麦克阿瑟也毫不例外地加入到这一讨伐的行列，这说明他对中国问题是多么的缺乏了解。他认为美国不但没有给蒋介石以足够的援助，甚至还同情中共，坚持要蒋介石组成有共产党参加的联合政府，致使"力量均势"发生了有利于中'共方面的变化。他固执地指责说："当权者未能执行现行的美国政策，这造成了一个盟国的垮台，并危及了我国的安全。在我们一度有过坚定可靠的盟国的地方，我们看到了一个共产主义敌人的生长壮大。我们注视着共产帝国主义在全世界扩大它的影响。我们看到成干上万的青年，在无效的绥靖政策的盲目执行过程中徒然牺牲其生命，而这种政策是以对历史及对敌人的无知为依据的。"实际上，麦克阿瑟在说别人无知的时候，他自己更无知。他不相信有关国民党腐败的"传说"，看不到蒋介石的军队是如何溃败、投降甚至起义的。他们一触即溃、望风而逃，即便得到多少个亿美元的援助也不管用，等于白白扔掉。
12月，当蒋介石的最后一批军队被赶到台湾后，艾奇逊通知驻外使节说，台湾的重要性应尽可能不予强调，因为它的陷落是迟早的事；相反，要适当强调台湾"在历史上和地理上是中国的一部分"，它并没有什么特殊的战略价值，失去它不会严重危及美国和其他反共国家的利益。麦克阿瑟对美国政府的这一立场极为不满。两周后，他把这份备忘录透露给新闻界，结果引起一场轩然大波。共和党人要求用海军保卫台湾，但被杜鲁门拒绝。1950年1月5日，杜鲁门发表声明，再次确认《开罗宣言》和《波茨坦公告》中有关台湾归还中国的条款。并申明："目前美国无意在台湾获取特别权利或建立军事基地。美国亦不拟使用武装部队干预其现在的局势。美国政府不拟遵循任何足以把美国卷入中国内争的途径。"一周后，艾奇逊在华盛顿全国新闻俱乐部发表演说，其中讲到美国在远东的防线是从阿留申群岛经日本、琉球群岛到菲律宾。"至于太平洋其他地区的军事安全，很显然，没有人能确保这些地区不受军事进攻。"这篇本来与杜鲁门的政策并无多大出入的演说却遭到许多人的非难，认为它不但把台湾而且把南朝鲜也置于防御圈之外，这是在大放绿灯，纵容侵略，把它们拱手送给共产党。麦克阿瑟也认为艾奇逊的讲话"欠周到"，因此邀他到东京讨论亚洲形势。但艾奇逊以他公务繁忙、走不开为由谢绝了邀请。
艾奇逊有理由对所受到的指责感到吃惊和不满。他一直以为参谋长联席会议和麦克阿瑟是支持他的，因为早在1947年，参谋长联席会议即排除了在亚洲大陆进行地面战争的可能性，认为在南朝鲜不值得一战。而麦克阿瑟也在1949年3月1日接受记者采访时说："过去，我们对来自亚洲侵略威胁的防御部署，常常从美洲大陆的西海岸来考虑，而把太平洋视为敌人进攻美国的通道。现在，太平洋成了盎格鲁一撒克逊的内湖，而我们的防线则是沿亚洲海岸穿过一连串岛屿。这条防线起自菲律宾，经过琉球群岛，其主要防御据点是冲绳，然后再弯过来，通过日本和阿留申群岛直到阿拉斯加。"这条防线与艾奇逊所描述的完全相同，只是表述顺序正好相反而已，所以艾奇逊才认为他与麦克阿瑟的观点是一致的。但艾奇逊的头脑显然跟不上形势，他应该意识到，麦克阿瑟讲那番话时，国民党在中国还没有垮台，美国还把中国当作反共前哨阵地。现在情况不同了，麦克阿瑟的态度也改变了。他在1950年上半年曾两次上书参谋长联席会议，提出台湾是"一艘永不沉没的航空母舰"的概念，主张美国应援助它而不是放弃它。
由于作为美国统治亚洲支柱的中国国民党政府的垮台，使美国的远东政策发生了决定性的变化。日本现在成了新的支柱，美国人"要像合众国的一个州那样确保日本"，把它变成真正的东方"反共堤坝"。在这种情况下，麦克阿瑟在对待日本共产党的问题上态度更加强硬了。他在1950年的新年致词中强调要排除共产主义势力，并确认日本在受到攻击时拥有自卫权。1月，苏联领导的"共产党和工人党情报局"机关报以《关于日本的形势》为题发表文章，批评日共的和平革命论，号召对美国占领当局所进行的军事化和反动化政策进行斗争。这一批评在日共内部引起极大混乱，导致主流派和国际派的分裂。在5月3日宪法纪念日，麦克阿瑟发表反共声明：
日共正在撕下合法的假面具，公然充当国际掠夺的走卒，起着为外国的权力政策、帝国主义的目的服务和破坏性宣传的作用…。该党从事上述活动，也正提出了一个问题，即该党是否还有权享受从它要破坏的国家和法律中所得到的恩惠和保护，而且该党的活动究竟还能否再看作是宪法所承认的政治运动。
6月6日，麦克阿瑟致信吉田茂，指出共产党人企图进行暴力革命的危险性并不亚于军国主义领导人，因此他命令立即解散日共中央，开除日共中央委员的公职。第二天，他又下令禁止发行日共机关报《赤旗》，清洗其编辑部成员，并在全国范围内无限期禁止一切集会和游行示威。吉田此时则对立即宣布共产党非法表示异议。他虽然是位坚决的反共分子，但他认为当时的日本土改已经完成，经济正在恢复，日共的市场很小，且出现内部分裂，还未强大到对日本的稳定构成很大威胁从而非取缔不可的地步。但麦克阿瑟在反共问题上比他更坚决。对此，他只好无可奈何地抱怨说："美国人真有意思。1945年你们来日本的时候，我们把共产党都关在监狱里，是你们要我们把他们放出来。现在，你们又要我们把他们关起来，这就费事了，知道吗？"说归说，命令还是要服从的。从7月份起，日本政府在新闻、广播、教育等机构及整个公共企业和民间企业，不管三七二十一强行解雇共产党人及其同情者。至年底，共有约2万余人被开除。
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