最后，则是具体研究方法的局限。这主要体现在材料的使用、解读与归纳论述方面。在材料使用方面，学者受宋人议论影响极大，前述关于三司职权、地位的考察，基本围绕宋人议论展开。宋人将三司视为国家重要官司，相关议论确实不少，其归纳往往颇为精要，展示了时人对三司在官僚机构系统中角色的多层面认识，非常宝贵。但其议论分别来自不同语境，必须加以辨析区分。如司马光本人，在嘉祐与元祐间，即对是否保留三司阐述过完全相左的意见[105]。另外，政书的史料编撰方式，也对制度史研究思路有所影响，学者往往将古人的议论或归纳，按性质分类组合，而对其背后的历史信息挖掘、辨析不足。对于此点，李立《宋代政治制度史研究方法论批判》曾有切中肯綮的评论[106]，兹具引如下（着重号为笔者所加）：
现代政治制度史的研究远远超越了古人，不过在写法结构上仍然或多或少受到古人的影响。比如在结构上，大多数学者的注意力集中在政府机构及其构成、重要职官的职掌、选任及其在历史上的变化等等，过多注重制度和组织的静态方面。至于借鉴社会科学理论，对权力的分配和实际行使等进行动态方面的考察，直到近些年才真正得到学者们的关注。在研究方法上，学者们采取了类似《通考》或正史志书的叙事手法，往往将性质相同的史料按照时间顺序放在一起排比，有时由于史料本身的不完整性，只要性质相同，可以混合运用后期的材料说明前代的问题。
值得一提的是，李立在证明上述论断时，所举例证恰为学者对三司形成时间的讨论：
例如关于宋代三司使设置于唐成形于宋的观点，汪圣铎引用北宋真宗咸平二年孙何的话作为例证，又引用南宋洪迈《容斋续笔·杨国忠诸使记》的内容证明孙何的话不误；引用林《古今源流至论》后集《三司》条说明三司的形成过程；引用吴曾《能改斋漫录·三司使之职》说明唐末曾专为朱全忠设三司都置使等等，皆是用后世的史料或后人的概括来论证前代的事情，所用史料的时间跨度极大。
根据笔者的理解，这类所谓“政书”式的制度史研究法，本身并无错误，而且厘清了关于制度沿革的诸多基础性问题，所举宋人议论，也多具启发性。但局限于此，难免遮蔽制度形成、运作中的实态，切断了制度与时代的关联。
此外，在具体论述中，学者往往缺乏基本的概念界定，进而影响了对史事间逻辑关系的阐述。较典型者，即对机构、职官设置、具体官员三者的区分不明确，对各类权力、职能的内涵缺乏定义，难以区别其间的差异，这对界定机构职能、官员身份，以及分析不同权力主体类型与关系干扰尤大。如前所述，部分学者将三司官员因个人身份被委派的临时差遣，视为三司机构职能，以此论证三司职掌的广泛，进而又以此证明其地位崇重。此外，学者对三司官员参与财政决策，已多有论述，但并未对其参与的方式以及体现的职能或权力加以厘清，这使得人们无法理解三司官员与其他部门官员，在财政决策中的作用及角色的差异。
总之，学者对三司起源，机构、人事的沿革，职能的类型，制度运转的利弊，以及与君主、宰执部门的权限划分，已有较多研究。但对唐末至元丰改制，三司及其官员在国家机器中角色的变化与原因，仍缺乏清晰认识。将这一问题具体化，大约包括以下议题：（1）伴随着唐宋之际政局的演进，三司如何由唐中后期宰相统领的使职机构，变为以财务为主要职能，而又不限于财政管理的有司；（2）面对不同类型事务，该部门及其官员与其他官司如何分工协作、平衡制约，其间存在哪些协调与抵牾之处；（3）熙宁变法时，王安石如何整顿三司，为何须在三司外另组财计部门推行新法，其与元丰改制后三司最终解体，以及户部建立，存在怎样联系。
要回答上述问题，必须对研究方法加以调整。笔者拙见，突破方式大体如下：
其一，突破单线梳理制度源流之法。作为制度史研究，总结制度演进的节点，自是题中应有之义，但若局限于此，则难以还原制度演变的自然过程，也束缚了研究者探求背后深层次、多层面原因的努力。以三司研究而论，北宋三司与唐后期三司间的差异，体现在官员与机构设置，职能范围、运转方式以及与中枢机构关系等诸多方面。若试图对这些变化加以解释，必须放宽视野，既要注意这一时期地缘政治、军事、财政局面的变化，也要注意不同类型政治主体（如各类藩镇以及由其建立的王朝）自身财务管理体制的差异与演进。仅就藩镇体制对北宋三司的影响而言，宋人虽早论及二者组织、人员机构的相似性[107]，周藤吉之等学者也曾指出三司组织来源于唐节度使体制，当前研究对二者关系仍缺乏充分关注。事实上，周藤氏的结论更多具有提示意义，并未展开论述，三司与藩镇体制的关联，未必限于机构、人员等建置方面，其具体演进过程，也存在进一步研究空间。
其二，突破对三司职掌内容的简单罗列，转而对三司在不同时期所涉政务的具体性质，以及与之相关的权力类型加以考察。考虑到三司以理财为主要职能，必须就北宋前期的财政政策制定，收入、征调、支出管理机制及其变化加以分析，并讨论在不同历史时期，在上述政务处理中，各国家机构、人员如何协调制衡，三司发挥何种具体作用。惟其如此，方可对三司在理财体制中的角色有较为明确的认识。
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