这时战场的形势越来越恶化，现实生活要求任命一位能够胜任统辖全军这一重大使命的总司令，沙皇要求他委任的特别委员会来解决这一重大问题。
1812年8月17日，放弃斯摩棱斯克的当天傍晚，在彼得堡召开了特别委员会会议。委员们经过详细讨论，反复研究了军队的形势后，都认为，没有一个统辖全军的总司令官是造成俄军军事上失利的重要原因之一，如再不解决各集团军间的协同作战问题，后果将不堪设想。
那么谁是担任全俄军队总司令的合适人选呢？委员们认为候选人的条件应该是：具有丰富的作战经验，本人德高望重，深受民众信赖，而且官高爵显。到会的人都清楚，库图佐夫比任何人都具备这些条件；但大家也十分了解沙皇对库图佐夫没有什么好感，他甚至再不想听到库图佐夫这个名字。委员们对提出的候选人，如多赫图罗夫、贝尼格森和巴格拉季昂等人，都不表明自己的态度，后来当提到库图佐夫时，得到了异口同声的赞许和支持。大家都为此轻松地舒了一口气。
沙皇对委员会的建议并没有立刻表示同意。他考虑了3天，尔后才给枢密院签发手谕，任命步兵上将库图佐夫公爵为全俄军总司令。沙皇在给库图佐夫的信中写道：
“米哈依尔·伊拉里奥诺维奇：
您在军队中的崇高威望，您对祖国的真诚热爱，您屡建奇功的丰富经验，使您有权赢得这一信任。在选择您担当此重任之际，希不负众望。我将请求上帝保佑您旗开得胜，马到成功。亚历山大谨启。”
后来亚历山大一世在卡缅内岛召见了库图佐夫，会面时间不长。把将军送走后，沙皇给他的姐姐写了一封信，他在信中道：
“……大家对巴克莱的敌视情绪很强烈。应该承认，这是他自食其果，因为他指挥作战优柔寡断，举棋不定，办事拖沓。他和巴格拉季昂争执不下。为了解决这个矛盾，我不得不专门召开小型委员会会议，阐明情况并提出指派总司令的问题。他们根据提出的各项条件，一致推选德高望重的库图佐夫……总之，库图佐夫在这里和莫斯科都深受各阶层人民的爱戴。……我在彼得堡发现，大家都坚决拥护库图佐夫这个老头子任总司令。这是众望所归呀。我由于了解这个人，开始反对任命他。罗斯托普钦8月5日写信告诉我说，整个莫斯科都希望库图佐夫统率全军，因为巴克莱和巴格拉季昂两人均不能胜任此职，况且，巴克莱在斯摩棱斯克一再失误。人心所向，我只能听之任之，只好任命库图佐夫为总司令。迫于形势，我无法作出别的选择。只能根据大家的呼声作出抉择。”
看得出来，亚历山大一世在任命库图佐夫时是不情愿的，故沙皇同时又任命贝尼格森为总参谋长，以便在必要时接替库图佐夫。
“这可是只‘北方老狐狸’！”拿破仑得知对库图佐夫的任命后，意味深长地说。
当库图佐夫听到拿破仑对他的反应后，谦逊地说道：
“我将努力向这位伟大统帅证明：他说得完全正确！”
68岁的库图佐夫，在形势严峻的战争初期，临危受命，于8月23日，在市民的热情欢送下离开彼得堡，到前线赴任。他心里非常清楚，人民和军队都期望他能采取坚决行动，以阻止敌人向俄国腹地长驱直入。但是人民和军队都不了解，俄国现在没有足以战胜敌人的训练有素的军队。库图佐夫凭多年的战斗经验，深知只有发动人民群众参加战争，扩充军队，才能扭转战争形势。
组建预备部队的事，战前没有采取切实可行的措施落实，开战后才开始抓紧组建并将其集结于最重要的战略方向上，然而在落实过程中遇到很多困难，新兵员一时补充不上来。纵然如此，陆军部不作调查，却盲目地一味强调有足够的预备队，并已作好参战准备。
8月29日，库图佐夫乘车来到集团军所在地察列沃宰米谢。一个团的士兵看到总司令出现在面前，慌忙整装、站队，而库图佐夫对他们说的第一句话是：
“不要这样。我的孩子们，我想看到的，是你们个个身体健康。士兵在征战中不能讲究穿戴，你们在劳累之后需要休息，要作好打胜仗的准备……”
在检阅仪仗队时他大声呼喊：
“呶，我们有这么多好汉，怎么能撤退呢！”
但是，次日，军队还是接到了撤退的命令。
是什么原因促使库图佐夫下决心继续向内地撤退呢？后来，据库图佐夫的副官说，撤退前夜，总司令深思熟虑，全面研究了当时的形势。俄军在两个月内后撤了八百多公里，前线离莫斯科只有150公里了，部队需要休整，特别是需要补充兵员。法军一直在后面跟踪追击，随时准备与俄军决战。在此情况下，不能硬碰硬地去迎战。
当时，对库图佐夫打击最沉重的是：根本没有像陆军部说的那么多的预备队。本指望米洛拉多维奇能派6万人加强集团军，实际只来了1.6万人，而且都是未受过训练的士兵。原来罗斯托普钦答应派来7.5万人，实际只派出1.5万人。用现有的这些兵力显然是无法阻止敌军的。
库图佐夫曾请求把洛巴诺夫—罗斯托夫斯基公爵组建的预备队调来加强军队。他在报告中写道：
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