科举改制的另一条脉络，是从庚子前后整饬翰林院到1902年十一月诏开进士馆。这一脉络是在最高层调适科举与学堂关系的重要步骤，鲜明地体现了中枢大臣主动变革科举的努力，既与辛丑科举新章相配套，是科举改制的扩大，又蕴含着抑科举而扬学堂的深意，因而在科举改制中具有风向标的意义。研究显示，整饬翰林院主要由孙家鼐发起和主持，而诏开进士馆是瞿鸿禨、荣庆极力推动的结果。此举延续翰林院整改的思路，用速成之法，育科举已成之才，实现了翰林院庶吉士制度的重大变革，并与京师大学堂仕学馆的筹备工作紧密衔接。但在政务处初期讨论中，王文韶、鹿传霖与瞿鸿禨意见参差，既包含理念之争，又牵扯人事安排，反映出翰林院与大学堂、科举与学堂关系的重重纠葛。由于翰林院不仅接近政治核心，而且与科举关系至密，是士人观瞻所在，故其改革直接反映清廷推行科举改制的决心与力度，极具示范效应。同时，开设进士馆还涉及官员的养成制度，关系新进士的出路和仕途，自然影响甚大。
正因为如此，诏开进士馆不仅在枢臣中颇有论争，在京外官、士子群体及报刊舆论界，更引发了多方面回响。虽然当局此举有意抑科举而扬学堂，但彼时津、沪报界已经倾向废科举，故并不满足此渐进改革。所以，开进士馆不仅未能赢得一年前废八股时那样的好评如潮，反而引来不同程度的差评。趋新的报界舆论并以此为绝好题目，将批评开进士馆演化成了废科举的宣传鼓吹。同时，开进士馆给新进士心理层面与实际出路皆带来不小冲击。不少新进士颇为抵拒也就可以想见，而依恋科举的朝官亦多有訾议。这导致进士馆章程屡变，一定程度上影响了它的落实和成效。当局扩大科举改制的努力遭遇重重阻力。在这样纷纷扰扰以及学堂、科举势不两立的聒噪下，科举的形象进一步遭受贬损。
从改科举到废科举
当枢臣瞿鸿禨等筹划诏开进士馆之时，袁世凯、张之洞、岑春煊、端方等督抚也在串联着推进三科递减渐废科举。其实，从1901年开始，在改、废科举过程中，趋新督抚就形成一个交互激进的模式。1901年袁世凯之所以在新政复奏中提出用实科彻底取代旧科举的主张，就颇因张之洞的助推之力。[2]随后，刘坤一、张之洞在《江楚会奏变法三折》中提出三科递减科举方案，也受到陶模、袁世凯的“启发”。刘坤一去世后，袁世凯旧事重提，拟定三科递减奏折，会同张之洞于1903年陈奏，遭到王文韶以下诸多京官的强烈抵制。当年张之洞进京，努力半载，最终实现了三科递减方案。[3]故1903年至1904年的三科递减一事，出头在袁世凯，达成却是张之洞。袁世凯在给徐世昌的私信中就说：“此老（指张之洞）竟将科举办减，近日称赞不去口。”[4]可是，仅仅一年多之后，袁世凯、端方等人又联络奏请立停科举，结果在1905年9月2日，延续一千多年的科举制被清廷宣告立停。在此过程中，袁世凯、端方又扮演了最重要的角色。而1905年亦甚特殊。因为有恩科及庚子事变的冲击，科举考试的年份被彻底打乱，其中1901年至1904年，乡试、会试连绵举行。同时，按照此前上谕，1906年、1907年将分别举行乡试和会试。所以，从1901年到1907年，只有1905年没有乡、会试。鉴于乡、会试之年，例不言科举，[5]因此，除了议修京师贡院和王文韶出军机等因素外，[6]对于趋新督抚来说，1905年确是奏停科举的最佳年份。
同时，督抚请废科举，经历了一个从分奏到联衔的过程，体现了中枢与督抚权力格局的变化。在辛丑议复新政时，刘坤一、张之洞、袁世凯等本欲联衔会奏，但中枢示意分奏，所以最终刘、张二位参预政务大臣联衔会奏，其他督抚则单衔复奏。[7]迨1903年奏请三科递减，袁世凯、张之洞本欲多拉几位督抚以壮声势，周馥、端方、岑春煊亦愿意会衔。但之所以最终仅袁、张会奏，盖有“京友”提醒“不宜多会衔，恐嫌为疆臣要在必行”，[8]说明中枢高层仍不愿督抚联衔奏事。然而，1905年立停科举之奏，则由袁世凯、端方、张之洞、周馥、岑春煊、赵尔巽等多位督抚联衔，再不见中枢高层示意反对，既折射出中枢与督抚权力格局的变化，也很可能是迎合上意的结果。无论如何，这为1910年多位督抚奏请开国会、设责任内阁的联衔行动开了先河，而清廷再也管束不住督抚的串联活动。
国史上最后的两科会试
借闱河南开封贡院的癸卯、甲辰二科既是中国历史上最后的会试，亦是清季科举改制的重要实践。因为英国公使萨道义在《辛丑条约》谈判中固执己见，坚持北京五年内不可举行乡试、会试，结果有清一代会试不在京师举行，这还是头一遭。所以，遭庚子兵燹焚毁的京师贡院也就没有了迅速修复的紧迫感。迨1905年再议修复时，科举三科减额方案已经颁行，最终定议缓修。[9]但北京不能会试，并不意味着定要借闱河南。事实上，南京曾是礼部和议和全权大臣奏请借闱的首选地，但由于两江总督刘坤一态度消极，政务处最终退而求其次改选河南。借闱河南令广大东南士子颇感不便，导致考生人数较往常减少许多。各省士子人数的多寡起伏，又直接影响到会试考中的机会。同时，借闱河南也影响了科举的声价。
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