六年五月，清军分南北两路向西藏进发，北路由左都御史查郎阿、副都统迈柱率领八千四百人，南路由四川总兵周瑛率领四千人，两支部队同时入藏。六月十五日，周瑛接到消息，颇罗鼐已经占领了拉萨，擒拿了阿尔布巴等人，正等候清朝官员过来审理呢！
清军进入西藏后，按照雍正说的，诛杀了叛乱分子阿尔布巴等人，颇罗鼐被封为贝子，代替康济鼐，总理西藏事务，雍正还特地赏他三万两银子。
平定了阿尔布巴叛乱之后，清朝进一步加强了对西藏的控制和管理。清朝一方面将西藏的政务委任于颇罗鼐一身，另一方面在西藏设立办事衙门，派遣驻藏大臣两人协助颇罗鼐管理。此外，还留了两千士兵在西藏。
派遣驻藏大臣的同时，清廷还决定将七世达赖父子移送到内地，雍正已经清醒地意识到，达赖父子是作乱的根源。
青海叛乱虽然平定了，但是准噶尔那边又不安分了。策妄阿拉布坦死后，他的儿子噶尔丹策零继位。噶尔丹策零扬言说要送回康熙年间掳走的拉藏汗的两个儿子，换句话说，就是要干涉西藏内政。
用兵准噶尔
前面说道，雍正二年时，岳钟琪曾经打败罗卜藏丹津。罗卜藏丹津带着两百人逃到准噶尔，被策妄阿拉布坦所收容。清政府再三索取罗卜藏丹津，策妄阿拉布坦却始终不肯交出来。一时间，清军和准噶尔在边境地带对峙起来，气氛紧急，剑拔弩张。
策妄阿拉布坦死后，他的儿子噶尔丹策零接替。雍正决定一鼓作气解决准噶尔问题，在西藏问题上，雍正习惯将西藏问题和准噶尔问题一起考虑。雍正说：“西藏和准噶尔的事情，跟安南（越南）、俄罗斯等海外国家不一样，其关系到内蒙四十八旗，还有西海蒙古、喀尔喀蒙古人的问题。准噶尔一天不安静，西藏的事情一天就办不好，西藏问题如果没有处理好，蒙古部落肯定心怀二心。这是国家社稷的大问题啊！”
在雍正看来，西藏和准噶尔关系非常密切：准噶尔安稳了，西藏这边也不会生事；准噶尔如果很不平静，那么西藏这边也会有动荡。雍正认为，之所以这样，主要是因为喇嘛教，不论准噶尔还是西藏人，都相信喇嘛教，换句话说，达赖是他们的宗教领袖。只有达赖才能控制局面，所以一旦发生混乱，各方势力都争夺达赖。
雍正决心抓住机会，趁着西藏平定、策妄阿拉布坦去世这样的好机会，出兵准噶尔。雍正让岳钟琪做好准备，兵分两路，准备讨伐准噶尔。
准噶尔是一个游牧民族，擅长骑兵，机动性很强，历来讨伐他们就很不容易。首先，清军要想跟他们作战，必须有强大的骑兵。骑兵好找，但如何保障军需是个问题。前线跟内地距离太远，又多是荒漠地带，粮食很容易受到敌人的截击。雍正最开始打算用驮马运输，但成本太大，行动不方便，很容易成为敌人的目标。
岳钟琪提出了自己的建议，他提出车战的办法，具体思想是将运输和作战合为一体，并且通过车体作为掩护。按岳钟琪的说法，战车长五尺，宽两尺，一个人推，四个人保护，大家轮流推。一车五人，五车为一伍，五伍为一乘，四乘为一队，十队为一营。军需放在车上，驻防时，大家以车作营盘，打仗时，两队冲锋陷阵，三队紧跟着，其余五队围绕着营盘环护，堵杀冲入大营的敌军。
雍正接受了这个建议，下令打造战车，并密令各省督抚选出一些士兵，充作运粮兵。
七年二月，准备工作到位后，雍正历数准噶尔首领的罪恶，说新继任的噶尔丹策零毫无悔改的意思，对准噶尔用兵是完成圣祖未竟的事业。雍正照例走走形式，让大家讨论一下该不该用兵，尽管反对意见很多，但只是个过场。
三月，雍正下令两路大军同时出发，讨伐准噶尔，北路由靖边大将军傅尔丹率领，屯兵阿尔泰山，西路由宁远大将军岳钟琪率领，双方会师后攻打伊犁。
噶尔丹策零听说岳钟琪率军两万出哈密，派出使者来到岳钟琪的军营，使者告诉岳钟琪，罗卜藏丹津密谋杀害噶尔丹策零，阴谋未遂被抓，噶尔丹策零准备把他献给清朝。噶尔丹策零的意思很明显，希望雍正不要发兵，自己会跟清廷好好合作的。
岳钟琪将这个情报告诉了雍正，并声称自己怀疑噶尔丹策零的诚意。雍正想了想，让两大将军暂停行军，并召他们回京，面授方略。然后，雍正给噶尔丹策零发了一个谕令，让他请求封号，并将他所有的部下都编旗分佐领。
雍正的谕令毫无疑问让噶尔丹策零非常恼火，正好，岳钟琪回京了，噶尔丹策零率军两万袭击了科舍图的清军，来个先下手为强。岳钟琪和傅尔丹回京后，提督纪成斌和副将军巴赛分别暂时代管他们的将军印。科舍图距离纪成斌的大营比较远，纪成斌完全没有料到噶尔丹策零会来这一手，噶尔丹策零乘虚进入科舍图牧场大肆劫掠，总兵樊廷、副将冶大雄率军两万赶来救援，后来，张元佐总兵也赶过来救援。激战了七天七夜，总算夺回了大部分的骆驼和马匹。
雍正嘉奖了樊廷等人，将纪成斌降为副将，并让北路军的副将查弼纳赶过来支持西路军。科舍图的失利应该说是雍正决策的失误，他误信噶尔丹策零之言，将主帅召回，导致军机延误。但雍正却责怪岳钟琪，甚至怀疑他搞鬼。九年二月，岳钟琪奏议军机事宜十六条，雍正却说他的奏折无一可取之处。后来，又派人监视岳钟琪，时常责备岳钟琪，说他带着两万九千人马，一味防守，不知御敌，调度无方。五月，雍正任命石云倬为西路军副将，名义是协助岳钟琪，实际是牵制他。满人查郎阿在岳钟琪出兵的时候，就代理川陕总督，岳钟琪事实上又受到查郎阿的限制。事实上，此时的岳钟琪受到重重的监视，这无疑打击了他的积极性。
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