在管理员方面，甲辰年正月二十八日，学务大臣奏派翰林前辈支恒荣（芰卿）为进士馆监督，[16]总理馆中诸务。“又设提调三人”，斋务、庶务提调分别延定达寿、汪凤池，学务提调拟请汪凤藻，但“尚未到馆”。[17]很可能汪凤藻延请未果，后来延聘的学务提调是颇通算学的翰林前辈华学澜（瑞安）。所以，进士馆教习章宗祥说“汪乐（药？）阶及华卒庵分任提调”。[18]汪药阶即汪凤池，此前任大学堂杂务提调；[19]华卒庵即华学澜，卒庵乃瑞安谐音。陶孟和给华学澜的《辛丑日记》写序，征引《天津新志》材料，亦称华学澜任“进士馆教授提调”，自是不虚。[20]在教习方面，由于仕学馆并入进士馆，仕学馆的中日教习遂改任进士馆教习，同时又延聘了留日归国学生数人（详下文）。
馆舍、教员皆备，于是进士馆在甲辰年三月初发出示谕：“教习进士馆为晓谕事。照得本馆定于四月十二日开课，已咨行各衙门将上科新进士学习人员开列衔名，送交本馆。为此示谕各该员知悉，务于三月十五日以前各赴本衙门呈请咨送，仍尽三月内亲身赴本馆报到，听候开学，毋得延误。切切。特示。”[21]随后眼见报到者无多，又行文相催，并称如不愿入学，“须先期呈明”。到四月初，报名者达一百余人，已颇不少。[22]
四月十二日，进士馆如期开馆。《大公报》的报道颇有意思：“本月十六（二）日为进士馆开馆之期。是日在堂上设供桌香烛。监督在堂中，提调、各教员及办事各员均在阶上。仕学学员及进士学员均在阶下。堂中设万岁牌，监督率各员望阙谢恩，行三跪九叩礼。次谒孔子，行三跪九叩礼。毕，各学员向监督行三揖礼，又向各提调、各教员行三揖礼，又向检查以下各官行一揖礼，而监督以下均答揖礼，毕而退。仕学与进士两馆互相往拜。是日均着衣冠，俨然官学会中人也。”[23]十六日早上，教员、学员首次上堂，各教员依次演说。[24]至此，经过一年半的筹备，进士馆正式开馆。
学员的科分和班次构成
进士馆的学员构成，可以先从科分、班次考察一番。一般印象，进士馆学员由癸卯、甲辰两科进士组成，然细加查对，却不尽然。事实上，有12位乙未科和戊戌科进士在馆肄业六学期满，并参加了毕业考验。其中4人获得最优等，4人优等，3人中等，1人下等（详表5-1）。甚至还有3位戊戌科进士，在馆肄业未终就呈请赴日留学，卒业回国后，与癸卯、甲辰进士一起参加了进士馆游学毕业学员考验（详表5-2）。
表5-1 进士馆内乙未、戊戌科进士题名
表5-2 进士馆资遣戊戌科进士留学题名
这说明，如果从科分上严格划分，进士馆学员可分为乙未科、戊戌科、癸卯科和甲辰科（包括癸卯、甲辰两科的翻译进士）。本来，开进士馆的上谕针对的是癸卯科以下的新进士。乙未、戊戌两科进士之所以也可入馆学习，是因为翰林院掌院学士孙家鼐有此提议，而张之洞赞同，故写入了《奏定进士馆章程》。不过，上两科进士入馆与否纯属自愿，且须核准，与癸卯科以下新进士大不相同。有十几位“老进士”，甚至包括已经散馆授编修、检讨的“老翰林”仍愿入馆肄业，也说明虽然有很多新进士对开进士馆颇多抵拒，但仍有不少进士怀着期待主动去重做学生，接受学堂的“新学”教育。
就班次而言，进士馆开学之初，学员皆住堂学习。但教习、学员很快冲突不断。于是朝内批评之声又起，并奏请变通章程。随后学务大臣奏更定进士馆章程，遂分内、外班。翰林、中书为内班，住堂肄业；主事除自愿住馆肄业者，可以呈请改归外班，每周入馆听讲一次，已得要差而由本部咨明留署之员，可毋庸听讲；翰林、中书也可以精力不及为由，呈请改归外班。[25]
从第一次会考进士馆毕业学员情况来看（详表5-3），在馆肄业六学期期满，参加毕业考试的77名内班学员中，庶吉士固然占了大多数，不过癸卯主事亦不乏人，足有18位，考虑到有些主事中途呈请游学，则可知刚分内、外班时，自愿住堂肄业的主事应该更多。外班28名，主事为绝大多数，而呈请改归外班的癸卯庶吉士只有温肃一人。这即是旧内班和旧外班的情形。
以甲辰科为主，并包括若干癸卯科进士的新内班中，实际到堂肄业的只有40多名，内中除了6名内阁中书外，全是翰林，没有一个分部主事，且学员在馆学期自一期至四期不等，殊为参差。[26]而以主事为主的新外班学员足有70多名，内中约37名呈请咨送日本法政速成科第5班肄业。[27]
据此，旧班与新班各自人数均在百名以上。然而，旧班中住馆肄业的内班学员占到绝对多数，相反，新班中每周只上堂一次的外班学员却占绝对多数。同时，旧内班中含有为数不少的自愿住馆肄业的分部主事，而新内班中再也难见分部主事。从这一变化很容易看出，相较于癸卯科进士，住馆肄业对甲辰科进士的吸引力大大降低了。这一变化，与更定进士馆章程的规定关系甚大。更定章程对进士入馆的规定已经宽松许多，而游学三年或办学三年也可与在馆肄业三年一同办理毕业，使得甲辰科进士有了更多选择。同时，此时各部裁书吏、用司员直接办公的改革，也要求分部主事抓紧练习部务，加以主事呈请改归外班，津贴照拿，毕业考验与内班一同办理，使得分部主事再也不愿住馆肄业。
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