三省制是中央机构的重要进步。秦和汉初实行丞相制，西汉末丞相权力一分为三了，变成了三公制。东汉三公是太尉、司徒、司空。祝总斌先生概括说：魏晋南北朝三省制发展起来，“宰相机构和秘书、咨询机构的发展和完善，为隋唐三省官制的出现准备了条件。”东汉尚书台权力大为上升了，但依然“文属少府”，即形式上从属于九卿之一的少府。尚书令只是千石之官，低于中二千石九卿。曹魏时尚书机构就正式独立出来了，并名之为“省”，其职能略同于今天的国务院。尚书令官居三品，而且列在同为三品的九卿之前。晋代尚书令已具宰相之权势，其机构不断扩张。东汉的尚书台令史不过21人，西晋则正令史达120人，书令史达130人，增加十几倍。南朝齐梁的尚书令史更达700人之多，增加了30多倍。梁代尚书令官阶是十六班（相当正二品），陈代更高居一品。由此，秦汉九卿让位于诸曹尚书。晋代出现了“九寺可并于尚书”、九卿“职无所掌者皆并”这样的论调。列曹尚书，有时五人，有时六七人，诸曹的尚书郎则在二三十人左右。大约在宋齐之间，尚书与尚书郎间形成了明确的分领关系，一位尚书领若干名尚书郎，尚书郎各有其职。这就是隋唐六部二十四司体制的直接来源，并为历代沿用而不废。六部与九卿，在政务上也变成了上承下接关系。
中书省与门下省相继而起，与尚书省共同构成隋唐三省制的前身。曹魏时尚书省发展成为国务机构之后，皇帝让中书省接替尚书省的机要秘书之任。中书监和中书令主持起草诏书，“掌机衡之任”。西晋的荀勖守中书监，后调任守尚书令，史载“久在中书，专管机事。及失之，甚罔罔怅恨。或有贺之者，勖曰：‘夺我凤皇池，诸君贺我邪！’”尚书令、中书监都是三品官，而且尚书令排在中书令的前面，但因中书省掌“机事”，与皇帝更密切，所以荀勖恋恋不舍。后代仍用“凤凰池”称中书省，唐人王维有句：“朝罢须裁五色诏，佩声归向凤池头。”中书省的官吏有中书侍郎、中书舍人、中书令史。南齐的中书舍人还形成了舍人省，“天下文簿板籍，入副其省，万机严秘，有如尚书外司”。陈朝“国之政事并由中书省”，已是一个两百多人的大机关了。
侍中本是皇帝侍从，西晋时发展为门下省，有侍中四人，还有黄门侍郎、散骑常侍、给事中等官职。侍中的责任是切问近对、拾遗补阙，还可以平尚书奏事，有时候竟可左右皇位继承和大臣人选。晋武帝时齐王攸不得立、张华不得相（不得为尚书令），就是侍中冯紞捣的鬼。门下省审议章奏诏命，行使“封驳”权力。尚书省上奏和皇帝下诏，都须门下省的审核签署；皇帝“敕可”的诏书草稿，先交门下审署，然后呈上皇帝再次画“可”，才能交付有司，生效执行。《文馆词林》收有南朝诏书二十九道，无一不冠以“门下”。若门下机构认为上奏或下诏有不妥之处，有权将之封还，让当事者修改重做。东晋简文帝病危，迫于桓温权势，下诏让他比照周公“居摄”；侍中王坦之接诏后即持诏入内，当着皇帝的面毁掉了那份诏书。简文帝说，我做天下之主不过碰了运气，你干嘛那么认真呢？王坦之的回答斩钉截铁：这天下是先帝传下来的，您不能一个人做主（把它让给别家）！桓玄称帝时，曾下诏允许“沙门不敬王者”，结果诏书四下，而门下启奏四上，方才勉强通过。汉代本来也有丞相封驳诏书之事，南朝的封驳，比汉代大为制度化了。
隋唐三省分工，是中书草诏、门下审议、尚书执行，分工明确而制衡严密。对这个精致的架构，后人多所赞扬，而它是经魏晋南北朝发展而来的。
顺便说，对三省制度和门下省的封驳权力不能夸大，不能夸大到否定中国皇帝的专制主义性质的程度，或把它看成“贵族政治”的表现。专制主义还包括皇帝对臣民的生杀予夺权力，而三省分工和门下封驳之制只是一种决策纠错机制，其功能是让专制集权在政治理性的基础上行使，并没有超越专制集权。
秦汉的“律令秩序”在魏晋以降锈蚀了，出现了法纪松弛散漫的情况。然而法制本身并不是驻足不前了，仍然有若干进步可圈可点。比如律令分途。汉代的法律形式是律、令、科、比。跟后代相比，汉律还存在着律令不分、礼律杂揉的问题，即刑律、行政法规和礼乐制度杂错交糅，在部类上界限不清。这显示汉律还有原始粗糙的方面。而魏晋法制实现了一个重大进步。魏明帝制成魏律18篇，把刑法的条文尽量纳入其中；晋武帝时又制订了《泰始律》20篇，由此使“律”的内容集中于刑律：行政制度的内容另行置于“令”中，即《晋令》40卷中。汉代律、令不分问题，至此大为改观。章太炎先生评论说：“由是‘律’始专为刑书，不统宪典之纲矣！”“律以正罪名，令以存事制”，“律”是刑法，“令”是行政法，二者的性质被清晰界定了。学者赞扬说，魏晋律令分途“在中国法史上具有划时代的意义”。晋朝还制定了《晋故事》三十卷，是各个官署的日常行政规程；还制定了“晋礼”，是王朝各种礼制的汇编。帝国所依赖的各种典章，其部类划分大为合理化了。
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