与此同时，汉掌院学士陆润庠于十一月二十六日单衔奏请保全翰林院，措辞极为痛切，与翰林群体公具说帖实相表里。首先，援引国家创立翰林院制度、养成人才的丰功伟绩，以及翰林院近年在派遣留学、考察政治、人员结构等方面与时俱进的成效，认为既不可将翰林院“划出宪政之外，转失朝廷用人之初心”，亦不可“强隶入皇室之中”，大失“祖宗设官之本意”。其次，一方面从翰林院的立意和功能角度，反驳针对翰林院不负行政责任的诟病：“国家意在储才，原不责以簿书之鞅掌”，之所以“使之回翔清秘”，是为了“博观政治之原，整饬风裁，备为有事折冲之用”。进而强调官制当本其“沿革风尚，不能尽相仿袭”。另一方面阐述德国博士院，英国、日本的博士会、学士会院制度，“皆所以储才备用”，“实与我国翰林院之制相仿”，故其“最高官吏往往以学士、博士任之”，盖“学养重然后识见闳也”。所以，绝不可“徒袭各国之迹象，而遗其精神，隳吾国之良规，而失其美意”。再次，从制度、国史记载方面强调翰林院的不可或缺：“《会典》记制度沿革之要，国史正万世是非之公，何一非国家政务所关。故一国之行政汇于新内阁，一国之记载汇于翰林院，未可偏废也。”最后，奏请翰林院“与弼德院、行政审判院、审计院等同为特立衙门”，并“俟新内阁、弼德院官制既定”，以一定数量的内外缺额供翰林升转。[71]
翰林群体公具说帖和陆润庠单衔奏折上陈之后，既定的游说方案随即付诸施行。十一月二十七日，恽毓鼎与十五位翰林会齐，“遍走四大军机之门，要求保存翰林院，均不值，各留说帖而去”。恽氏不禁感慨道：“自通籍以来，从未若此之奔竞也。可笑，亦复可怜。”[72]随后，《申报》也以《且观翰苑运动之效果》为标题，绘声绘色地报道了翰林群体为“力争保存该院”，集会筹议、上奏折、草说帖，“运动”当政大佬的种种努力。[73]这与翰林日记即时且丰富的记录可以相互发明。
有意思的是，恽毓鼎显然颇为悲观，年末之时预计翰林院明春“必裁”。[74]不过，历史的发展并不像恽氏估计的那样。宣统三年四月初十日，责任内阁宣布成立，翰林院居然无恙。而且，旧内阁遭裁撤，其大学士、协办大学士还“序次于翰林院”，令翰林院厘定官制时“妥拟章程”。[75]看来翰林院不仅逃过一劫，还将旧内阁职掌吞并。
如此结果，令翰林群体不无振奋。陆润庠随即奏称“臣院官制既应保存，则职掌尤宜厘定”，尤其注重讲官、内翰林、纂修会典、通儒院、考试高等文官诸职，一一阐述。[76]与翰林群体公具说帖所列职掌相较，取消了组织法典调查委员会和开设图书馆两项。考虑到这两项职掌，修订法律馆和学部业已分别办有头绪，翰林院实难与争，主动取消自是明智之举。随后，章梫、张琴、水祖培、朱汝珍等癸卯、甲辰翰林拟订了翰林院新官制草案。首先，改订名缺。议设正一品翰林院掌院大学士二人；正一品翰林院大学士四人，以前内阁大学士充之；从一品翰林院协办大学士二人，以前内阁协办大学士充之；正二品学士六人，以现任学士升任；正三品侍读学士十人，以侍读、侍讲学士升任；正四品侍讲学士十四人，以侍读、侍讲升任；正五品宏文学士十八人，以撰文、秘书郎改任；从五品集贤学士，无定员，以编修、检讨、修撰改任；正七品庶吉士，无定员。其次，厘定职掌。“议设五处、七馆、一堂、一厅、一所、一会”。五处为：撰文事宜处、日讲事宜处、中秘图书处、典礼事宜处、供奉事宜处。七馆为：记注馆、国史馆、功臣馆、会典馆、武英殿翻书馆、国书馆、通儒馆。堂为清秘堂，内设秘书、文牍、会计、庶务四处。厅为著作厅。所为研究所。会为文官高等试验委员会。“其中记注馆以今之起居注改设。研究所以今之讲习所改设。通儒馆以今之庶常馆改设”，唯文官高等试验委员会为新制。[77]据说，内阁法制院“颇以其名目繁重为嫌”。以故，翰林院重新拟订，改设一堂、五馆，即办事堂、国史馆、记注馆、宏文馆、撰述馆、研究馆。会典馆等改名特别馆。随后由掌院学士送交法制院再加核夺。[78]总之，翰林院不仅保全，而且将旧内阁、礼部等裁撤衙门的部分职掌兼并，一定程度上扩张了职权。
之所以达致这一出人意料的结局，究其原因，掌院学士陆润庠以下翰林群体的极力抗争与游说高层自不待言，此外以下几点值得注意。首先，据说翰林出身的军机大臣徐世昌力主保存翰林院，以示不忘故旧。[79]其次，保全翰林院，关系朝章国史和典礼风教，崇儒重学、稽古考文，西方列强亦复如此。驻美公使、比较了解外情的张荫棠就据此立论，力主翰林院当改为文教院而绝不可裁撤。[80]再次，保全翰林院有现实需要，一则此时翰林群体足有一百多人，骤然裁撤，不易安置；且责任内阁成立，旧内阁势必裁撤，而其中出身翰林的大学士、学士等高官必须有所安顿，保留翰林院正可让这些老翰林“回归”，一举两得。最后，癸卯、甲辰翰林多有出洋游学经历，他们所拟的翰林院新职掌，颇用东西洋制度替自己立论，与官制改革者针锋相对。所谓翰林院与东西方列强的博士会、学士院制度相近，均是高级人才储备机关，亦不无道理。此时，翰林院自居储才机关的同时，已不再仅仅定位于人文渊薮，而是与时俱进地囊括法学、经济、商学及理工农医等方面杰出人才，体现了更大的包容性。这也是翰林院转型的可能方向。
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