尊与万物并列，苍生就没法儿仰望了，司马睿方才作罢。以致当时有句民谣：“王与马，共天下”。晋成帝见了王导要行拜礼，给王导写信要加上“惶恐言”三字；王导死，丧葬参用天子之礼。东晋与皇帝“共天下”的门阀，先后有琅邪王氏、新野庾氏、谯郡桓氏、陈郡谢氏等。成帝、康帝之时，庾亮庾、翼兄弟号称“冠冕当世”。庚翼将死，请求让儿子庾爰之镇荆州，而何充请用桓温。有人表示担心：庾爰之肯避让桓温么？后来桓温上任，庚爰之不敢与争。可见门阀政治下往往子承父势，政治举措受制于各大族的平衡和盛衰，不是皇帝所能独断的。从晋穆帝到晋孝武帝初，桓温一直占据着上流荆州重镇，“八州士众资调殆不为国家用”，还曾把皇帝司马奕给废掉了。孝武帝时谢安为相，是谢氏最盛之时。晋安帝时桓玄作乱，竟然篡夺了皇位，国号为“楚”。史称东晋“朝权国命，递归宰辅；君道虽存，主威久谢”。
东晋王兴之墓志
东晋的扬州、荆州、徐州、豫州等重镇，大抵由各家门阀把持瓜分。尤其是扬州和荆州，号称“二陕”。下游扬州是中央所在，又是“谷帛所出”的重要经济区；上游荆州“为国西门”，兵强将猛，镇守的统帅有时兼督七八州。东晋经常出现“荆、扬之争”，其背景就是门阀践扈、蔑视中央。王氏、庾氏、桓氏家族，都曾长期把持荆州。
北来士大夫称为“侨姓”，江东的本土士族如朱、张、顾、陆等，则称“吴姓”。在江左政权中，吴姓士族的地位一直低于侨姓士族，他们曾为此耿耿于怀，但为长远利益考虑，最终仍接受了这一现实。高官要职，南士们只能分享侨姓的余沥。齐高帝萧道成想用吴郡张绪做尚书右仆射，王导的五世孙王俭很不乐意，说是“南士由来少居此职”，不能坏了规矩。
宦官、外戚、太后、宗室专权的现象，在东晋却偃旗息鼓了。宦官、外戚、太后、宗室都是皇权的附属物，靠着皇帝才能作威作福；在皇权自身难保的时候，他们也无权可弄了。权臣庾亮执政时，就对数位宗室诸王下辣手制裁，藕除了皇帝赖以自重的羽翼。晋成帝时庾太后一度临朝，不过此时权归庾亮、庚翼兄弟，与其说是外戚擅权，不如说是门阀专政。晋穆帝、哀帝及废帝海西公时，褚太后曾四次临朝称制，那只是权臣擅权时的装饰物。正如田余庆先生所说，门阀政治下，动乱通常并不来自宦官、外戚或宗室的专政。软弱的皇权下他们无所凭依，难以兴风作浪。
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