尤其是伊势商家出身的本居宣长认为，《源氏物语》的本意并非宣扬儒教和佛教，而在于表现“物哀”，他阐明艺术不只是道德、宗教的手段，有独立存在的理由，强调恋爱才是人类真情最为切实的表现，日本古代文学艺术中之所以存在大量的爱情主题，是因为它们符合文艺的宗旨，而斥之为好色只不过是儒教的伪善。可以说他的言论从正面批判了封建思想，显示了新的思考维度。
尽管如此，国学家的视野仍局限在为古典研究打开新的天地，并没有跳出古典的框架直接面对活生生的现实，这是一个重大缺陷。在继承国学传统的人中，也出现了菅江真澄这样的人物，他的足迹踏遍了信州、东北等地的农村、渔村，仔细考察了连名字都没有的百姓生活习俗，写成了一部容量庞大的游记，并加入了自己画的漂亮插图（图61），他的著作成为很久以后的柳田国男民俗学研究的先驱，因此，不能断言国学家中的所有人都无视古典以外的事物。但是，即便是真澄，其意图也并不是要在变化的历史现实中把握民众的生活，而是采取了通过民间传承研究古代生活习俗的向后回望的姿态。首先，真澄是否可称为国学家尚且有待商榷，作为一个旁系另类人物，他自然无法成为将国学从已经走入的死胡同中解放出来的突破口。
国学的主流封闭在游离于现实之外的古典文献学的研究中，甚至这一文献学的客观精神也被它自己背叛了，在世界观上也有着陷入了非理性神秘主义的一面。与国学相比，科学态度远在其之上的则是兰学，或者说洋学。
图61 菅江真澄著作插图（引自男鹿史志刊行会《新译真澄翁男鹿游览记》）
国民的视野被锁国政策遮蔽了，看不到世界的动向，即便在这种状态下，人们对西方文化的强烈憧憬、学习热情依然无法阻挡。新井白石很早就开始关注西方社会，他从企图潜入日本的意大利人西多迪那里打听世界的情况，写了《西洋纪闻》这本世界地理书。恰好在此前后，采取锁国政策的日本留下的唯一出口—长崎，与荷兰之间有着贸易往来，人们以此为窗口，坚持努力学习西方文化。有人来长崎游学以及荷兰洋行人员一年一度的“江户参府[62]”，都被憧憬西方文化的人当成绝佳的机会加以利用。于是，只不过是一名贸易公司职员的洋行经理不得不穷于应付回答各种理论上的问题。
同时，统治集团也为了强化封建体制而认识到利用西方近代科学与技术的必要性。第八代将军德川吉宗，为了推行增产兴业的政策，重视实用的知识理论，从这个角度出发开始关注荷兰的天文、历法等，奖励兰学。只是，由于打击天主教，阅读西方读物受到严格限制，略懂一点荷兰语的只限于长崎的荷兰语译员，因此，学习西方的学术理论是一件极其困难的事。
医师前野良泽、杉田玄白等人，通过人体解剖实验确认了荷兰解剖书极其准确，而中国派的日本医学书则很不可靠。于是，他们经过呕心沥血的钻研，完成了对荷兰解剖书的翻译工作，1774年（安永三年）以译名《解体新书》出版发行。这件事的前后经过在玄白的《兰学事始》中有详细的叙述。自此以后，通过荷兰原著学习西方学术理论的通道终于被打开了。
之后，大规玄泽写了兰学入门书《兰学阶梯》、稻村三伯出版了书名为《哈尔马和解》[63]的兰日辞典，为兰学研究者提供了很大的便利（图62）。进而，1823年（文政六年）来到荷兰洋行的德国医生西博尔德，在长崎市外的鸣泷塾为从全国集中到此的学生系统讲授西方学术理论，这对于兰学学术水平的提高发挥了作用。
图62《哈尔马和解》（早稻田大学图书馆所藏《江户哈尔马》）
进入幕府末期，不仅向荷兰学习，开始更广泛地学习欧洲各国的近代学术理论和技艺，将兰学进一步拓展到与“洋学”这一名称匹配的广度。习惯于因循守旧的社会，并不是没有将洋学看作异端的倾向，但是，没有人能够否认洋学的价值，因此，幕府和各藩竞相竭尽全力引进洋学。
作为南蛮文化的一环得以传播的欧洲学术理论，在禁止天主教的政策下，还未来得及生根便消失得无影无踪。日本开始接受近代科学的知识和方法，是学习洋学带来的结果。就像前面详细阐述的那样，日本虽然在艺术和宗教领域中创造了足以在世界上引以为傲的高度发达的文化财富，但是，几乎没有建立起称得上是科学的理性知识体系。
进入江户时代后，宗教超验的世界观终于失去了力量，人们越来越强烈地关注现实，其结果，即便是继承中国式传统学术体系的学者，实证性探求的精神也变得高涨起来。例如，先于前野良泽等人的人体解剖学，1754年（宝历四年）名为山胁东洋的学者就展开了人体解剖，并以《脏志》为题发表了该实验记录。可以说日本人就这样在科学研究的历史条件齐备的基础上开始学习洋学，并因此终于找到了掌握科学认识方法的道路。
无论是前野良泽、杉田玄白、西博尔德等人通过实验打开以生理学为基础的西方医学的门户，还是志筑忠雄研究天文学和物理学并写作《历象新书》介绍地动说，平贺源内尝试制造温度计和发电机（当时的人将电称为“爱来科特儿[64]”），伊能忠敬实测日本国土制作精密的日本地图，这些实例无疑都是成功学习近代科学所收获的成果。
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