1903年春，正值袁世凯、张之洞联衔奏请三科减停科举之时。张之洞更是奉召入京，科举存废的重大问题正在朝中激烈争论。[36]据说癸卯科进士“因闻新进士学堂仍须办理，俱为不悦”。他们的反对意见和上下左右串联，已成为当时“停废科举、普设学堂之一大阻力”。[37]
所以，开进士馆已与朝内存废科举的争论和运作互相缠绕，纠结难分。张之洞力主三科减停科举，王文韶大为反对，张之洞无可奈何，“于是向之主废科举者渐改宗旨，主不废科举者益复得意”。甚至传言有人奏请“新进士入学堂，宜与庶常散馆、部属报满并行不悖，不宜俟毕业后方准散馆、报满”，王文韶“极韪之”。[38]考虑到上年瞿鸿禨等发起进士入学之议时，王文韶就极力主张翰林院掌院学士入主大学堂，而进士馆教习必以翰林、进士出身者充之，维持科举，反制学堂，那么，此时新科进士可否不等学堂卒业，便能散馆考差、报满奏留，就可视为上年争议的延续，其背后即暗含着科举与学堂、翰林院与大学堂的深层纠葛。
事实上，癸卯科庶吉士争取不等毕业即散馆的“斗争”一直没有消歇，并与废科举的争论和运作相始终。光绪三十年四月，甲辰恩科会试出榜后，据说某大臣循例奏请散馆，但上届癸卯科“庶吉士均入进士馆肄业，无庸散馆”，结果遭到慈禧太后的当面诘责：“他们尚未卒业，卒业后给予出身，你不知道么？”[39]光绪三十一年三月，进士馆开馆将近一年，多名庶吉士学员又禀请学务大臣，改三年毕业后散馆为两年即可散馆。[40]这是因为“进士馆各学员须在丙午年假时卒业，而丙午为乡试之年，若按癸卯庶常，早已散馆，例得考差，若迟至年假时，则不得考差矣”。[41]本来癸卯科庶吉士一年后即可照例散馆，因进士馆之制被迫延后。同时，考差在五月开始放乡试考官之前，若至丙午年年底毕业后再散馆，则赶不上丙午年考差。况且，“新科得差者易”。[42]所以，进士馆中的庶吉士学员禀请提前散馆，也是人情之常。岂料是年八月，袁世凯等督抚联衔奏请立停科举，自丙午科始，乡、会试一律停止。于是癸卯、甲辰两科翰林就没有考差与简放试差、学差的念想和机会了。所以，癸卯科翰林郭则沄有诗句云“抡才虚望三清出”，因为“留馆后科举已停，学、试差俱辍”。[43]
必须指出的是，趋新舆论种种报道的指向，仿佛翰林、进士或者朝中保全科举者，仅仅是为了尽快入仕、考差的现实利益。其实，这固然是非常重要的一面，但其中未始不含有不同群体对科举、学堂、新学、旧学的不同理解。
如果全面考察新科进士群体对入进士馆接受“新学”教育的态度，可以看出，固然有许多进士不愿入馆肄业，但也不乏主动学习，希望借此更新自身知识结构、改善地位者。整体言之，这是改科举、兴学堂的转型时代，士人选择更加多元、取向渐渐分化的体现。如果具体到进士个人，则个体的选择，又与其年龄、出身、地域、教育背景等因素密切相关。因此，通过讨论新进士对于入学的态度取向，既可观察他们是怎样看待科举、学堂此消彼长的现实变化的，也可窥见最后的进士群体是如何借助知识更新和身份转型，以改善地位并施展抱负的。
不愿入馆肄业的进士自然不少。其实，前述报刊舆论一开始就质疑进士未必肯虚心向学。大学堂办学人员亦有类似担忧，林纾致严复函戏谓：“新进士都入大学堂肄业，张筱圃真得天下英才而教育之矣。不知于思者将亦屈之北面否？一笑！”[44]“于思”指“多须貌”、“白头貌”，[45]新进士年在三四十以上者甚夥，多须自不必说，白头恐亦不少，故此处“于思者”殆指新进士。张筱圃即京师大学堂副总教习张鹤龄。看来林纾也对新进士会否北面称弟子，虚心以向学有所疑虑。
迨进士馆开馆之前，又“传闻有某进士纠同年数人，递禀学务大臣，不愿入进士馆肄业”。[46]癸卯科庶吉士温肃则明言“不乐就进士馆学”，“厌听”进士馆教员所讲授的法政学。后经其房师于齐庆咨调，兼任翰林院编书处协修，“遂改外班，不常到馆”。[47]最极端的例子是癸卯科进士、工部学习主事、江苏阳湖人钱振锽。钱氏曾自述道：“新例新进士入进士馆学习三年，不则无出路。振锽入馆，见西洋教习登坛宣讲，群进士执笔谨记其语，以为无耻，归而大书其壁曰：生若入进士馆，死不上先人茔。”[48]甲辰科进士金梁亦称：钱振锽“以进士用主事，既入部，例至进士馆，谓不能事夷师，弃职径归，专著述”。[49]
不过，钱振锽、温肃均为比较极端的例子。因为从后来毕业考验结果看，癸卯科庶吉士改归外班的仅温肃一人。相反，癸卯科进士甘鹏云，甲辰科进士汤化龙、黄远庸的例子，则可说明有一些“与时俱进”的士子，主动希望入进士馆学习“新学”，以改善地位，出人头地。光绪三十年四月，甲辰会试榜发，汤化龙榜上有名，然而在殿试、朝考前，他却甚为惶惶，一则希冀做京官入进士馆，一则担心用即用知县。十九日，汤化龙在致其弟汤芗铭的家信中真实地流露了此时的心境和趋向：
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