概言之，各论说对新进士入学之举的成效颇为悲观，其理据主要有以下几项。首先，大学堂课程繁重，而进士肄业三年，时间有限，且年岁已大，精力不济，恐无法按期正常毕业。其次，进士“半路出家”，舍旧从新，难期深造。再次，既中进士，方志得意满，不肯降心抑志，俯听教习讲授。最后，进士嗜好难免。这些问题有的后来也有人提出，在进士馆随后的筹办和运行中，多少都有所回应，可以视为舆论影响实事的例证（详下）。
需要特别指出的是，除上述四项外，诸论说不看好，甚至直接反对进士入学的理由还在于，他们认为，欲收学堂教育之效而得人才，则须遵学堂教育之次第，即“须从娃娃抓起”，先注重蒙、小学堂，而后自中学而大学，循序渐进。《申报》论说就认为，欲得真才实学，自非由蒙学以至小学、中学、大学“挨次递升”不可，“童而习之，久而期之，乃始可以成就学业，乃始可以融会中西”，故应先植基于蒙学。故批评当轴“徒尽心于大学堂”，中学、小学用心不够，蒙学更漠然不顾，是不合理的。[89]《同文沪报》论说以为，人才之兴，必赖于“学堂办理之得法”，由小学、中学以至省之大学而递进于京师大学堂，“有条不紊，层次井然”，久之，人才自勃然兴起。[90]《京津时报》论说尤持此论：“教育之维新”，“必自最下一层始”，各国皆然。故主张先“陶铸无数新学之塾师”，从娃娃抓起。[91]一旦视上述学堂教育之次第为正轨，则新进士直接入大学堂肄业之举，便是“先其最后”，颠倒次序，是胡来。
但是，开进士馆的用意在使新进士对于法政、交涉等实学知其大要，并不指望短短三年，就能造就西学湛深之才。进言之，从彼时实情来看，弃科举已成人才，不思裁成而用之，一心从娃娃抓起，用人方面，确有缓不济急的问题。况且接受学堂教育的少年长大后，也未必定是国家需要的应时人才。《大公报》论说即从此处入手，反驳《京津时报》的论点。[92]值得注意的是，《同文沪报》论说虽持循序渐进之策，但也注意到“缓不济急”，然其药方则是，“于各省考选学问之优长者，使之遽入大学堂肄业，以期迅能收效，而不必其定自科目中出身也”。[93]《新闻报》论说主张“于省学堂多备高材生，使之毕省学堂之业，即入大学堂肄业”，不必果为进士而后入大学堂肄业。[94]持论与《同文沪报》相通。只是，他们津津乐道的高招，京师大学堂其实已在付诸实践，速成科仕学馆和师范馆业已筹备就绪，即将正式开馆。
总之，诸论说不看好，甚至反对新进士入学的理据，有的不无道理，有的则属臆测误解。不过，反对的理由成立与否固然要紧，明确发出反对的声音则更为关键。整体趋新的报界舆论，在科举、学堂问题上成见已深，抑科举而扬学堂的倾向已相当明显，新进士入学之举，作为科举改制的又一项重大举措，正好给报界舆论一个批评的“题目”。通过评论该“题目”以贬斥科举，而为学堂张目，达致早废科举、专办学堂的目的，才是各论说的用意所在。
诏开进士馆，继续推进科举改制，体现着调和科举、学堂，而归重于学堂的意向。调和科举、学堂，则二者至少一定时期内必将并行，诸论说对此大为反感，亟亟论辩，断言二者势不两立，万难并行。归重学堂则科举地位相对降低，诸论说“见微知著”，或从中抉发出罢废科举的深意，或以此为话头，直呼遽停科举。
《中外日报》论说断然道：“夫学堂之与科举，势不能两立者也。”首先，学堂课程繁，“阶级分明，非多年不能卒业”，科举文字无定，功名可侥幸得之，因此士子必不肯“舍科举之速化而就学堂之迟缓”，聪明者趋向科举，结果“学堂所取之士，或转非卓绝之流”。意谓学堂难而科举易，士子必趋易而就难。其次，举行乡、会试，已入学堂者必“分心于试事，不复能专精于所学”，不中式“固不免虚糜岁月，延误课程”，倘获隽则未必再入学堂。意谓科举存，则学堂学生大受干扰，难期大成。故主张加大科举之难度，或减额，或展限，如改三年一举为六年一举，“俾士子知科举得功名之难，等于学堂，而其得失之无定，更为学堂所未有，则或者就学堂之人多，就科举之人少，犹有真材之可造就也”。[95]
科举与学堂孰难孰易，实不易言，甚至都不好比较，《新闻报》论说便称秀才到举人再到进士，不知要历岁月几何。意谓科举非易。但这并不妨碍其得出相近的结论：“窃谓学校、科举自古无并行之法，东西各国有学校而无科举，是以其业专。中国学校之所以不兴者，皆科举相妨之故，是以其业纷。专则成，纷则废。”[96]
《大公报》论说更是“斩钉截铁”：“今日之科举，其势与后此之学校固不并立，科举存则学校衰，学校兴则科举废。”[97]《大公报》所载“来稿”大胆为诏书作注：“此我皇上不得已之苦衷，非欲科举、学校并行也。”意谓科举虽已改制，仍不中用，然学堂初起，亦不能得人才。皇上鉴于“科举不废，虽学堂亦难育才，不重视学堂，则科举仍难遽废”的困境，不得已而出此。[98]
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