然而，随着大片新领土的增加，随着对外战争的频繁发生，国内各种矛盾深刻地反映了出来。首先，自八世纪后半叶开始，班田收授法逐渐被破坏，大量地方庄园出现了，这是割据豪强产生的滥觞。继而，朝廷内部也闹了起来。
撰著养老令的藤原不比等去世以后，他的四个儿子武智麻吕（这是日本自己创造的汉字，把麻吕二字上下合为一字，读作まろ）、房前、宇合、麻吕迫死了左大臣长屋王，把持朝政。737年，这四个家伙一起患天花死去，政权又落在葛城王橘诸兄手里。
橘诸兄执政时期，圣武天皇重用遣唐使玄肪、吉备真备等人，想要摆脱藤原氏的束缚。740年，藤原宇合之子，当时任大宰少贰的藤原广嗣在九州举兵反叛。此次反叛虽然很快被镇压下去，但橘诸兄因此失势，藤原武智麻吕之子仲麻吕又爬了上来。
藤原仲麻吕最大的功绩就是宣布实施已经搁置了39年的《养老律令》，但他同样逃不过覆亡的命运。757年，橘诸兄之子橘奈良麻吕举兵反叛被镇压，七年后，失势的藤原仲麻吕也步了他敌人的后尘。
继藤原仲麻吕被干掉的，还有受称德（女）天皇宠信，被任命为太政大臣禅师、法王的道镜和尚（怎么总让人想起武则天身边的白马寺主持薛怀义）。
从大化改新直到迁都奈良，日本史上还称之为白凤文化；而整个奈良时代的文化，被称为天平文化（中日两国曾经合拍了一部根据井上靖小说改编的电影《天平之甇》，就是以此时期为背景的）。这两个时期的日本文化，可以说基本上是唐文化的翻版。
【桓武朝改革与庄园制的产生】
八世纪以后，日本的班田制和公地公民制日益动摇，封建的庄园领主制度开始产生。为了适应这种新形势的需要，781年桓武天皇即位后，在藤原种继等人的支持下，发布了一系列改革措施。
784年，离开守旧势力盘根错节的平城京，迁都长冈（今天的长冈京市，在京都市西南方向约15公里处）；延历13年（794年），都城又从长冈迁到葛野，称平安京。平安京就是现在的京都，从此直到明治维新，它一直是日本的都城。而从本年直到1192年镰仓幕府建立，史称平安时代。
班田制逐渐崩溃，国家为了保证财源，于是不得不出台了新的赋税征刻方式——田堵制（负名制）。内容是让较殷实的农民与国家签订契约，承包一定耕地，这种承包人就被称为"田堵"。刚开始的时候，田堵占有的土地很不稳定，每年春季都必须签订新的契约，到十世纪前后，土地的私人占有逐渐固定下来。这种土地称为“名田”，拥有“名田”者称为“名主”。日本中心地区的名主，一般拥有田地不多，一至三町而已，故名为“小名主”，而边疆地区某些名主则拥有相当多的田地，故名为“大名主”——大家明白后世“大名”的称呼是怎么来的了吧。
于是，部分名田逐渐成长为庄园。从九世纪初开始，贵族庄园开始争取“不输”，即利用种种借口，取得免租的权力；十世纪以后，又争取到了“不入”的特权，即不承认国家在庄园内部的司法权和警察权。“不输不入”化的庄园，是以后割据封建领主的滥觞。
小庄园主们，为了维护自己的权益，往往将自己的庄园名义上进献给中央贵族和大的寺社，每年缴纳一定贡赋，奉之为领主（“领家”），而自称“下司”或“预所”。领家们也有可能将名下庄园再名义上进献给更有权势的贵族，每年缴纳一定贡赋，奉之为“本家”。这种寄进的庄园领主土地等级所有制，也是日后武家领主等级所有制的滥觞。
【藤原氏的摄关政治】
日本中世纪四大姓氏（源、平、藤、橘）中的藤原氏，考其祖上，出自掌管祭祀的神祗官。在大化改新和以后多次的政权交叠中，这一家子时沉时浮，始终不倒。到了九世纪下半期，这株毒苗终于破土而出，创立了对当时和后世都影响深远的“摄关政治”。
所谓"摄"，是指在天皇年幼时代其主政的“摄政”一职，此职向来由皇室成员充当。而到了藤原良房（804～872）因为外戚关系成为第一个非皇族的太政大臣以后，进而得到清和天皇（良房的外孙）“总摄庶政”的诏命，正式开始了人臣摄政。良房死后，其养子藤原基经继任太政大臣和摄政，并于887年使宇多天皇下诏说：“其万机巨细，已统百官，皆先关白太政大臣，然后奏下。”“关白”一词本来是汉语，指告诉、禀报。自此，日本的摄关政治开始了（即外戚在天皇年幼时摄政，在天皇成年后关白的政体）。
藤原氏有四个分支，而以北家最贵。摄关政治对以后的影响是，形成了一种不成文的传统，太政大臣和摄政关白世代都必须以藤原北家的子弟来充任。大家这下明白700年以后的丰臣秀吉，挖空心思要当藤原家的干儿子，其中有何奥妙了吧。
摄关政治完全架空了天皇，皇室当然不肯顺从，还要最后挣扎一下。藤原基经死后不久，醍醐天皇即位，取消摄关，实行亲政。这位天皇似乎是位明君，在位时整顿吏治，关注民生，还完成了《延喜格》和《延喜式》的编撰（醍醐天皇的年号为延喜）。这两本书，和之前的《弘仁格》、《弘仁式》、《贞观格》、《贞观式》（当然不是中国的贞观），总称《三代格式》。《三代格式》和《大宝律令》、《养老律令》，形成了日本早期封建国家一套完备的法典制度。
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