当年8月，龚自珍应魏源来信邀请，到扬州相聚时，得知老友正在编《海国图志》，大为欣喜，大加赞赏，认为这才是真学问。自京都相识以来，他们切磋学问，议论时政，特别是1826年双双在会试中落榜，“龚魏”齐名以来，关系更加密切，书信往来不断，而且时有见面，转眼已有20多个年头了。
8月5日，龚自珍回到当时栖身的丹阳书院。孰料仅仅7天后（8月12日）就在丹阳猝逝，终年50岁，那也正是英国大炮轰开国门、林则徐被流放新疆的一年。随着龚自珍的死，一个闭关自守、自给自足的小农文明时代徐徐落下了帷幕。在龚自珍身后，自魏源等人开始，老大民族最优秀的分子开始告别“衰世”的各种具体努力。
关于龚自珍的死因至今仍是一个谜，但不同的版本都说他被人下毒，“丁香花公案”吸引了包括孟森在内的史家。（龚自珍死后，1843年夏天，龚的儿子到扬州请魏源编定龚自珍遗作，这就是《定庵文录》12卷、《外录》12卷，序言也出自魏源手笔。）
1842年12月，魏源参考林则徐组织编译的《四洲志》、历代史志、明代以来的岛志及一百多种中外书籍，终于辑成《海国图志》50卷。1847年，又补成60卷，刊于扬州。到1852年，参考徐继畲《瀛寰志略》等新出的一些著作，增补成100卷，在南京筹刊，成为一部有88万字的巨著。《海国图志》对五大洲大多数国家的沿革、现状都有记载，并明确提出“为以夷攻夷而作，为以夷款夷而作，为师夷长技以制夷而作”。他知道靠这本书并不能驾驭外夷，“此兵机也，非兵本也；有形之兵也，非无形之兵也”。他想到了天道、人心、人才。他认识到英国的优势不仅是船坚炮利，还包括养兵、练兵之法，“人但知船炮为西夷之长技，而不知西夷之所长，不徒船炮也”。他甚至已朦胧地觉察到了英国之所以强大的背后是制度原因，他在第50、51卷对英国政治制度的描述基本上是准确的：
国中有大事，王及官、民俱至巴厘满衙门（即国会），公议乃行。大事则三年始一会议，设有用兵和战之事，虽国王裁夺，亦必由巴厘满议允。
国会分上、下两院：“其国中尊贵者曰五爵，如中国公侯伯子男，为公议之主，且城邑居民，各选忠义之士一二，赴京会议。国主欲征税饷，则必绅士允从，倘绅士不允，即不得国民纳钱粮。”当国会与政府意见发生冲突，可以解散国会，重新选举，即使民众对国会也可施加影响：“如有按时变通之事，则庶民择其要者，敬禀五爵、乡绅之会，大众可则可之，大众否则否之。”
他介绍英国的报纸：“又刊印逐日报纸，以论国政，如各官宪政事有失，许百姓议之，故人恐受责于清议也。”对英国工业、贸易、交通的介绍也都很详尽。
对于美国，魏源在第59卷同意徐继畲的观点，肯定了总统制、国会制度等。华盛顿在独立战争后被公推为总统，“身后公举贤者更代，不世及，不久任”。“公举一大酋总摄之，匪惟不世及，且不四载即受代，一变古今官家之局，而人心翕然，可不谓公乎？”“议事听讼，选官举贤，皆自下始，众可可之，众否否之，众好好之，众恶恶之，三占从二，舍独循同，即在下预议之人亦先由公举，可不谓周乎？”他在《后叙》中称赞美国的民主制：“其章程可垂奕世而无弊”。
多年后，梁启超如此评价《海国图志》：“中国士大夫之稍有世界地理知识，实自此始。”“其论实支配百年来之人心，直至今日，犹未脱离净尽。”从张之洞等人身上都可以看到魏源的影响。虽然《海国图志》还没有完全抛弃“华”、“夷”的思维定式，但魏源眼中的“夷”已迥然不是昔日迂儒心中的蛮夷，他开始意识到了中国之外不仅别有世界，而且有优先于我们的技术、制度、文明。在他之前，我们是天下绝对的中心，文明的中心，所谓夷就是野蛮、未开化的代名词。在经过了长夜漫漫之后，本民族终于有人睁开眼睛，看到了一个真实的外部世界。（当然，这部书也不是没有缺陷的，比如魏源以中国炼丹术的取阴补阳等陈旧观念理解西方的天主教，缺乏基本的宗教常识。）
此前，明代万历年间利玛窦的书《坤舆图说》、艾儒略的《职方外纪》初入中国，人们都视之为天方夜谭，不相信是真的。后来南怀仁等编印《地球全图》，人们依然不相信宇宙之大，地球上还有许多不同的文明，俨然以中国为最高的文明形态。乾隆帝驳英国使节的心态如此，到了道光帝也没有好到哪里去。在魏源、徐继畲这些人身上，情况才开始有了变化。
《海国图志》影响了近邻日本。1850年，三部《海国图志》传入日本，马上就被封禁。1853年，又有一部《海国图志》传入日本。到1854年，共有15部《海国图志》传入日本，除了几部被留作御用，有8部出现在普通的市场上，以后年年都有输入，还出现了许多《海国图志》的翻刻本，有些是节选的，在1868年日本明治维新之前深受欢迎，此后才逐渐被冷落，因为开放的日本社会有了更高的要求。
1828年，35岁的魏源初游杭州，西湖给他留下了美丽至极的印象，他曾写下十首纪游诗。他喜欢西湖，1856年秋天，当太平天国正如火如荼、江南一片狼藉时，他63岁那年最后一次来到杭州，寄宿在一处僧舍，从此再也没有离开。他闭门谢客，常常“闭目澄心，危坐如山”，即使亲戚、门生前来求见，接谈二三语，“便寂对若忘”，惟独钟情于西湖的山水，曾与何绍基、金安清等各带金石书画，到西湖船舫共赏。“晴湖不及雨湖好，雨湖不及月湖窈。”“月华如水孤山孤，山影化云云化无。”他在西湖留下了许许多多早已被后人忘却的诗篇，好在历史还记得他的《海国图志》。
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