对于上述情况，清代史籍论述各不相同，松筠撰《卫藏通志》对此论述较为清晰，而《嘉庆重修一统志·西藏》仅言藏地分四大区域，甚至记载“喀木诸城”时把巴塘、中甸等一并列入，且未讲明1727年前后管辖上的变动，会使不知其详情的人误以为巴塘、中甸等等地方嘉庆时仍属西藏管辖。
2.乾隆时期，确定了中国与廓尔喀(今尼泊尔)、布鲁克巴(今不丹)、哲孟雄(今印度锡金邦)等的国界，从而使西藏地方政府辖地的南界也得到明确。
乾隆五十六年(1791)，廓尔喀侵藏，乾隆帝派福康安率大军入藏，次年廓尔喀投降，五十八、五十九年，设鄂博，确定西藏与廓尔喀、布鲁克巴的分界。哲孟雄、作木朗、洛敏汤等部要求归属中国，清廷拒绝，并在边境地区设鄂博，确定了它们与中国西藏的分界。对此，《卫藏通志》中保存了乾隆五十七年至五十九年间的上谕和福康安、和琳等的奏报，并且有如下记载。
西藏“西至廓尔喀部落为界”，按照“新定界址，自札什伦布西行，由拉孜至胁噶尔、定日、宗喀、萨喀，通狭巴岭山、锅拉纳山、毕都纳山、朗古山顶、纳汝克喀山顶、朗杂山顶，均设立鄂博，此内为唐古忒境，此外为洛敏汤、作木朗二部落境。又自宗喀通济咙，至热索桥，设立鄂博，此内为西藏境，此外为廓尔喀境。又自定日通聂拉木，至铁索桥，设立鄂博，此内为西藏境，此外为廓尔喀境。又自拉孜通绒辖，至波底山顶，设立鄂博，此内为西藏境，此外为哲孟雄境。又自定结至萨热喀山顶、卧龙支达山顶、羊玛山顶，设立鄂博，此内为西藏境，此外为哲孟雄境。又自干坝至洛纳山顶、丈结山顶、雅纳山顶，设立鄂博，此内为西藏境，此外为哲孟雄境。又自帕克哩至支木山顶，臧猛谷山顶，日纳宗官察［寨］，设立鄂博，此内为西藏境，此外为哲孟雄、布噜克巴二部落境。又臧曲大河南，本系哲孟雄地界，被廓尔喀侵占已久，臧曲大河以外俱系廓尔喀境”注428。
3.道光时期，锡克土王入侵本来属于中国的拉达克地区，而后由于英国对克什米尔的侵略，事实上非法控制了拉达克地区，使中国西藏西部阿里地区领土大大缩减。
阿里三部，古为羊同国，后归属吐蕃，9世纪中叶吐蕃分裂后，王室的一支西迁至此，三个儿子分别在玛域(今列城)、古格(今札达)、普兰(今普兰)建立政权，自号阿达(意为领主)，这一地区便称为阿里，通称为阿里三部土王。到了蒙元时期，成吉思汗招降三土王，仍各领其地，后宣政院置乌斯(前藏)、藏(后藏)、纳里速古鲁孙(阿里三部)等三路宣慰使司都元帅府，在列城设常驻蒙古军，设都元帅二员。明代于此地分封其首领，置俄力思军民元帅府，属乌思藏都指挥使司。明朝末年，拉达克灭了古格，康熙十八年(1679)蒙藏军队攻入拉达克首府列城，拉达克王投降，在阿里地区设堆噶尔本，并征收拉达克地区的贡赋。注429到了道光十四年(1834)，克什米尔地区的锡克王国查谟土邦头目古拉伯·辛格侵拉达克地区，拉达克王求救于西藏，驻藏大臣未予援助，第二年战败，臣属于查谟土邦。二十一年，锡克土王又入侵西藏，占据阿里地区的则布龙城、茹妥及堆噶尔宗、达巴喀尔营、补人营等地，驻藏大臣派军防范、抵御，次年双方停战，这就是“森巴战争”。道光二十五年(1845)，英国殖民者又入侵锡克，第二年逼迫它割让克什米尔、查谟，又向清政府要求划定拉达克与西藏边界，清政府拒绝了这一要求。但是，此后阿里三部之一的拉达克地区就被英国殖民者长期控制，西藏与拉达克的边界也成了悬案。注430
4.光绪时期，英国两次派军入侵西藏，又逼迫清政府签订不平等条约，使中国西藏南部、西部的领土主权受到侵害，在中锡边境地区的辖境内缩。
光绪十四年(1888)，英军第一次侵藏，十六年逼签《藏印条约》，不仅规定中国藩属哲孟雄由英国“保护”，而且重新划定西藏与哲孟雄的边界，割占中国西藏南部隆吐、捻纳至则利拉一带领土。三十年(1904)，英军第二次侵藏，侵入拉萨，强占亚东的春丕谷地区，三十二年签订《续订藏印条约》，开放亚东、江孜、噶大克为商埠，在西藏开始出现英国租界。不仅如此，英军占领亚东后，直到光绪三十四年才撤走。
5.光绪、宣统之际，设置川滇边务大臣，在今天四川、云南、西藏的交界地区进行改土归流，雍正时期划入西藏的察木多等地划归川边，成为清末在边疆民族地区新设置的特别行政区域，西藏东部的辖区有所收缩。
川边与西藏的辖区划界问题在光绪三十二年(1906)设置川滇边务大臣后就出现了，到宣统元年(1909)驻藏大臣联豫奏请将察木多、乍丫两呼图克图地划归川边。第二年，川边军队护送川军进藏，入驻江达，收复了原桑昂曲宗、波密土王辖地及杂瑜等地，赵尔丰奏请以江达为界，划分西藏、川边界址，又奏请设昌都府、恩达县、波密县、科麦县、冬九县、察隅县、原梯县及归化州、江达理事官，白马岗设治局。但是，清政府并未全部批准，宣统三年(1911)，川边把波密、三十九族等地交还西藏，代理川滇边务大臣傅嵩秌还请求在川边设“西康省”，但也只是在察木多、乍丫各设理事官，江卡、官觉、桑昂曲宗、杂瑜、三岩各设委员。对此，各种文献记载不同，近一百年来学术界也有不同看法，又主要集中在两个方面：
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