留学生面临的更大挑战，还在讲授内容和知识水准方面。进士馆课程法政、理财等为主等，算学、东文等作为随意科也开设过。物理、化学诸科，据《奏定进士馆章程》，亦在必修之列。不过，很可能在学员的抗议之下，理化课程后来取消了。郭则沄谓：“馆以法政为主，而加入物理、化学为必修科，甚不合也。同人力争，始罢之。”[116]至于中国历史、地理，开课不久就有了变化，《大公报》报道曰：进士馆“新添历史、舆地札记二门，盖因进士学员于此二学科研究有素，教员一时难聘，故改为自行札记，每月以十篇为合格”。[117]
事实上，中国地理起初由张奎讲授，但很快停罢。此事充分显示出部分学员对教员知识水准的质疑。张奎“讲解地理之时，先就其浅近条目徐为演说，于第二课又发总论一篇，论世界之大势，次及亚东之危险，以示讲解地理之宗旨”。不料演讲未终，学员邵章“拍案倔起，怒叱曰：此等浅浅讲义，泛泛空论，吾辈既中进士，摇笔即来，岂有不解而尚烦汝言。汝置高深而不言，汝不称职，汝请罢席”。[118]随后，众学员哄堂。张奎辞职不干，经监督、教员等人坚留，始收回辞呈，但辞去了地理课一席。[119]
邵章字伯，浙江仁和人，1872年生，乃邵懿辰之孙，硕学名儒之后，才气横溢。自1897年以来，历任浙江蚕学馆馆正，养正书塾塾正，杭州中学堂监督。[120]其办新式教育，可谓资历颇深，同时，他年龄比进士馆所有留学生教员都大。以他这种背景，在馆做“学生”，其不服甚至鄙夷年轻的教员，便丝毫也不奇怪。张奎初登进士馆讲堂，“邃于学而讷于言”，难保上课效果不甚佳，且其所授之地理，进士多“研究有素”，不比章宗祥、曹汝霖、钱承鋕等人所授的刑法、诉讼法、商法之类，进士相对陌生，以故更易贻“浅显空泛”之讥。类似的哄堂之事并非仅见。郭则沄称：“教员某讲生理学，谓人身如炉，其进食如添炭，因大画火炉于板，同人为之哄堂，且揶揄之，因惭而谢去。”[121]
学员既不认教员为师，又对教员的讲授大不以为然，以致“每日上堂，多所驳诘，不留余地”，使得诸教员“皆欲告退”。[122]郭则沄后来赋诗曰：“疥骆当时难就勒。秃鹙几辈怯登台。”诗注云：“翰林向有疥骆驼之目，馆中教员皆留日学生，多未留发，目为秃鹙，每授课有所问难，辄至词穷。”[123]该诗状学员与教员极肖。“难就勒”的翰林学员着实强势，不仅视“教习非师”，更将教员目为“秃鹙”，问难驳诘，令人不堪。因此，教员为“师”不易，真不免要“怯登台”了。
需要强调的是，留学生遭遇的挑战不仅来自馆内学员，更有来自朝中批评者。光绪三十年六月十三日，御史张元奇附片上奏，请将进士馆章程重为订定。[124]片内一则谓“进士馆教员多在洋毕业之留学生，年轻望浅，不能镇服”，[125]再则谓各教员“所编讲义东涂西抹，粗浅陋略，学员皆有鄙夷不屑之意”，甚至词连学务大臣，称其“择师不精，靡费无益”，故“请饬将进士馆章程重为订定，以收实效”。[126]
与此同时，学员也有自己的打算，他们欲使西学淹通且资望允孚的严复出任进士馆总教习。六月廿二日，严复在致熊季廉的私函中透露出重要信息：“昨京中来信，有云新进士拟合词公禀学部，以复为该馆总教习。然京中忌复者最多，恐其事未必遂济。”[127]后来果然未能成真。
张元奇这道封奏虽然很可能意在批评学务大臣用人不当，且有为同乡好友严复入掌进士馆张目的深意。但是，文中提到的“年轻望浅，不能镇服”、所编讲义“东涂西抹，粗浅陋略”，却是对教员的致命批评。“年轻望浅”自不待言，至于“讲义问题”尚可稍做申论。
首先，大学堂开课之初，既无教材，参考书亦少，故教习的讲义就最为重要。中国教习的讲义“先由教习编示大纲，上堂时详细解说，学员笔记之”，日本教习的讲义“由助教译演，学员整理笔记”。[128]后来，经过整理，京师大学堂陆续铅印了一批教习讲义，其中就包括杉荣三郎的《经济学》和《经济各论》。[129]可惜，尚未见到留学生教习所编之讲义。不过，据章宗祥回忆，自编讲义颇不容易。他说：“余所担钟点，每星期十小时，自讲刑法四小时，为岩谷译讲民法六小时。译讲先期预备，不甚费力；至自讲之刑法，参考各种书籍，悉心编订，每一小时之讲义，预备时间须费至三四小时，尚未敢自信为确当。”[130]
其次，张元奇批评教员所编讲义“东涂西抹，粗浅陋略”，似应结合教员所任课程的特点来理解。以章宗祥所任课程来讲，岩谷孙藏讲民法，他做助教翻译，又亲自讲授刑法。岩谷孙藏系日人，章宗祥又在日本学的法政，则其所讲自以日本民法、刑法为归，而当时日本法律又以学习法、德等国为多。法学较落后国家学习借鉴法学较发达国家，在法学教育中常用一种“比较的方法”。比如，对于某一问题的探讨，常常先胪列甲国如何规定，乙国如何规定，丙国、丁国等等，然后讲自己应该或学甲，或学乙，或兼容，或损益。至今国内法学教育亦然。于是，这种“说东道西”的讲义，在进士们看来，自不免“东涂西抹”之嫌和“粗浅陋略”之讥了。
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