土司职位可以世袭，他们与中央的关系就是定期纳贡缴税。明朝创建后，仍然沿用了土司制，而且进一步完善，土司跟中央的关系更紧密了，要负责驻防徵调等任务。到了清朝，仍然沿用土司制度。顺治五年提出口号：“各处土司，应该世代守护着自己的地盘，不要听从叛贼的诱惑。凡是没有归降的土司，尽快归降，我们给予优待……”
土司制很有民族自治的味道，尽管他们的继承是世袭的，但也要中央政府的批准。不过，在土司内部，中央政府就干涉不了，征多少税完全由他们自己说了算，土司内部有许多不成文的规定，比如对于他的属民有生杀予夺的权力，这些中央政府都管不了。
还有一些地方，连经过中央政府承认的土司都没有，这些地方通常是由当地的头领控制，这种制度又叫做土舍制。土司和土舍们表面上臣服于中央，实际上都是林林总总的割据政权，他们和中央政权利益有冲突。明朝就作出了一些改革，对于一些条件允许的地区，取消土司制，实行郡县制，派遣流官前去治理。改土归流思想在明朝时期就已经存在了，不过当时实行得比较少。
到了雍正的时候，土司制的弊端积累到一定程度，土司们对属民的加派问题日益严重。事实上，属民完全沦落为土司的奴隶，土司杀死属民好比杀一条狗，土司抢夺属民的子女根本不会受到任何追究。很多土司私定刑罚，私设刑堂，以致属民很长时间只知道有土法而不知道有国法。
土司与土司之间经常为了掠夺土地和人畜发生战争，一旦发生战争，有些土司的势力就会得到恶性膨胀。在明代，土司甚至对中央政权发动过进攻，清朝虽然没有这样的事，但是土司抢劫的事情经常发生，中间有大量的汉人被屠杀。有的土司统辖数百里地，拥兵数万甚至数十万，对中央政权构成了严重的威胁，如湖广永顺保靖土司彭氏、云南丽江土司木氏、贵州水西土司安氏等等，他们拥有大量的地盘和军队，甚至有自己的官吏、法庭和监狱。
这些土司们俨然独霸一方的土皇帝，妨碍了一个国家的统一，也不利于各地的经济文化交流。
雍正是中国专制独裁的集大成者，他不能允许大清的版图上还有其他土皇帝。
土司的罪恶由来已久，不光清廷想整治土司，属民们也强烈地渴望摆脱土司的控制。有的村子里全村的人都要求离开土司，申请归地方政府管辖。
到了康熙雍正的时候，清政府里有许多有识之士要求对土司制进行改革，云南提督蔡毓荣说：“土司时代承袭，既不是通过选举，也不是通过中央任命，很容易做出违法乱纪的事情来。”有人甚至提出，土司制度是天地间的缺陷，如果任其发展，则会养虎为患。
雍正二年，幕客蓝鼎元还提出削弱土司的具体办法：根据土司所犯的罪行轻重，削夺土司的村落，缩小土司的管辖范围；罪行严重的，则直接剥夺其土司的头衔，将其统辖的地方和属民交给州县管理；若是不方便实行改土归流政策，就将作恶的土司除掉，将他的领地分给属民的子侄和亲友。
在改土归流之前，清政府首先对土司进行分化和削夺。
鄂尔泰的建议
对于土司问题，朝臣们有各自不同的看法，广西巡抚李绂认为土司固然可恶，但也是维护少数民族稳定的一种力量，所以，现在还没到推行改土归流的时候。
雍正对土司的恶行深恶痛绝，他屡次对云贵等省的提督谈到土司的恶性，让他们加强对土司的管理，当然，雍正并没有提出具体的“加强”措施。
雍正三年，云贵总督高其倬要在贵州贵阳府广顺州仲家族的村寨边建营房，还准备增加防汛设施，这无疑涉及拆迁。当地的土司不肯合作，用大石头堵住路口，不让清军创建营房。当时，署理贵州巡抚石礼哈和提督马会伯都想用兵，不过雍正没有批准，他认为两人虽然有道理，但担心他们年轻孟浪，怕他们没处理好事情，反而惹出更大的事情来，所以叮嘱他们千万不要轻举妄动。
后来，雍正派何世璂为贵州巡抚，何是招抚派，他认为用兵只会把事情闹僵，只有招抚才行之有效。然而，何世璂上任之后，没看他有什么招抚绝招，一无所成。
三年冬，雍正任命鄂尔泰为云南巡抚管云贵总督事。不久，召高其倬回京，询问他关于少数民族的意见。高其倬主张出兵，高其倬实在是太了解土司了，这些土司无法无天，除了武力他们什么都不买账。第二年春，雍正询问鄂尔泰的意见，鄂尔泰来到云南后，掌握了第一手资料，他亲眼看到一些土司烧毁清军营房。鄂尔泰也主张用兵：“穷究到底，杀一儆百，让他们不敢再犯。”
雍正很看好鄂尔泰，认为他是才德兼优的大臣，一定能够担负这个使命，便同意了他发兵。
在长期的用兵过程中，鄂尔泰对土司问题看得更加透彻了。九月，他正式提出改土归流的建议，鄂尔泰说：“这些土司互相残杀，互相掠夺，不少无辜的汉人被害，属民们生灵涂炭，这是边疆大害，不可以不除。只有实行改土归流才能一劳永逸地解决这个问题，如果只是擒拿首恶，也不过是治标不治本。”
鄂尔泰还提到改土归流有失败的可能性，很容易引起群众的不满和朝臣的批评，所以，这件事要做好必须殚精竭虑。如何改呢？鄂尔泰提出了一些具体的建议：“计擒为上策，兵剿为下策；令自投献为上策，勒令投献为下策。”对于投献的人，只要没收他的田赋就行了，根据他的家庭人口，给予一定的补偿，并授给他们终身的官职，以资鼓励。这些措施目的是让土司懂得反抗不如归顺。
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