乾隆认为雅尔哈善办得好，授予他内大臣头衔，给他封一等伯。但是根据礼亲王昭梿的记载，事情真相却不是这样的，雅尔哈善之所以捕杀沙克都尔曼，一方面是为了邀功，另一方面也是因为缺饷，立功后可以向乾隆伸手要钱。据昭梿记载，雅尔哈善回来后，祭奠祖庙时说了这样的话：“李广因为杀降没有封侯，最后失道自刎，现在我的罪过比李广还要重，反被封为一等伯，连祖宗都不吃我的贡品！”
后来，雅尔哈善果然因为贻误战机被乾隆杀了，正印了那句话，杀降不祥。
乾隆二十二年三月，乾隆任命亲王成衮扎布为定边将军，车布登扎布为左副将军，兆惠为右副将军。在出征前，乾隆下了一道非常阴险的命令，凡是厄鲁特投诚的人，立即将他们头领解送到京师，其他人等也要迁到内地。乾隆说，等我军到达了巴里坤，就可以对这些投降的人分别处理，所谓分别处理，无非就是杀掉成年男子，然后将女人和小孩赏给有功的官兵。
厄鲁特祸不单行，清军还没有来，他们就自相残杀，再加上瘟疫流行，死伤一大片。所以清军来了以后，厄鲁特没有进行有效的抵抗，清军很快就收复了伊犁等地。
随后，清军进击准噶尔，俘获了阿睦尔撒纳的侄子达什车凌。阿睦尔撒纳虽然当上了准噶尔的大台吉，但是面对清军的强大攻势，他显得不堪一击，连抵抗的意志都没有，策马奔腾，带着二十人仓皇逃向哈萨克斯坦。清军深入哈萨克斯坦境内，搜捕祸首阿睦尔撒纳。阿睦尔撒纳迅速从一个叛徒首领沦为逃犯，地位一落千丈，他还以为自己在哈萨克斯坦可以混得开。没想到哈萨克斯坦大汗阿布赉表面欢迎他，说希望咱哥俩明天好好喝一顿，暗地里让人把阿睦尔撒纳的马匹放走，准备擒拿他。幸好，阿睦尔撒纳警觉，及时带着家人逃走。
阿睦尔撒纳一路逃到俄国，请求加入俄国国籍，享受政治保护待遇。接着就是一连串的外交纠纷，乾隆引用《尼布楚条约》《恰克图条约》，要求俄方归还犯人。就在两国关系骤然紧张之时，忽然传来阿睦尔撒纳病逝的消息。
乾隆派喀尔喀亲王桑斋多尔济去恰克图验尸，要求他把阿睦尔撒纳的尸体运回来。桑斋多尔济派人到恰克图验尸，发现阿睦尔撒纳的尸体保存完好，确认就是他。但是俄国却拒绝归还他的尸体，乾隆认为，既然已验明尸体，不运回也罢。
乾隆二十三年正月，乾隆正式宣布准噶尔内乱已平定。如果我们给乾隆的这两次武功打分的话，我觉得应该有八分，及格了。平定准噶尔，完成了国家的统一大业，奠定了中国辽阔的版图，这本是史无前例的好事，为什么只打八分，而不是十分呢？因为在这次征讨过程中，杀了太多的人，其中有很多是无辜的人民，也有一些是已经投降的人。
厄鲁特部落在强盛时有六十万的人口，经过准噶尔之战，病死的人有十分之三，逃入俄国和哈萨克斯坦的有十分之一，被清军杀死的有十分之五，最后剩下的不到十分之一。
一统回疆
准噶尔的叛乱刚刚平定，回部又发生内乱。乾隆有的忙了。
回部是居住在新疆天山南部信奉伊斯兰教的维吾尔族，在当时，伊斯兰教又被称为回教，所以清朝称当地人为回部。回部与准噶尔邻近，长期受其奴役，准噶尔为了控制回部，将回部首领都弄到伊犁作人质。马罕木特是回部一个深得人心的首领，噶尔丹策零为了控制回部，将他软禁在伊犁。马罕木特死后，他的两个儿子大小和卓兄弟也被噶尔丹策零圈禁起来。
和卓在伊斯兰语里是“圣裔”的意思，也就是穆罕默德的后代，可惜在强大的武力面前，祖宗穆罕默德也帮不了他们。准噶尔对回部的欺压是非常没有人性的，回部种植的东西，不论是谷麦还是蔬菜，到了收割季节，先一分为二，一半归准噶尔，一半归回部，然后再从回民的另一半里征收十分之一。准噶尔派到回部的头目，所到之处，一定要用酒肉和妇女好好款待。
清军将回部民众从准噶尔的奴役中解救出来，长期受囚禁的大小和卓兄弟也获得了自由。乾隆对这两兄弟深表同情，想借助他们的威望和宗教影响力来安定回部民众，命大和卓管理叶尔羌回部，小和卓管理伊犁回教。
可惜，小和卓不但不知感恩图报，反而得寸进尺，想摆脱清廷，自立为王。小和卓不仅想自己单干，还怂恿大和卓跟自己一起摆脱清廷。乾隆二十二年，乾隆拿出少有的好脾气，派使者前来招抚这对反骨兄弟，然而这兄弟俩是铁了心要反，居然把乾隆的使者给干掉了。
乾隆气得吹胡子瞪眼，怒道：“决不能任由使臣被杀，一定要为他们报仇。”
乾隆任命雅尔哈善为靖逆将军，征讨大小和卓。说实话，乾隆实在低估了回部的力量，乾隆心想，不可一世的准噶尔都被我制服，昔日准噶尔的奴才居然敢跟我叫板，这不是找死也是找抽。雅尔哈善原本是文官出身，因为屠杀沙克都尔曼济受到乾隆赏识，其实乾隆也清楚，这个人并不擅长用兵，但他武断地认为，对付回部这些乌合之众，像雅尔哈善这样的人已经足够了，如果用像阿桂、兆惠这样的一流将军，反而是杀鸡用牛刀。
雅尔哈善率领一万八旗兵和绿营兵，一路打到回部北方重镇库车城下，将城池包围。然后，雅尔哈善作出诸葛亮羽扇纶巾的样子，整天和人下棋，也不出击，坐等大小和卓自动投诚。部将阿奇木建议他应尽快出击，因为敌人有两条路可以逃遁，但雅尔哈善根本不理睬，自信和卓两兄弟一定会送上门来。
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