除了并不属于民间祠庙体系的先贤祠，以及各地通行的城隍庙、区域性神祇、道教神祇以外，永嘉县城内其他祠庙可以分为不同时期遭遇官府干预的三个系列：其一是北宋时期开始与民间航海神并行发展的官方海神庙；其二是主要在方腊之乱中形成的平民英雄神祇，到南宋逐渐被赋予了旌忠色彩；其三是在宋代未被赋予官方色彩的民间祠庙，在明代因遭遇毁淫祠运动而变得面目全非。
海神信仰在温州祠庙体系中最富特色，但民间海神的功能集中于保护航海（航海神），是当地海商集团的奉祀对象。永嘉县航海神的构成与瑞安县类似，除了前述分布在乡村的本地航海神庙之外，还有分布在城内的顺济行祠与晏公行祠等。在航海神之外，永嘉城内又有地方官构建、以防御风灾与潮灾为主要功能的海神庙系统，主要是海神显相庙与夏大禹王行祠两种。
海神显相庙位于城内海坛山，始建于唐咸通二年（861），主要功能是防御风灾。元丰年间温州通判赵撰《谒海神庙记》，曾描写温州风灾及地方官向海神祈祷的情形。[43]元祐年间（1086～1093），知州范峋声称海神向其托梦，宣告海神乃唐代被贬死岭南的名宦李德裕，于是做新庙，上奏朝廷，此后温州海神庙多次获得朝廷封爵赐额。[44]海神显相庙在元代因废圮迁址，[45]弘治府志中记载的海坛平水庙，[46]可能是指迁址前的海神显相庙。
元祐年间范峋改造温州海神庙之前，知州姚克明已于雍熙年间（984～987）在海坛山创建夏大禹王行祠，功能主要是平定潮灾。大禹是古代圣王，其祖庙在会稽（浙江绍兴），是朝廷重要的祭祀对象。北宋雍熙年间由知州姚克明从会稽迎建大禹王行祠。明代叶承遇在《祀大禹王碑记》中就对温州祭祀大禹的合理性提出了质疑，然而又强调迎建大禹祠是为了帮助温州民众捍御海灾，表达对姚克明的同情之意。《光绪永嘉县志》收录的“大禹王庙石塔”为当时迎建大禹祠所建，其残文表明姚克明的建祠仪式在浓厚的佛教氛围中完成。[47]
北宋年间温州地方官为了祈祷平定风灾、潮灾，先不顾“祭不越望”的儒家观念从绍兴迎来大禹，后又以托梦的形式将原来遗存的海神庙神主确定为唐代名相李德裕。北宋这种官府改造或者引进祠庙的做法，并不具备类似明代毁淫祠运动的性质，而是根据地方官府祈福禳灾的实际需求开辟奉祀场所。
按照明代的祠庙观念，永嘉县有7种祠庙可以归为忠烈祠。其中，由于裘甫之乱并未波及温州，龚将军庙的神主因“遭仇（裘）甫之乱，力战溺死”的忠烈事迹应该是后人伪托。忠烈庙奉祀的州学教授刘士英、学生石砺等人，[48]张忠惠侯庙奉祀的张理、周承己、娄渊、潘守真、丁仲修等人，[49]徐忠训庙奉祀的徐震，[50]显应庙奉祀的张氏，[51]都是宣和年间方腊之乱中殉难或立功的地方豪杰。其中徐忠训庙与显应庙是民间祠庙，与官府或朝廷无关。张忠惠侯庙由地方官闾丘鹗于宣和二年（1120）创立，神主张理直到南宋末年的德祐元年（1275）获封“忠惠侯”，距立庙时已相隔150余年。忠烈庙的立祠时间也在方腊之乱百余年后、宋元开始交战的端平年间（1234～1236）。[52]方腊之乱中形成的这些祠庙原本奉祀的是作为平民神祇的地方豪杰，只是在对外战争的特殊背景下才被朝廷列为旌忠庙。与此类似，颜鲁公祠奉祀唐代忠烈颜真卿兄弟，[53]冯鲁公祠奉祀北宋真宗朝忠烈冯守信，[54]两者都是宋高宗驻跸温州的特殊背景下由后人创立的。
宋元时期永嘉城内活跃着其他诸多民间祠庙，到明代均作为淫祠遭遇毁废。比如永宁桥东的永嘉王庙，乾隆府志认为可能奉祀东瓯王。其实永嘉王庙原来应该是永宁庙，明成化年间知县刘逊因视永宁庙为淫祠，遂改为奉祀颜真卿兄弟的二颜庙，永宁坊也因此改名大忠坊。[55]忠靖圣王庙奉祀的温琼原来也属于瘟神一类，后经宋濂的改造而成为出自士族的道士。[56]广惠庙原来奉祀“噀酒灭火”的巫神，在永嘉城内影响尤大。[57]孚德庙原来奉祀传说武进士起家、调节水旱的巫神张铉，[58]到了明初，宋濂以临海的平水王周清为原型，将广惠庙灭火的周爽改造成温州的平水王周凯，并将张铉拉入平水王庙作为周凯的从神。[59]
弘治府志记载，宋咸淳年间（1265～1274）由知州王亚夫所建、奉祀五通神的灵顺行祠原在开元寺。[60]万历府志的记载中灵顺行祠已消失，王亚夫所建灵顺行祠为“宣灵广平王庙”所取代。宣灵广平王庙所祀周雄原是五通神的从神，到明代为了避免被毁禁，浙江衢州的地方官李遂又将其改造成为孝子形象。[61]
显通庙，弘治府志记载的另一个名称是“五圣祖庙”，又称是当地佛寺的“护伽蓝神”。[62]“五圣”也是五显神的一种称号，[63]“护伽蓝神”可能是显通庙神主遭毁禁之后藏于佛寺的掩护性身份。至于兴福九圣庙，据《夷坚志》故事《九圣奇鬼》记载，该庙的巫鬼五通、九圣等在士大夫薛季宣家中作害，后被道教法师所制服，隆兴二年（1164）薛季宣又亲自捣毁兴福九圣庙，该祠庙此后可能就不复存在。[64]此外，圣应七圣庙的名称与兴福九圣庙非常类似。
综上所述，可以发现作为州治的永嘉城内出现了诸多瑞安县乡村祠庙体系所没有的现象。首先，诸如先贤祠、赵清献公祠这类儒学化的祠庙在宋代的永嘉城内已经出现。其次，地方官为了寻求祈福禳灾的合适场所，往往会引进或改造某些古代历史人物作为祠庙的神主。再次，只是在宋金战争、宋元战争的特殊背景下，朝廷或地方官府才将某些战争中遇难的平民英雄的祠庙封赐为忠烈祠庙。最后，到了明代，宋元并未获封赐的民间祠庙整体遭遇毁淫祠的命运，相当多的宋元祠庙被毁禁，或者主动、被动地接受改造。
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