对日军大本营的上述决定，澳大利亚方面当然不可能知道，他们完全有理由认为日军的下一个目标就是澳大利亚。当时，恐惧笼罩着整个澳大利亚，绝大部分澳大利亚人存在着失败主义情绪，预料他们不久就会遭受像北部邻邦那样的厄运。他们对主要由民兵组成的极为薄弱的澳大利亚防御力量毫无信心可言，认为这样一支部队根本不可能击退日本人的攻势。军方决策者们甚至已经决定撤退到布里斯班到阿德莱德一线，准备把整个澳洲的3／4拱手让给日本人。麦克阿瑟对这种失败主义的消极战略进行了坚决的抵制，认为这只能导致最后的失败，使澳大利亚变成另一个巴丹。他在到达墨尔本后不久，即驱车前往堪培拉会晤约翰·柯廷总理，与柯廷达成"通力合作，坚持到底"的共识："您照顾后方，我指挥前线。"此后不久，他提出了一个积极防御计划，即将防线移到巴布亚东部，在新几内亚境内的欧文·斯坦利岭阻击日本人，把保卫澳大利亚的战斗放到澳大利亚境外去进行。这样，既可以使澳大利亚免受侵犯，也可提供一个反守为攻、争取主动、向前推进的机会。
与此同时，华盛顿的决策者们就"欧洲第一"还是"亚洲第一"的问题展开了激烈的争论。以金海军上将为首的海军作战部试图修改"欧洲第一"的战略，主张向太平洋增援部队，尽早向日本人进攻，阻止其南下进攻澳大利亚。他认为，澳大利亚必须守住，"因为这对世界上非白种人必然产生影响"。以马歇尔和艾森豪威尔为首的陆军参谋部则坚持"欧洲第一"的战略，认为德国的垮台必定导致日本的毁灭，要想最终打败轴心国，把力量集中在大西洋战区是绝对必要的，即使失掉澳大利亚也在所不惜。在3月16日的参谋长联席会议上，陆军部取得了最后胜利：仍维持"欧洲第一"战略，在太平洋地区只取守势。同时，参谋长联席会议还决定，将太平洋战场分成两个独立的战区：即西南太平洋战区和太平洋战区，前者包括澳大利亚、所罗门群岛、俾斯麦群岛、新几内亚、荷属东印度和菲律宾，由麦克阿瑟任总司令；后者包括中南美洲航线以外的其他太平洋海区，由太平洋舰队司令切斯特·尼米兹海军上将任总司令。此外，鉴于太平洋战区辽阔，又将其划分为北、中、南三个次战区，其中南太平洋战区单独成立了以罗伯特·戈姆利为首的司令部。
当麦克阿瑟于3月30日收到上述决定后十分气恼。他原以为把他从科雷希多接出来是要他担任整个太平洋战场的最高统帅，然而现在却让他和海军另一位资历不深的将领平分秋色、平起平坐，这实在令他不能容忍。他始终深信不疑地认为："在有关这场战争的所有错误决定中，最令人费解的恐怕就是没有建立对太平洋战争的统一指挥……其结果是分散了力量，延长了战争，增加了伤亡和费用。"
其实，马歇尔将军本来有任命麦克阿瑟为整个太平洋战场的最高统帅的想法。但金海军上将认为太平洋战争在很大程度上是一场海战，而他不能接受由一位外行的陆军将领向他的海军发号施令的事实，因此反对这项任命，结果便导致了上述折衷方案。麦克阿瑟对此极为气愤，认为他遭到华盛顿一伙有权势的敌人的反对，他们对世界战略和太平洋战略的考虑都受到他们对他的仇视的影响。他甚至指名道姓地攻击马歇尔，并把海军部称作"一个阴谋小集团"，正是这个小集团未能使他担任太平洋的最高统帅。他进而得出结论说，他最凶恶的敌人"不是在前线，而是在我背后的华盛顿"。
但不管怎样，麦克阿瑟现在毕竟有了新的职务，成为一方统帅了。4月18日，他正式就任西南太平洋战区最高司令。随后，他在墨尔本的孟席斯饭店建立了司令部，同时把家也搬了进去，上下班都在一个楼。他在澳大利亚深孚众望，常常举行记者招待会，到议会发表讲话，在广播中进行演说，以唤起美国政府对太平洋战场的重视。然而，巴丹的厄运使他变得非常抑郁和孤独，除了澳大利亚总理柯廷外，他很少与别人有密切的私人交往。他的夫人琼则一切以他的活动为转移，尽可能给丈夫以帮助和安慰。由于没有多少实事可做，麦克阿瑟在那段黑暗的日子里在他儿子身上花了不少时间和精力。他几乎每天早上都要送给阿瑟两件新礼物，害得他的副官赫夫为了每天找到不同的新礼物而四处奔走，同玩具批发商打了不少交道。
除了家庭之外，他经常的活动围就是他的司令部了。以萨瑟兰为参谋长的参谋机构多是由"巴丹帮"的人组成，他们像琼一样一切以麦克阿瑟为转移，逐渐形成了一个怨恨和怀疑"外人"的排外集团。这样一来，以他为首的总司令部和他的三军司令之间便处在一种十分紧张的关系中。不久，陆军司令、澳大利亚的托马斯·布莱梅就发现，他实际上被剥夺了指挥权，因为总司令部常常越过他直接向他的部队发号施令；海军司令赫伯特·利里和空军司令乔治。布雷特则成为麦克阿瑟经常发泄不满的对象，因为在麦克阿瑟看来，正是海空军使他在菲律宾吃了败仗，他们胆小如鼠，不去救援他的部队。
虽然美英决策机构仍坚持"欧洲第一"的战略，但由于海军作战部长金的努力和罗斯福的支持，美英联合参谋部还是决定加强太平洋特别是澳大利亚的防御力量。还在麦克阿瑟前往澳大利亚时，罗斯福和丘吉尔就已同意将一直在北非作战的两个澳大利亚陆军师调回澳洲，同时将正在国内受训的两个美国陆军师及一些支援部队立即运往澳大利亚。此外，海空军力量也得到了部分加强。
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