此外，章程中有如下几点值得注意。（1）以实用为宗旨，期望“初登仕版”的“翰林、部属、中书……明彻今日中外大局，并于法律、交涉、学校、理财、农工商兵八项政事，皆能知其大要”。若欲更求精深，则毕业后准其呈请入大学堂肄业。（2）因此，课程设置中以法政（可涵盖交涉）、理财为主；进士馆每周上课6天，每天4小时，共24小时，较其他学堂平均每周36小时课时为轻。（3）入馆肄业的翰林、中书每年津贴240两，部属160两，由进士原省筹解。（4）6学期期满且获得学期及格凭照3次以上者，参加毕业试验。（5）毕业得奖者，将来作为外省高等学堂毕业试官候选人；部属、中书毕业得奖者，并准许考科举试差。[111]只是癸卯科进士入馆次年，科举即废，所以科举试差成了泡影，而将来简派高等学堂毕业试官，亦口惠而实不至。
光绪三十年四月十二日正式开馆后不久，教员与学员颇生冲突（详第五章）。六月十三日，御史张元奇奏称：“进士馆聘用各教员年轻望浅，所编讲义东涂西抹，粗浅陋略，学员皆有鄙夷不屑之意。择师不精，靡费无益，请饬将进士馆章程重为订定，俾收实效。”[112]与此同时，进士学员也谋划着合词禀请严复出任进士馆总教习。当然，张元奇所奏，或许有替其同乡好友严复出掌进士馆张目的深意。[113]七月十六日，御史王诚羲亦奏请变通进士馆章程：“新进士学堂固应肄业，部务亦须学习，且部曹不必遽分部，知县不必遽分省，拟请变通章程，以期尽善。”[114]为此，学务大臣于八月拟定《更定进士馆章程》八条，奉旨允行。要点有，（1）分内、外班：翰林、中书为内班，须住馆肄业；外班定期到馆听讲，部属采取自愿，可留内班，亦可申请入外班，已得要差，经本部咨明留署者，且可毋庸听讲；翰林、中书如因精力不及，亦可改归外班。（2）进士办学与留学可以代替在馆肄业。新进士在学堂任教习及总理学务，三年期满，实能称职，或自备资斧呈请出洋游学，三年期满，得有毕业文凭，与在馆毕业者一律办理。（3）假期与守制：与之前统一给假八个月不同，新定进士朝考后，给正假五个月，续假五个月；丁忧学员除自愿回籍外，准其百日后入馆肄业。[115]
可见，进士馆奖励章程在制定过程中，就因部分政务处大臣嫌其过优，[116]翰林前辈哄闹而核减。[117]同时，伴随着新进士的抵拒情绪以及御史的不断上奏，开馆仅数月就大变学章，可谓学堂章程屡更的显例。
清末新政伊始，厉行科举改制。对此，甲辰科进士关赓麟曾总结道：“癸卯、甲辰二科为千三百年科举之殿。时方改制，试论义，废誊录，借地汴闱，获隽者复入学堂习法政。此皆异于历来科举者。”[118]概言之，科举改制包括两个方面：（1）辛丑年颁行考试新章，以废八股、罢试帖，改试论、策、经义，废誊录等为内容；（2）壬寅年变通新进士章程，诏开进士馆，令新科进士授京职者入京师大学堂肄习法政等“新学”，接受学堂教育。
就二者关系而言，开进士馆变革了新进士在“实习阶段”的具体走向和学习内容，是科举改制在翰林院及新科进士“新学”培养与任用、出路层面的反映。如果说辛丑科举新章是要变取士之法，用所谓经世实学来取士，那么壬寅诏开进士馆恰是要科举已取之士再入大学堂，接受经世实学教育。二者殊途同归，互相配套，均为解决取非所用、用非所取的问题。在改科举、兴学堂的转型背景下，翰林院的持续整顿是科举改制的体现，而京师大学堂的重建是学堂兴起的标志。开进士馆正是要将科举与学堂沟通起来，以便多快好省地获取应时人才。此举既是改科举的继续推进，与科举考试新章两相配套，共同构成科举改制的主要内容，又蕴含着抑科举而扬学堂的深意，标示着学堂取代科举的风向。
研究表明，诏开进士馆延续了庚子前后翰林院整改的思路，用速成之法，育科举已成之才，实现了翰林院庶吉士制度的重大变革，并与京师大学堂仕学馆的筹备工作紧密衔接。不过，在政务处初期的讨论中，王文韶、鹿传霖、瞿鸿禨等中枢要人意见参差，既包含理念之争，又牵扯人事问题，反映出翰林院与大学堂、科举与学堂关系的重重纠葛。既往研究显示，庚子之后对科举变革的推动，陶模、袁世凯、张之洞、端方等疆臣多为主动，而枢臣更多是“合谋”的角色。[119]此次从整饬翰林院到诏开进士馆，由于是科举改制在高层的推进，所以是枢臣（瞿鸿禨）等中央大员主动发起并积极促成的。从袁世凯、张之洞请设京师仕学院的思路和行动来看，他们似对此也乐观其成。当然，袁世凯、张之洞此时努力的主要方向却在科举减额。[120]
科举制几乎是最重要的既有制度，科举改制在储才之地的翰林院如何推进，直接反映了清廷的决心与力度，示范效应甚大，开进士馆就是这方面的典型事例。此外，政学相依，翰林院既与政治核心关系至密，又是士人观瞻所在，其改革自然深受瞩目。进士馆之设，已经涉及官员的养成和任职制度，关系到新进士的出路和仕途，因而影响亦大。
有以上原因，所以诏开进士馆上谕一经发布，即激起广泛的朝野反响。从报刊舆论方面看，至1902年底，津、沪报界在科举、学堂问题上成见已深，贬科举而扬学堂的倾向已非常明显。虽然当局此举明显在深化科举改制，归重于学堂的意味颇浓，但激进的报界舆论立意在废科举，并不以此渐进改革为满足。因而此举没有获得一年前废八股时那样的如潮好评。相反，却引来了程度不同的“差评”。趋新的报界舆论并以此为绝好“题目”，将批评进士入学演化成了废科举的宣传鼓吹。
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