上述事例意义上的革新思想，也以某种形式包含在随着幕府接近末期而逐渐盛行的尊王论和攘夷论中。这些思想中，无疑完全不包含从根本上变革封建社会的意图。甚至尊崇天皇与忠诚幕府都毫不对立地相互并存，水户学的尊王论最清楚地反映了这一点。但是，开始强调迄今为止被彻底无视的皇室的存在理由，这对幕府来说并不是一件值得高兴的事。
1759年（宝历九年），面向京都的贵族宣讲尊王论的竹内式部受到幕府的追究并流放，1767年（明和四年）常常为皇室的衰落哀叹的山县大弍，被以在军事学的课堂上谈论江户城、甲府城的进攻战术为由处以死刑，这些事件或许都有点小题大做，但是，随着幕府的政局变得越来越不稳定，尊王论开始作为倒幕运动的政治战术而发挥作用。甚至包括本居宣长在内，国学家们也采取了顺应现状的保守态度，即便在宣长门下，既有伴信友等仅继承宣长的实证性学术研究的人，也出现了如平田笃胤那样的人，他们进一步发展国学复古神道，阐述激烈的实践性论点，在动荡的幕府末期的社会中，广泛给予地方乡士以及豪农阶层以巨大影响。
1853年（嘉永六年）以佩里来日为契机，在“黑船”所象征的欧美列强的近代军事力量压迫下，日本实施了门户开放政策，同时，在难以抵抗的资本主义生产的推动下开始了与欧美的贸易。在上述冲击下诞生的攘夷论，也具有朴素意义上民族主义的倾向。
历史上日本与外国的交往，暂且不提已被遗忘的久远的古代，除了蒙古袭来和丰臣秀吉出兵朝鲜等例外，基本上都停留在文化的交往，几乎没有积累国际政治的经验。因此，接受外来文化时的宽容态度自然成了常态，除了禁止天主教，可以说从未出现过排斥外国思想的情况。
但是，由黑船恐慌和贸易带来的物价飞涨所激起的憎恶感，前所未有地点燃了排斥外国的思想，与此同时，相对外国而言的“日本”这一国家观念第一次在日本人的心中生根发芽。然而，封建社会的日本，国内分割成与无数独立国家毫无二致的藩，而且人们在等级制度中被严格区分开来，民族和国家都还没有形成统一的实体。攘夷论者在朝这一方向靠拢时，他们必然会模模糊糊地考虑到通过扬弃封建式分裂来达成民族国家统一的目标。尊王论者与这一目标结合时，则形成以天皇为君主的民族统一这一极权主义的国家意识，1858年（安政五年）在安政大狱中被处死的吉田松阴等幕末尊王攘夷论者，他们的思想历经曲折开始逐渐摸索这一目标。
尊王攘夷论作为变革的能量发挥出巨大作用，更加重了它的历史意义。但不能忽视的是，其思想内容未必找到了历史进步的正确方向。在主要受到等级制度重压而心怀不满的下级武士支持下开展的尊王攘夷运动，很难指望它展现出未经扭曲的近代社会蓝图。
脱离民众力量的幕末的所谓志士们，企图恢复天皇这一古老权威，其本身就是开历史倒车的行为，发展到试图阻止欧美列强发展的攘夷论，从一开始就只是不可能实现的违背时代潮流的空谈。变革的力量，鼓吹着这种错误的观念却反而在现实中发挥了巨大历史作用，这种结果上的矛盾，进而孕育了与明治维新以后的日本命运相关的重大问题，总之，从中可以让人感受到近代日本诞生时的剧烈阵痛。
但是，仅仅将尊王攘夷视作幕府末期改革的唯一指导力量是不恰当的，那只是由所谓的志士们创立的明治政府通过历史教育等手段强调的一种解释而已，目的在于夸大其词地宣扬自己的业绩，同时美化天皇崇拜与军国主义的历史系谱。我们也要看到，这一时代还是存在着与历史的本质直接联系在一起的思想潮流，那就是农民在政治上的觉醒，尽管表面上没有尊王攘夷那么轰轰烈烈。
较之因为处于封建社会的边缘反而相对受惠的商人，农民背负了封建社会矛盾所带来的一切不良后果，他们无法像商人那样轻松地讴歌太平，无法安于维持现状。商品经济的发展，带给武士贫困，这使得他们进一步增收年贡，让原本就苦不堪言的农民生活变得更加沉重，加之自然灾害，给他们造成破坏性的影响。
农民被分散在农村狭隘的社会圈中，没有建立阶级性组织的条件。由于高强度的劳动和低水准的生活，在既缺乏知识又缺乏觉悟的农民中，无法诞生打破这一悲惨状况的革命性思想。虽然旨在反抗各种沉重压迫奋力揭竿而起的农民暴动，充其量每一次只是为一个当时的具体目标—如为了减免年贡等—而抗争，但是连续暴动的波涛，可以说在整体上为加速封建体制的解体起到了巨大作用。
其中，站在暴动最前沿而死于非命的牺牲者的名字，就像有名的佐仓宗五郎那样，被视为“义民”的榜样而传颂，到了幕府末期的动荡年代，被编入化缘谣（化缘的僧侣所表演的曲艺）演唱，或编成歌舞伎的剧目上演，发挥了激励大众的作用。
事态并不止于暴动之类的激烈运动，各地农民通过诸如监督村吏、罢免行为不端的村吏、促使村里的开支负担合理化等对日常生活中村政的运营和改革，逐渐提高了政治上的自觉意识。他们发现农民贫困的原因来自武家财政的混乱，进而，他们甚至对统治者提出了政治改革的要求，这种发挥高度政治意识的实例绝不仅是一两个。
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