另外，清朝初年，凡重要战争，一向有以皇子、宗室王公领兵的传统，就算宗室中没有大将之才，也多由宗室挂名主帅，起监督作用。雍正将胤禵召回北京奔丧的同时，也遵循了这个传统，将抚远大将军印交给身为宗室的延信护理，而以年羹尧协理。所以，一旦青海有变，无论从身份还是经验、能力的角度考虑，延信均堪胜任。相反，让年羹尧这个文官出身的汉军旗人做些辅助工作、搞搞军需后勤，还算可行，真让他领大将军印、独立统率八旗劲旅和蒙藏各部，这是宗室贵胄、满蒙大臣们很难放心的。
对于这一点，雍正帝心里很是明白，但是这个大将军的位置，他并不愿意交给延信。他后来解释说是由于“延信办理一二事不当，且延信为人敦厚迟钝，心意难周，恐误事机，故令年羹尧掌大将军印”。事实上，更重要的原因是，延信与胤禩、胤禵等人的关系不错，与胤禛本人则毫无关系。其实也不仅是延信，整个宗室集团，都是如此。那么与延信相比，年羹尧毕竟是贵妃之兄，还是要更可信任一些的。于是，他极力提高年羹尧及其家族的地位，给人形成一种“就算他不是宗室、也不是正牌外戚（皇后的亲族才能算是真正的外戚，可以推恩封为公爵），但已经享受了和外戚相当的待遇，决不会因为是‘汉’军旗，而背叛朝廷”的印象。与此同时，雍正帝将延信晋封贝勒，以安稳其心，使其与“抢”了大将军位子的年羹尧能够和睦相处。
到雍正元年五月，青海的形势已经非常严峻，雍正帝明确下旨：
青海台吉，兄弟不睦，倘边境有事，大将军延信驻扎甘州，相隔遥远，朕特将一切事务，俱降旨交年羹尧办理，若有调遣军兵、动用粮饷之处，著防边办饷大臣，及川、陕、云南督抚提镇等，俱照年羹尧办理，边疆事务，断不可贻误，并传谕大将军延信知之。
这就意味着，虽然此时大将军印还在延信手中，但实际的兵权已经被雍正帝转移给了年羹尧。另外，年羹尧本职是川陕总督，辖四川、陕西、甘肃三省，三省境内文武官员听其调遣，原在情理之中。而在这道上谕内，雍正帝又命包括云贵总督在内的云南文武官员也听命于年羹尧，这无异于将从西北到西南的半壁江山都临时交付与他。时任云贵总督的高其倬与年羹尧本来地位相当，且亦是纳兰性德女婿，与年羹尧有连襟之亲，而年羹尧受命办理四省军务之后，对高其倬颐指气使，行文直呼其名，待若下属，这也成了他后来的一条罪状。
同月内，雍正帝又以延信驻扎甘州、指挥不便为名，免去了他西安将军的职务，改命年羹尧继配夫人的叔叔，毫无军事经验的宗室普照署理西安将军，等于将西安八旗驻防军的指挥权也交给了年羹尧。
雍正元年八月，立意反清的罗卜藏丹津胁迫青海各台吉会盟，强制众人放弃清朝封授的爵号，恢复旧日称号，并引兵攻击那些不肯参加会盟的王公。雍正帝得到报告后，一边命年羹尧等人派兵接应被罗卜藏丹津袭击的亲清派王公，一边命令在西宁的侍郎常寿赴罗卜藏丹津军中宣谕，令其罢兵。而罗卜藏丹津叛心已定，不容分说，就将常寿拘禁起来，然后率兵急攻西宁及其周边地区。十月，雍正帝正式任命年羹尧为抚远大将军，率军赴西宁救援，与罗卜藏丹津开战。
至此，年羹尧总揽四省军务，成为清代历史上第四位汉军旗的“大将军”，而前面三位：孔有德、吴三桂、尚之信，都是清初的藩王。至于下场嘛，孔有德兵败自杀，后两位被平了三藩。
由大将军年羹尧主持的、平定青海和硕特首领罗卜藏丹津叛乱的战争，持续的时间并不长，只有五六个月，但战争过程却十分艰苦。特别是年羹尧初抵西宁之时，西宁周边地区已被罗卜藏丹津的军队占领，附近的藏传佛教寺院，如塔尔寺、郭隆寺等，亦多举僧众、佃农参与叛乱，喇嘛们披甲执械、攻城抢掠，无所不至。其时，年羹尧调来的西安、察哈尔满洲兵，四川、陕西绿营，以及合土司部落兵尚未赶到西宁会合，年羹尧只率随身亲兵，与西宁本城少量兵将坚守孤城，“昼则综核军务，夜则分班守城”，连续十一夜没有睡觉。这样的情势行诸文字、递到北京，让本来就情绪特别丰富、用词十分夸张的雍正皇帝在奏折上连批几个“好心疼”“阿弥陀佛”，慨然许其好汉子、铁丈夫，真社稷之臣、泰山之重！殷切惶恐之情，虽手足至亲未可及也。
随着各路兵马陆续赶到，西宁的局势逐渐好转，清军开始转守为攻，对西宁周边地区的和硕特叛军，特别是藏传佛教寺庙进行清剿。如雍正元年正月，年羹尧命奋威将军岳钟琪等率军五千人，清剿西宁东北部的大寺——郭隆寺。郭隆寺（今佑宁寺）是青海名刹，时称“湟北诸寺院之母”，康熙年间香火鼎盛时，内有武僧万余人，且地势险峻，易守难攻。郭隆寺僧人向来与罗卜藏丹津交好，亦随其反叛，不时向清军进攻。岳钟琪等人奉年羹尧之命，出其不意攻入寺中，先施放枪炮，后放火烧其房屋山寨，使寺中喇嘛折损大半，其逃出者躲进周边的山洞，又被清军围住洞口，点燃草木熏死。随后，岳钟琪以郭隆寺庙宇甚大、恐复为贼巢为由，将郭隆寺一把火烧了个干净。
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