这些笔记的记载毫无疑问不是真实的，但确实说明了一个问题，朱方旦在民间的影响力很大，这才是朱方旦被清廷恼恨的真正原因。
清廷究竟给朱方旦治了哪些罪呢？
首先是思想罪，朱方旦传播了异端思想，违背了圣人之道。朱方旦提出了哪些异端的思想呢？首先他提出了思维在脑，这个观念比较现代，可能跟朱方旦的从医经验有关，也有可能朱方旦接触了一些西方传教士传播过来的科学知识。在中国传统思想里，主管人思维的器官是心脏，这对传统的儒家学说是一种冲击，统治者对此很快就感觉到了。
西方传教士南怀仁也曾经提出过人的思维、知识不在心里，而在大脑中。这种学说受到了一些守旧大臣的驳斥，康熙勒令南怀仁烧掉异端书籍。
朱方旦第二个罪名是以下犯上，朱方旦不过是一介平民，却自比圣人，把自己抬到跟皇帝差不多的位置，这分明是对皇帝大不敬。
朱方旦第三个罪名是诬蔑圣贤，朱方旦的弟子公然叫嚣孔子思想已经过时，朱方旦是新时代的圣人。这在儒家思想占据统治地位的时代绝对是大逆不道的。
朱方旦的第四个罪名才是影响社会稳定。由于朱方旦常年活跃在民间，聚集了众多信徒，这对于当时的社会来说，是非常不安定的因素。在统治者眼里，朱方旦的这个组织很容易发展成流寇，明教和白莲教就是最好的例子。
不过，有一个事实必须说明，朱方旦只是影响了社会安定，并没有破坏社会安定，换句话说，朱方旦从来没有组织任何形式的起义。
王鸿绪为了让康熙下定决心拿掉朱方旦，故意将朱方旦跟黄巾军的领袖张角和元末的明教领导人刘福通相提并论，说这个朱方旦心怀鬼胎，现在不除，日后恐怕会酿成巨祸。
然而，让人吃惊的是在清宫的秘密档案中，我们发现了康熙的另一面：原来康熙也包养民间术士。这下我们就释然了，如果康熙真的对道术非常排斥，朱方旦也不可能发展成那么大的声势。
康熙跟他的父亲不太一样，从正史中，我们很难看到他对佛教、道教特别感兴趣，包括耶稣教。这可能跟康熙所受的教育有关，康熙十二年，他在弘德殿讲经的时候曾经提到过道教。当时熊赐履就进言说：“自古以来，圣主明君就没有沉溺释道的，即使有这样的皇帝，像秦始皇、梁武帝，最后也是贻笑千古，只要沉溺释道，便会损伤君德啊！希望皇上能够引以为戒。”
康熙对此表示赞同，说道：“这是正确的言论啊，朕一定会牢记在心。”
后来，康熙又对熊赐履说：“朕生来就不喜欢仙佛，所以你让朕远离异端邪说，崇尚正学，朕一听便心领神会，绝无动摇。”
康熙十一年（1672年）二月，康熙陪孝庄前往赤城泡温泉。一天，康熙前去太皇太后行宫问安，回来的时候忽然看见路旁跪着一个道士，康熙很奇怪，便让明珠去询问。道士叩头说：“我是金阁山上灵真观里的道士，恰逢圣主来这附近，希望皇上能够赏赐给我们一面锦旗，并给小观赐个名号。”
如果是一般的皇帝，可能就答应了，不就一个名号吗？但康熙很严肃，他对臣子们说：“这个道士不是个好东西，妄求朕给他赐号，然后愚弄老百姓。”
康熙拒绝了那个道人，随后便下谕：“朕亲政以来，像这种请求给道观寺庙赐号的行为，一概不准。历史上喜好佛教和道教的皇帝，没几个得到好处，反而会受损。梁武帝嗜好佛教，不住在宫里，反而住在寺庙里，结果怎么样呢？竟然饿死在台城。宋徽宗喜好道术，结果呢？父子都成了金人的俘虏。这就是古人的教训啊！真正的道士应该清静无为，修养身心，干嘛要请朕赐号呢？有名无实算什么真道士？像这种贪婪的道士本来应该给他个教训，现在谅他初犯，朕就不跟他计较。以后再发生这种事情，绝不饶恕。”
从这些正史中，我们可以看到，康熙这个人是不信怪力乱神的。让我们还是揭开历史的帷幕，看看康熙另一面吧。
根据清宫档案，康熙甚至让手下秘密招募术士。事情经过大概是这样的：在康熙晚年，策妄阿拉布坦发兵入藏，康熙派遣部队镇压，结果远征军全军覆没，天下震惊。清廷从此把入藏看成是危险之旅，康熙为了振作士气，让人寻访一些会“法术”的道士在军中。有一个叫李庆安的道士到了前线，施展了一些法术，奇怪的是，还真的挺灵验，连前线的将军也上奏说这个人确实有真本领会法术。
李庆安也是一个非常狂的道士，他曾经对康熙夸下海口：“不用大军，只要给我几百人，让我训练，我亲自率领，就可以剿灭策妄阿拉布坦。”
对于这些东西，康熙本着宁可信其有不可信其无的原则，甚至让前线将军严守机密，千万不可泄露。
康熙对李道士非常器重，授予他密奏的特权，还专门给他一个特殊的奏匣，看到这种匣子就知道是李道士的密奏了。
除了行军用术士，在养生这块，康熙也秘密招揽了一些江湖术士，修习气功养生之道。康熙曾经收到一封密折，密折中提到民间有一个王真人，这个人静养的功夫出神入化。康熙很好奇，让人去请这个人。
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