攻克洲仔尾后，蔡牵全歼陈廷梅的部队。随后又攻入凤山，击毙清军千总苏明荣。此时，蔡牵可以说与清廷彻底决裂了，不是你死就是我亡，绝对没有第三种选择。敢造反的人首先要具备的条件是不怕死，其次要有相当的领导能力，还要有非凡的胆识和谋略，否则的话，造反就是活腻了。
蔡牵多少有些胆识，考虑到现在对自己威胁最大的是清军从内陆调来的援兵，所以他命人火速砸沉港口附近的清军大船。一切安排妥当后，蔡牵带着万余人围攻台湾府外围屏障安平镇和嘉义城，这两城的清军选择死守，等待大陆方面的援兵。嘉庆接到台湾方面的急报后，立即调集重兵支持台湾。李长庚率先出动，抵达鹿耳门后，被沉船阻住，未能登陆。李长庚只好绕道登陆，蔡牵退守到洲仔尾。接着，许松年和王德禄在洲仔尾击败蔡牵，此时蔡牵陷入了困境，由于被沉船所阻，他的战舰不能出去，被困在出海口。
到了这个地步，嘉庆也不得不给李长庚施压了。嘉庆给李长庚发了一道谕旨：如果将军能一战抓捕蔡牵，公、侯、伯都不在话下，但如果让蔡牵逃走，恐怕革职审问未必打得住。这等于是逼迫李长庚下军令状，提不到蔡牵的头就提自己的头。嘉庆当然不会真的要李长庚的人头，这是领导的一个手段而已。
蔡牵这次论理是死定了，然而老天暂时还不想让他死。在这个生死存亡的关头，海口处突然涨潮，刮起了大风，沉船被风浪掀起刮走，蔡牵感慨老天有眼，居然飘然而去。官兵们当然是紧追不舍，可惜哪里找得到蔡牵的影子。
蔡牵攻台的计划虽然失败，但是捡回了一条性命，也没有损失主力部队，真是幸运至极。
嘉庆气得直跺脚，将李长庚等人革职。台湾稳定后，闽浙总督玉德被押到京城议罪，他是这次事件所有官员中处罚最重的。事实上，嘉庆早就看玉德不顺眼了，玉德上次被忽悠，致使蔡牵逃走，他尸位素餐，将海防和水师治理得一塌煳涂。
老大之死
现在我们该说说朱㸣的下落了，朱㸣自从和蔡牵决裂后，有传言说他的坐船被击沉溺亡。事后，人们在广东发现了朱濆的下落。朱㸣也是走投无路，一度想在潮州澄海县接受招抚。
当时新任的两广总督那彦成主张对海贼进行招抚，不过广东巡抚孙玉庭强烈反对，所以，朱㸣想接受招安也不可能。
那彦成是乾隆名臣阿桂的孙子，嘉庆还是比较看重这个名臣之孙的，那彦成年轻时就担任军机大臣，随后又担任工部尚书、都统、内务府大臣等职。可惜，在做官方面，他比不上祖父阿桂，他很难容人。就任两广总督后，他就因为招抚的事情和孙玉庭闹翻了。最终，孙玉庭占上风，嘉庆将那彦成解职。
清廷的政策之所以发生转移，是因为势力对比发生了变化。国内的动乱已基本平定，此时没有必要对海贼进行招抚了，招抚要花费很多钱财，征剿的话相对还要划算一些。
征剿海贼这事还是李长庚最擅长，虽然之前有人弹劾李长庚，但嘉庆不但没有听信谗言，反而把弹劾之人治罪，李长庚因此更加卖力效命。
嘉庆十二年（1807年）春，李长庚在大星屿击败蔡牵。十一月，又在浮鹰山再败蔡牵。最后，将蔡牵逼出近海，此时蔡牵的家当只剩下三艘大船、十艘小船，而李长庚的力量是蔡牵的几十倍。一向沉稳善战的李长庚产生了轻敌情绪，由此犯下了人生中最大的一个错误。李长庚以为稳操胜券，亲自带兵打头阵，冲在最前面，没想到蔡牵一个炮弹发过来，击中了李长庚的船只，李长庚被弹片击中咽喉，流血不止，第二天殒命。
李长庚虽然当场倒下，但清军在势力上仍然占据优势，然而主帅重伤濒死，副将张见陞吓怕了，居然下令撤军。蔡牵这人真是命大，又侥幸逃过一劫。随后，蔡牵逃到安南港口休整。李长庚不久就咽气了，相信弥留之际他最后悔的事情就是当时怎么就那么轻敌呢？
得知李长庚牺牲，嘉庆泪流满面地说：“朕和李长庚素未相识，因为他为国效力，朕屡次嘉奖。没想到他在大功即将告成之前就为国捐躯了，李长庚虽然牺牲了，但贼众经过他多年征剿，已是强弩之末。”嘉庆追封李长庚为三等壮烈伯，赐号“忠毅”，并在李长庚的家乡为他立祠。
然而，张见陞临阵脱逃这一节却没有受到追究，闽浙总督阿林保一向和李长庚关系不好，蓄意庇护张见陞，瞒过嘉庆。
李长庚虽然为国捐躯，但是蔡牵不能不除。随后，嘉庆任命李长庚的部将王得禄为浙江水师提督，专门负责搜捕蔡牵；钱梦虎为广东水师提督，专门收十朱㸣。
嘉庆十三年（1808年）五月，蔡牵在安南待烦了，又乘风破浪回到福建。不过今非昔比，蔡牵旧部下王铎、王准、郭秋等人多已经投案自首，他的两个义子也被清兵捕杀，蔡牵感到自己势单力薄，寻思着再和朱㸣联手。
于是，蔡牵辗转来到浙江海域，和朱㸣在舟山海域再度联合，可惜两人的势力都大不如前，联合不久就被浙江水师击败。失败之后，蔡、朱二人再次分裂，分裂之后，朱㸣再次坐船出走，在回广东的路上，金门总兵许松年追着朱㸣不放，终于将他击毙在海中。
朱㸣虽死，他的势力却依旧存在，由弟弟朱渥接管。
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