当天半夜关于熊被处死的时间，各书记载不一，如《明熹宗实录》、《国榷》记为26日，《明史纪事本末补遗》记为28日，《明史•熊廷弼传》则有月无日。但《两朝剥复录》与《明季北略》记为25日，尤以前者考定精确，且与《明实录》等十分接近，因为处决为“半夜”，亦可算到次日即26日。，“中贵捧驾帖至”，掌管提牢的山东司主事张时雍命狱卒把熊廷弼骗出来。他马上就明白了是怎么回事，便从容地洗漱完毕，整理衣冠，从室内走出，说：“我是朝廷大臣，必须拜见圣旨，岂能草草了事！”他行至厅堂，正想要说什么，张时雍迎上前，说：“芝岗（廷弼号），失陷封疆，应得一死，你还有什么话说？”熊廷弼默然不语。张时雍发现他胸前悬挂一小袋，就问：“袋中何物？”熊廷弼说：“辩冤疏！”张时雍带着骄横的语气说：“你没读过《李斯传》吗？囚徒怎能上书！”熊廷弼轻蔑地说：“这是赵高说过的话！”
张时雍无言以对，熊廷弼也不说什么，从袋中取出疏稿，委托他转呈皇上，当即作绝命诗：他日傥拊髀，安得起死魄。绝笔叹可惜，一叹天下白！从容就戮《两朝剥复录》：“廷弼虽弃市，实非西曹，乃以夜半杀之狱中，次日（26日）托言弃市耳。”又，《启祯野乘》，卷6《熊经略传》，亦载于狱中“从容就戮”。，时年五十七岁各书多不见载其生年，唯《启祯野乘》载“年二十九中丁酉乡试第一”。按：丁酉为万历二十五年（1597年），时年二十九岁，至乙丑即天启五年（1625年）被害，以此推算，他死时为五十七岁。。按旨意，熊廷弼的头被割下来，传送“九边示众”《明熹宗实录》，卷57，26页。九边者，即辽东、宣府、大同、延绥、宁夏、甘肃、蓟州、山西、陕西等九军镇，合称“九边”。，尸体遗弃漏泽园，不准安葬，而他死前奏疏也被毁弃不报。
残酷的处罚并没有就此结束。熊廷弼一处死，熹宗就下令驱逐他的家属，“不许潜住京师”《明熹宗实录》，卷57。。阉党开始迫害他的遗属。御史梁梦环诬告熊廷弼生前侵盗军资十七万；御史刘徽诬称其家资百万，要求抄没佐军。这纯属无中生有。当时人都称颂熊廷弼为官清廉，说他“自有辽事以来，再任经略，不取一金钱，不通一馈问，终日焦唇敝舌与人争言大计，视国如家”。谈迁：《国榷》，卷87。一个忧心国事的人是不会聚敛财产的。熊廷弼身居显官，自不同于一般人家，但他哪里会有那么多资财！阉党不过以追赃来继续迫害熊廷弼的家属。魏忠贤捏造种种事实，还盗用皇帝的名义，追抄其家产。无资财可抄，就抄他的族人与姻亲，无不倾家荡产。他的长子熊兆珪被逼索赃金，极度悲愤，自刎而死；其女熊瑚愤激过度，吐血身亡。夫人陈氏也受到百般凌辱《明史纪事本末补遗》、《国榷》等书载自刎者为兆琏。《启祯野乘》立《熊孝烈传》，确指其为廷弼之长子，名兆珪，自刎死。《明史•熊廷弼传》所载与此同。。到天启七年（1627年）五月，熹宗还传令都察院严限追解熊廷弼所谓“赃银”十七万余两《明熹宗实录》，卷79。。
三年以后，朱由俭即位，改元崇祯。阉党魏忠贤被铲除，吏政有所改善，给人以气象维新的感觉。于是，有人给熊廷弼鸣冤，要求予以昭雪。其中有个工部主事叫徐尔一，首先为熊廷弼讼冤。他写道：“廷弼以失陷封疆，至传首陈尸，籍产追赃。而臣考当年，弟觉其罪无足据，而劳有足矜也。广宁兵十三万，粮数百万，尽属化贞。廷弼止援辽兵五千人，驻右屯，距广宁四十里耳。化贞忽同三四百万辽民一时尽溃。廷弼五千人，不同溃足矣，尚望其屹然坚壁哉！廷弼罪安在？化贞仗西部，廷弼云：必不足仗。化贞信李永芳内附，廷弼云：必不足信。无一事不力争，无一言不奇中。廷弼罪安在？且屡疏争各镇节制不行，屡疏争原派兵马不与。徒拥虚器，抱空名！廷弼罪安在？……”《明史•熊廷弼传》，卷259。新登大位的崇祯皇帝不敢贸然地为熊廷弼平反，没有接受徐尔一的建议。
次年，即崇祯二年（1629年）五月，大学士韩等人为熊廷弼翻案，追述他经略辽东的功绩与失误，认为功劳大于失误，不应处于极刑，尤其是设置种种陷阱，独加害于他，其死实属冤枉。最后，他写道：“臣等平心论之，自有辽事以来，诓官营私者何算！廷弼不取一金钱，不通一馈问，焦唇敝舌，争言大计。魏忠贤盗窃威福，士大夫靡然从风。廷弼以长系待决之人，屈曲则生，抗违则死，乃终不改其强直自遂之性，致独膺显戮，慷慨赴市，耿耿刚肠犹未尽泯。今纵不敢深言，而传首已逾三年，收葬原无禁例，圣明必当垂仁。臣所以娓娓及此者，以兹事虽属封疆，而实阴系朝中邪正本末。皇上天纵英哲，或不以臣等为大谬也。”《明史•熊廷弼传》，卷259
崇祯总算“开恩”，批准了韩的要求，“诏许其子持（廷弼）首归葬”谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷2。，并停止追赃。但仅仅是给予熊廷弼以葬身之地，却没有重新评价他的功过。
这时，王化贞尚在狱中。迟至崇祯五年（1632年），朝廷追论广宁失事，在众多廷臣的坚持下，才把王化贞斩于西市，“以平公论”谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷2。。
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