有鉴于此，本书拟从两条主线展开：（1）清末科举改制的内容与实践；（2）科举改制造就的癸、甲进士群体在清末民初剧变时代的出处浮沉、流风遗韵和最终命运。章节安排如下。
第一章，紧扣朝臣与东南督抚关于辛丑乡试展期的论争及士绅舆论的反应，详论展期之争的来龙去脉，并尝试从庚子西狩、东南互保的权力格局中探讨展期之争所反映的历史内涵，借以揭示庚辛政局与辛丑科举改制的多层关联。
第二章，通过深入考察科举新章的内容流变、场次与题量调整、分场去取、废除誊录诸方面，探究清廷决策者出台辛丑科举新章背后的权衡和隐曲。结合戊戌变法以来的多种科举改章思路，检讨辛丑科举新章制度设计的利弊得失。
第三章，考论中央高层主动发起并促成的从整饬翰林院到诏开进士馆的改制脉络，及其背后的论争和妥协，阐明诏开进士馆之举与辛丑科举新章相配套，是科举改制的扩大。从报刊舆论、官绅议论方面，考察诏开进士馆的朝野反响。
第四章，从借闱河南的复杂缘由，考题答卷、阅卷和荐卷程序、取中标准和内幕、贡士构成诸方面，观察科举改制下癸、甲两科会试的实际运行，期对科举改制的贯彻实情、成效与局限有更切实的认识。
第五章，从进士馆的筹备、学员对入馆的态度、教习授业困窘、课程考验奖励等方面，观察进士馆的实际运作与困难所在，并与进士游学相衔接，呈现科举停废前后两科进士“新学”教育的样貌。
第六章，通过细致考察癸、甲进士在清末的仕途分化、鼎革前后的出处浮沉，分析停废科举、预备立宪、辛亥鼎革及民初乱局对癸、甲进士的影响，以及他们的因应与分化。
第七章，从参与清末兴学大潮、传承旧学与抵拒新文化、主持诗词结社等方面，展现清末民国时期癸、甲进士在文教领域的流风遗韵。
四 资料说明
中国的科举资料，“几于无书无之”，再广搜穷集，亦必挂漏无算，前辈学者甘苦早尝，多有言之者。[65]况且近代史料在种类和数量上又远超往昔，个人涉猎十分有限，挂漏无疑更多。当然，本书在广泛利用常见常用资料的基础上，也尽量发掘使用了数量可观的“新资料”。现将本书主要利用的一手资料撮要介绍如下。
其一，未刊、已刊档案与官方文书。中国第一历史档案馆珍藏的大量《朱批奏折》、《录副奏折》，已出版的《光绪宣统两朝上谕档》、《咸丰同治两朝上谕档》、《清代军机处随手登记档》、《清代军机处电报档汇编》、《庚子事变清宫档案汇编》、《光绪朝朱批奏折》、《清代官员履历档案全编》、《义和团档案史料》、《戊戌变法档案史料》、《京师大学堂档案选编》等；台北“故宫博物院”图书文献馆珍藏的《军机处档折件》，已出版的《宫中档光绪朝奏折》；清朝官书《清实录》、《大清新法令》等，皆是考订史实、分析问题的基本材料。此外，礼部奏定的《续增科场条例》（1902）、《科举章程》（1898）、《礼部、政务处会奏变通科举章程》（1901）均是讨论科举改章的重要材料。
其二，中国社会科学院近代史研究所档案馆藏未刊稿抄本。该馆珍藏了晚清民国人物的大量书信、日记、诗文稿抄本。本书即利用了其中的《瞿鸿禨朋僚书牍》（整理抄本）、《同光年间名人书札》、《冯汝琪家信》、《汤化龙、汤芗铭档案》、《许同莘日记》、《李景铭档案》等。其中瞿鸿禨档案对研究诏开进士馆的原委和高层论争内幕至关重要。《同光年间名人书札》所收陆润庠致张百熙的甲辰会试闱中手札，为了解总裁阅卷取中的操作和内幕提供了不可替代的原始依据。冯汝琪、许同莘、汤氏兄弟皆系1902年举人，冯汝琪与汤化龙随后中式甲辰科进士，许同莘虽然报罢，但其日记详记了参加考试的过程、见闻和感想，以上三种皆是研究士子对科举改制的反应和考试实况的绝佳资料。此外，该馆所藏《张之洞档》等大批资料新近影印出版，为本研究提供了极大便利。本书第一章就利用了大量《张之洞档》材料，其他章节还利用了《荣禄档》、《唐景崇档》、《端方档》和《奕劻档》。
其三，朱卷、墨卷、科举录、缙绅录、职官录、同年录、同学录。这些材料数量庞大，对研讨两科会试的实况，考订、统计、分析进士的出身背景、生平仕履，了解进士的结社情况，至关重要。缺少这些材料，相关研究将无法展开。
其四，日记、书信、诗文集、年谱、回忆录、笔记、诗话、序跋、碑传。本书收集利用了癸甲两科进士、同考官、落第士子以及翰林前辈的多种日记。进士及落第士子方面，有何寿章的《苏甘室日记》、胡骏的《补斋日记》、孔昭晋（澹庵）的《癸卯汴试日记》、《许同莘日记》、甘鹏云的《豫游纪行》、钮泽晟的《京游杂记·附记宦迹》、马太元的《汴游日记》、刘大鹏的《乔梓公车日记》及《退想斋日记》、《许宝蘅日记》、《贺葆真日记》、《郭家声日记选录》等。考官方面，如王振声的《心清室日记》、《恽毓鼎澄斋日记》、《张人骏家书日记》、《荣庆日记》、伍铨萃的《北游日记》、吕佩芬的《湘轺日记》。翰林前辈方面，如《翁同龢日记》、叶昌炽的《缘督庐日记》（影印）、新出版的《徐兆玮日记》等。书信方面，如近代史所档案馆藏多种书信手稿，而见于各种书札专集、文集中者亦颇夥。日记、书信中的记载往往能揭示鲜为人知的内幕消息，故颇为重要。本书部分章节的写作，即是从日记、书信中获得的重要信息入手，再与档案、报刊、笔记等材料合观，然后完成的。此外，发掘、整理和利用了癸甲进士中一批人的诗文集、回忆录、年谱、笔记、诗话、序跋、碑传等资料。最后，同时代其他人的日记、书信、诗文集、笔记等，皆有助于论题的展开和深入。
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